LncPep：lncRNA編碼肽段數(shù)據(jù)庫(kù)

長(zhǎng)鏈非編碼 RNA (lncRNA) 是一種大于 200 個(gè)核苷酸的轉(zhuǎn)錄物，已被證明在多個(gè)物種中發(fā)揮強(qiáng)大的調(diào)節(jié)功能，通常缺乏編碼蛋白質(zhì)的能力。然而，越來(lái)越多的證據(jù)表明 lncRNA 能夠編碼在生物過(guò)程和疾病中發(fā)揮相關(guān)活性的肽。

LncPep （http://www.shenglilabs.com/LncPep/）共涵蓋 39 個(gè)不同物種的883,804個(gè)lncRNA 翻譯的10,580,228個(gè)肽段。肽段預(yù)測(cè)應(yīng)用了質(zhì)譜、核糖體分析、Pfam、翻譯起始位點(diǎn)、RNA 位點(diǎn)的 N6-甲基腺苷修飾、CPC2 和 CPAT 的方法。

l  Browse

選擇感興趣的物種，如“Human”,選擇編碼肽預(yù)測(cè)方式，點(diǎn)擊”Sort“后，將在下方顯示該物種特定預(yù)測(cè)方式下所有編碼肽段的lncRNA。

點(diǎn)擊結(jié)果中藍(lán)色的信息，可以獲得lncRNA/肽的詳細(xì)信息。

l  Validated

該模塊展示了有文獻(xiàn)支持的編碼肽的lncRNA，點(diǎn)擊PMID可以跳轉(zhuǎn)到文獻(xiàn)。

l  Search

該模塊提供了4種搜索方式：通過(guò)lncRNA/宿主基因/染色體位置/編碼預(yù)測(cè)方式進(jìn)行搜索。

l  Predict

輸入1000bp以內(nèi)的fasta格式lncRNA序列，選擇相應(yīng)物種，點(diǎn)擊“Predict“,將在下方顯示預(yù)測(cè)結(jié)果：

l  Blast

輸入1000bp以內(nèi)的fasta格式lncRNA序列或者肽，選擇相應(yīng)物種，點(diǎn)擊“Blast“,將在下方顯示預(yù)測(cè)結(jié)果，點(diǎn)擊”link“查看詳細(xì)信息：