Rank-In：芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析平臺(tái)

       盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和 RNA-seq 之間固有的可變性差異，對(duì)混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了 Rank-In （http://www.baddcao.net/rank-in/index.html）來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。

網(wǎng)站首頁(yè)如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁(yè)最終會(huì)給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖。

第一步：上傳表達(dá)文件

表達(dá)文件格式如下，需上傳第一行為樣本名、第一列為基因名的表達(dá)矩陣

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對(duì)探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。

第二步：上傳分組文件

分組文件第一列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來自正常組織的樣本，“2”表示癌癥亞型1的樣本，“3”表示癌癥亞型2的樣本，依此類推

第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）

附加文件中可以包括平臺(tái)、批次等信息。 例如，在平臺(tái)列中，“1”表示數(shù)據(jù)來自 Affymetrix U133 plus2 平臺(tái)，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。

第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫）

如果填寫郵箱，結(jié)果會(huì)以郵件形式發(fā)送至該郵箱。

第五步：提交

數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點(diǎn)擊“Submit”進(jìn)行提交，頁(yè)面會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁(yè)。也可以根據(jù)頁(yè)面給出的job ID查詢結(jié)果。

結(jié)果頁(yè)面如下：

總而言之，我們可以使用Rank-In對(duì)癌癥的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。