TISCH：腫瘤微環(huán)境的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫(kù)

TISCH：腫瘤微環(huán)境的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫(kù)

TISCH收集了人類和小鼠的腫瘤相關(guān) scRNA-seq 研究，除了未經(jīng)治療的患者的數(shù)據(jù)集外，還包括那些接受過(guò)治療的患者的數(shù)據(jù)集。該數(shù)據(jù)庫(kù)在單細(xì)胞水平上提供詳細(xì)的細(xì)胞類型注釋，從而能夠在不同的癌癥類型中探索腫瘤微環(huán)境。

http://tisch.comp-genomics.org/

l  Dataset

該模塊是根據(jù)癌癥類型進(jìn)行搜索。用戶可以選擇感興趣的癌癥類型、免疫細(xì)胞類型，然后選擇是否接受過(guò)治療/接收什么類型的治療，選擇轉(zhuǎn)移或原位腫瘤，將在下方顯示符合用戶選擇條件的數(shù)據(jù)集。點(diǎn)擊“Compare”可以進(jìn)行分析：

頁(yè)面下方將顯示UMAP圖，在箭頭所指處輸入感興趣的基因后進(jìn)行搜索，將在右側(cè)展示該基因的表達(dá)情況。

l  Gene

在該模塊中，用戶可以輸入感興趣的基因，然后選擇癌癥、細(xì)胞類型。最后根據(jù)用戶的需求選擇數(shù)據(jù)集，點(diǎn)擊“Search”進(jìn)行搜索。

將在頁(yè)面下方顯示熱圖，點(diǎn)擊箭頭所示處可以下載圖片；點(diǎn)擊左側(cè)數(shù)據(jù)集名稱將獲得該數(shù)據(jù)集的小提琴圖，以反映所有選定數(shù)據(jù)集中不同細(xì)胞類型的基因表達(dá) (logTPM)。