LnCeCell數(shù)據(jù)庫

人類癌癥是由具有不同表型、基因型和表觀遺傳狀態(tài)的細(xì)胞組成的復(fù)雜生態(tài)系統(tǒng)。這種腫瘤內(nèi)異質(zhì)性是癌癥治療的主要障礙，也是大塊腫瘤分析中的重要混雜因素。單細(xì)胞RNA測序 (scRNA-seq) 技術(shù)是探索組織異質(zhì)性和細(xì)胞變異性的有力手段 ，并提供前所未有的機(jī)會來解決越來越具有挑戰(zhàn)性的生物學(xué)問題并了解癌癥發(fā)展中涉及的非典型功能機(jī)制。目前，已經(jīng)基于研究需求開發(fā)了許多單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)庫。目前的數(shù)據(jù)庫主要關(guān)注基因表達(dá)，而在腫瘤內(nèi)，細(xì)胞表現(xiàn)出由基因調(diào)控微調(diào)驅(qū)動的不同行為。因此，需要探索腫瘤中單細(xì)胞水平的基因-基因關(guān)聯(lián)。

越來越多的證據(jù)表明，LncRNA相關(guān)的競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA）調(diào)控與細(xì)胞命運的確定和各種人類疾病相關(guān)。雖然出現(xiàn)了一些包含ceRNA的數(shù)據(jù)庫，有助于了解ceRNA介導(dǎo)的腫瘤調(diào)控過程，但仍缺乏專門用于解密單細(xì)胞內(nèi)ceRNA介導(dǎo)的調(diào)控的數(shù)據(jù)庫。

基于以上背景作者開發(fā)了LnCeCell數(shù)據(jù)庫用于記錄細(xì)胞特異性 lncRNA 相關(guān) ceRNA 網(wǎng)絡(luò)。該數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

LnCeCell 是對來自 25 種癌癥的數(shù)千個細(xì)胞的細(xì)胞特異性 ceRNA 調(diào)控的整理，包括：1. 超過9000個實驗支持的腫瘤轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)、預(yù)后、循環(huán)和耐藥性的 lncRNA 生物標(biāo)志物；2. 用于原發(fā)性、惡性和轉(zhuǎn)移性癌細(xì)胞和免疫細(xì)胞的細(xì)胞特異性 ceRNA 網(wǎng)絡(luò)；3. 從文獻(xiàn)和相關(guān)數(shù)據(jù)來源手動輸入的 ceRNA 亞細(xì)胞位置的詳細(xì)信息；4. 不同細(xì)胞群的集群，表現(xiàn)出不同的行為，例如血管生成、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期、侵襲、增殖和干性。

LnCeCell 允許用戶在單個細(xì)胞中探索 lncRNA 相關(guān)的 ceRNA 網(wǎng)絡(luò)，并推斷不同腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞狀態(tài)和功能。LnCeCell 描述了來自 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集的單個細(xì)胞的幾個方面，包括 ceRNA 網(wǎng)絡(luò)、功能狀態(tài)、細(xì)胞聚類圖等，并且 ceRNA 調(diào)控的特征包括以下信息：在不同細(xì)胞群中的分布、亞細(xì)胞定位、相關(guān) ceRNA 鄰居網(wǎng)絡(luò)、功能富集、相關(guān)癌癥標(biāo)志、實驗支持的 lncRNA 生物標(biāo)志物以及各種癌癥的生存分析。易于使用的界面允許搜索、瀏覽、可視化和下載數(shù)據(jù)。對于每個 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集，LnCeCell 根據(jù) ceRNA 表達(dá)譜將細(xì)胞分類為不同的細(xì)胞群，并提供細(xì)胞群的全局圖。單擊“ceRNA”時，用戶需要輸入一對 ceRNA（一個 mRNA 和一個 lncRNA）的基因名稱或 Ensembl ID，以及用戶希望探索的數(shù)據(jù)集。LnCeCell 將根據(jù)細(xì)胞的 ceRNA 發(fā)生情況將細(xì)胞分類為不同的細(xì)胞群，并提供細(xì)胞群的全局圖。

LnCeCell 提供了用戶友好的搜索和瀏覽接口。此外，“主頁”頁面上提供了“快速搜索”界面，允許用戶直接調(diào)查數(shù)據(jù)或執(zhí)行分析。所有單細(xì)胞、lncRNA、mRNA 和癌癥生物標(biāo)志物都可以在“瀏覽”頁面上全面查看。單擊“疾病”目錄下列出的某個數(shù)據(jù)集，LnCeCell 將提供所有相關(guān)細(xì)胞的圖表，其中每個細(xì)胞的大小和顏色隨細(xì)胞中識別的 ceRNA 規(guī)則的數(shù)量而變化。單擊圖表中的每個單元格可以查看詳細(xì)信息。為了進(jìn)一步過濾結(jié)果表，LnCeCell 在數(shù)據(jù)表頂部提供了一個搜索框，允許用戶使用關(guān)鍵字（例如某種類型的疾病或組織）獲得更精確的結(jié)果。用戶可以通過單擊不同的列標(biāo)題來重新排列數(shù)據(jù)表。點擊“復(fù)制”、“Excel”、“CSV”和“PDF”按鈕，可以靈活下載ceRNA和細(xì)胞的定制結(jié)果表。LnCeCell 中的所有數(shù)據(jù)都可以在“下載”頁面上免費下載。