PIRCh-seq:一種檢測與表觀修飾相關的非編碼RNA的組學檢測技術

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2020-07-15
lncRNA是一類長鏈(>200nt)非編碼RNA,作用范圍廣泛且機制復雜。lncRNA...

    lncRNA是一類長鏈(>200nt)非編碼RNA,作用范圍廣泛且機制復雜。lncRNA不但可以與DNA、RNA結合行使功能,還可以與蛋白結合參與染色質(zhì)表觀修飾。目前,RIP、CLIP、fRIP等可用于染色質(zhì)與RNA互作的研究,但是這些方法無法揭示哪些染色質(zhì)與特定lncRNA相關,這也就限制lncRNA調(diào)控功能的研究。
    最近發(fā)表于
《Genome Biology》PIRCh-seq恰好解決了這一問題。該方法能夠對組蛋白特定修飾下的染色質(zhì)相關RNA進行分析。研究人員采用該方法已鑒定出數(shù)百種與染色質(zhì)相關的RNA,分析后發(fā)現(xiàn)lncRNA在這些RNA中占多數(shù),并根據(jù)其與特定組蛋白修飾的關聯(lián)模式進行了分組。
    PIRCh-seq具體方法如下圖所示:

    首先,采用glutaraldehyde處理活細胞進行化學交聯(lián),然后用甘氨酸淬滅(這一步是為防止染色質(zhì)相關RNA的降解)。
    隨后,提取染色質(zhì),超聲破碎獲得300-2000bp的片斷,使用組蛋白修飾特異性抗體進行免疫沉淀。
    最后,除去殘留的DNA、蛋白質(zhì),對RNA進行深度測序。
    研究者采用該方法對人、小鼠染色質(zhì)相關RNA進行了研究,結果表明,非編碼RNA尤其是lncRNA在染色質(zhì)上富集。


    對富集的lncRNA按功能進行分類,可分為以下六類,但具體功能仍未明確:

    希望這一技術能夠為染色質(zhì)-RNA互作機制的研究注入新的力量。