相分離數(shù)據(jù)庫PhaSepDB的介紹

    相分離是最近兩年非?；鸬念I(lǐng)域，尚處于起步階段，發(fā)表文獻影響因子也比較高，也是NATURE，SCIENCE，CELL等高分期刊雜志上的?？?。國自然相分離中標(biāo)項目非常少，具有良好的研究前景。

    蛋白質(zhì)液-液相分離(LLPS)，是細胞內(nèi)眾多無膜細胞器和生物分子凝聚體動態(tài)組裝的主要驅(qū)動力。鑒定相分離蛋白需要多種實驗，其中，體外重構(gòu)相分離實驗通過嚴格控制各種條件，可以更方便地研究相分離現(xiàn)象；而細胞內(nèi)，尤其是生理條件下相分離現(xiàn)象的鑒別檢測，對于研究相分離蛋白的生物學(xué)功能不可或缺。近年來，圍繞相分離的研究不斷涌現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)了各種新的相分離相關(guān)蛋白，涉及到許多重要的生物學(xué)過程。但是，領(lǐng)域內(nèi)卻缺乏系統(tǒng)性整合體內(nèi)外實驗驗證的相分離相關(guān)蛋白數(shù)據(jù)庫。

    今天我們來講一下北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)系李婷婷研究組、清華大學(xué)陳陽研究組、歐洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究組在Nucleic AcidsResearch（IF=11.501）雜志上在線發(fā)表文章“PhaSepDB: adatabase of liquid–liquid phase separation related proteins”。該文章發(fā)布了目前包含體內(nèi)外實驗驗證的液-液相分離相關(guān)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PhaSepDB（http://db.phasep.pro/），為進一步研究體內(nèi)外蛋白質(zhì)液-液相分離形成機制、蛋白特征以及在病理過程中潛在作用提供數(shù)據(jù)支持。

    PhaSepDB數(shù)據(jù)庫對近年來發(fā)表文獻、Uniprot數(shù)據(jù)庫內(nèi)已有相分離相關(guān)蛋白 信息進行人工記錄及整合，目前已收錄2957個相關(guān)蛋白的4018條信息，2303個蛋白質(zhì)（77.9％）位于不同的細胞器中， 661個蛋白質(zhì)（22.1％）與已知細胞器不相關(guān)。該數(shù)據(jù)涵蓋三十多種無膜細胞器，提供相分離相關(guān)蛋白介紹、蛋白物質(zhì)狀態(tài)、相關(guān)突變或疾病、對應(yīng)文獻內(nèi)容、相分離相關(guān)序列特征分析以及免疫熒光圖像。同時，網(wǎng)站提供基于無膜細胞器的圖形化導(dǎo)航，并支持搜索以及下載相分離相關(guān)蛋白。

    進入網(wǎng)站界面是這樣的，就是一個搜索界面，可以根據(jù)不用的蛋白ID進行搜索，還可以篩選數(shù)據(jù)來源，也可以下載數(shù)據(jù)資料。以FUS為例進行搜索，搜索結(jié)果如圖，結(jié)果提供蛋白質(zhì)名稱、種屬、分布、已發(fā)表該蛋白相分離的文章及功能，還包括參考文獻具體說明，蛋白的生物信息學(xué)分析以及相分離的免疫熒光圖像。

    當(dāng)然數(shù)據(jù)庫還支持數(shù)據(jù)下載，可以選擇不同的數(shù)據(jù)類型，數(shù)據(jù)就以excel形式保存。