PIRCh-seq：一種檢測與表觀修飾相關(guān)的非編碼RNA的組學(xué)檢測技術(shù)

    lncRNA是一類長鏈（>200nt）非編碼RNA，作用范圍廣泛且機制復(fù)雜。lncRNA不但可以與DNA、RNA結(jié)合行使功能，還可以與蛋白結(jié)合參與染色質(zhì)表觀修飾。目前，RIP、CLIP、fRIP等可用于染色質(zhì)與RNA互作的研究，但是這些方法無法揭示哪些染色質(zhì)與特定lncRNA相關(guān)，這也就限制lncRNA調(diào)控功能的研究。
    最近發(fā)表于《Genome Biology》的PIRCh-seq恰好解決了這一問題。該方法能夠?qū)M蛋白特定修飾下的染色質(zhì)相關(guān)RNA進(jìn)行分析。研究人員采用該方法已鑒定出數(shù)百種與染色質(zhì)相關(guān)的RNA，分析后發(fā)現(xiàn)lncRNA在這些RNA中占多數(shù)，并根據(jù)其與特定組蛋白修飾的關(guān)聯(lián)模式進(jìn)行了分組。
    PIRCh-seq具體方法如下圖所示：

    首先，采用glutaraldehyde處理活細(xì)胞進(jìn)行化學(xué)交聯(lián)，然后用甘氨酸淬滅（這一步是為防止染色質(zhì)相關(guān)RNA的降解）。
    隨后，提取染色質(zhì)，超聲破碎獲得300-2000bp的片斷，使用組蛋白修飾特異性抗體進(jìn)行免疫沉淀。
    最后，除去殘留的DNA、蛋白質(zhì)，對RNA進(jìn)行深度測序。
    研究者采用該方法對人、小鼠染色質(zhì)相關(guān)RNA進(jìn)行了研究，結(jié)果表明，非編碼RNA尤其是lncRNA在染色質(zhì)上富集。

    對富集的lncRNA按功能進(jìn)行分類，可分為以下六類，但具體功能仍未明確：

    希望這一技術(shù)能夠為染色質(zhì)-RNA互作機制的研究注入新的力量。