Structural Signature：探索人類細胞系和組織蛋白質(zhì)結構特征的在線平臺

蛋白質(zhì)的結構特征為了解生物學功能和相似性提供了有力的見解。之前的研究已經(jīng)證明，組織和藥物處理的細胞系樣本的結構特征可分別用于預測組織類型和表征藥物關系。Structural Signature是一個網(wǎng)絡服務器，用于注釋和分析基因組中的蛋白質(zhì)特征，這些特征通常在轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)。

https://structural-server.kinametrix.com/.

l  Input

輸入基因名稱或 UniProt ID 列表,點擊“Submit”后耐心等待幾分鐘：

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在結果頁面，可以單擊“Download Results”下載結果為csv格式：

也可以選擇感興趣的結果進行可視化：

點擊“”圖標可以下載結果圖：

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在該頁面上允許用戶探索來自人類患者樣本數(shù)據(jù)庫的 GTEx、ARCHS4 和肺腺癌單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù)的特征。該頁面中數(shù)據(jù)既表示為交互式 3D t-SNE 圖，也表示為原始值及其頻率的可搜索表。t-SNE參數(shù)如下：n_components=3、verbose=1、perplexity=30 和 n_iters=250。