ncFO數(shù)據(jù)庫記錄了參與調(diào)節(jié)鐵死亡的實驗驗證和預(yù)測的非編碼RNA(ncRNAs)。ncFO總共記錄了90個實驗驗證條目和3260個預(yù)測條目。同時,ncFO數(shù)據(jù)庫還可以進行在線共表達分析、生存分析和差異表達分析。http://www.jianglab.cn/ncFO/
l Search
用戶可以通過鐵死亡基因和三種 ncRNA(miRNA、lncRNA、circRNA)搜索所有經(jīng)過實驗驗證的條目。
以鐵死亡相關(guān)基因“ACSL4”為例,點擊“Search”跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁面。搜索結(jié)果展示與ACSL4相關(guān)的ncRNA。
點擊“Correlation analysis”可以查看不同疾病中ACSL4與ncRNA的相關(guān)性。
l Prediction tools
1.用戶可以通過鐵死亡基因、lncRNAs或miRNAs進行搜索,獲得調(diào)控鐵死亡基因的miRNAs/lncRNAs。
以“has-let-7b-5p”為例,搜索結(jié)果包含基本信息、分析工具、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其詳細信息。
“Analysis tool”可以進行不同疾病中has-let-7b-5p的差異表達分析、生存分析、分期分析。
2. 用戶可以使用共表達分析預(yù)測與鐵死亡相關(guān)的ncRNA。用戶可以輸入鐵死亡基因、ncRNA 類型、cuttoff、分析方法并指定癌癥類型。共表達分析使用TCGA 數(shù)據(jù)集。
以“GPX4”與miRNA在乳腺癌中的共表達分析為例,結(jié)果中展示了miRNA與GPX4的相關(guān)性,miRNA在乳腺癌中的差異表達、分期、生存分析結(jié)果。