單細(xì)胞RNA測序揭示了膠質(zhì)瘤小鼠模型惡性進(jìn)展過程中免疫抑制髓細(xì)胞多樣性

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2023-03-31
我們利用單細(xì)胞RNA測序在小鼠膠質(zhì)瘤模型中研究了TME的細(xì)胞異質(zhì)性,該模型重現(xiàn)了從LGG到HGG的惡性進(jìn)展......


近年來的研究表明,動態(tài)腫瘤微環(huán)境(TME)在高級別膠質(zhì)瘤(HGGs)中的重要性。具體而言,髓系細(xì)胞在膠質(zhì)瘤中介導(dǎo)免疫抑制。然而,髓系細(xì)胞是否在低級別膠質(zhì)瘤(LGG)惡性進(jìn)展中發(fā)揮作用尚不清楚。在本研究中,我們利用單細(xì)胞RNA測序在小鼠膠質(zhì)瘤模型中研究了TME的細(xì)胞異質(zhì)性,該模型重現(xiàn)了從LGGHGG的惡性進(jìn)展,為具有惡性進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)的LGG患者提供治療機(jī)會。該研究發(fā)表在《CELL REPORTS》,IF9.995。

研究方法:細(xì)胞培養(yǎng)、組織樣本收集、單細(xì)胞測序、H&E染色、隨機(jī)森林建模、IPA分析、流式細(xì)胞術(shù)、免疫熒光、Opal、qPCR、生存分析


技術(shù)路線:



主要研究結(jié)果:

1. scRNA-seq識別膠質(zhì)瘤進(jìn)展過程中的動態(tài)免疫細(xì)胞異質(zhì)性

未成熟的髓系來源細(xì)胞可能限制T細(xì)胞浸潤和活化,導(dǎo)致膠質(zhì)瘤的免疫抑制。為了研究髓系細(xì)胞群的異質(zhì)性以及在LGG惡性進(jìn)展過程中TME中這種多樣性的功能后果,我們使用了小鼠PDGF-B-驅(qū)動的RCAS膠質(zhì)瘤模型。該模型在大約3 ~ 4周開始形成LGGs,在大約6 ~ 8周進(jìn)展為HGGs(1A)。我們通過流式細(xì)胞術(shù)檢測CD11bGr1 (Ly6c/Ly6g)(一種小鼠髓源性抑制細(xì)胞的標(biāo)志物),確定了在特定時間點(diǎn)荷瘤動物骨髓中髓系細(xì)胞的比例。CD11b+Gr1+細(xì)胞增加與腫瘤進(jìn)展相關(guān)。然而,我們的觀察闡明了在攜帶膠質(zhì)瘤的動物中,骨髓中CD11b+Gr1+細(xì)胞擴(kuò)增的初始時間。

為了研究腫瘤進(jìn)展過程中髓系細(xì)胞類型特異性的轉(zhuǎn)錄變化,我們對來自無腫瘤動物(NTs;n = 2)、LGG (n = 3)HGG (n = 3),使用10× Genomics平臺(1B)。在包含所有樣本12,668個細(xì)胞的整合數(shù)據(jù)集中,我們共識別出15個不同的細(xì)胞簇,這些細(xì)胞簇包括不同的小膠質(zhì)細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、單核細(xì)胞、T細(xì)胞、B細(xì)胞、自然殺傷細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、血小板和未成熟紅細(xì)胞群(1C)。我們通過表達(dá)每種細(xì)胞類型的典型標(biāo)記(使用點(diǎn)圖(1D)和特征圖(1E)可視化)來驗(yàn)證細(xì)胞簇的身份。


1惡性進(jìn)展過程中腫瘤浸潤白細(xì)胞的單細(xì)胞RNA測序


為了確定膠質(zhì)瘤進(jìn)展過程中的免疫細(xì)胞景觀動態(tài),我們評估了NT、LGGHGG的髓樣和淋巴樣細(xì)胞分布和異質(zhì)性(2A)。我們將巨噬細(xì)胞分為以下4種亞型:邊界相關(guān)巨噬細(xì)胞(BAMs)、膠質(zhì)瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞(GAMs)、巨噬細(xì)胞和中間單核/巨噬細(xì)胞(Int Mos/Macs)。我們觀察到,與LGG(4.7%)相比,HGGsGAMs的比例(GpnmbSpp1表達(dá)為標(biāo)記)增加(20.8%)(2A2B)。我們發(fā)現(xiàn),與NT(3.5%)相比,LGGs(9.4%)HGGs(8.8%)Int Mos/ mac均增加。在HGGs中,GAMs的增加也伴隨著T細(xì)胞比例的降低(2A2B)。這些數(shù)據(jù)提示,髓系介導(dǎo)的T細(xì)胞募集或擴(kuò)增抑制。為了驗(yàn)證這些結(jié)果,我們對低級別和高級別胃癌的腫瘤浸潤免疫細(xì)胞進(jìn)行了流式細(xì)胞術(shù)檢測。我們定量了CD45+細(xì)胞中CD45hiCD11b+細(xì)胞的百分比,通常被識別為BMDM細(xì)胞。我們檢測到HGGsBMDM細(xì)胞的百分比(11.5%±4.5%)LGGs(2.7±1.5%)增加了4(2C2D)。我們觀察到LGGsCD45+細(xì)胞內(nèi)淋巴細(xì)胞(CD11b?CD45hi)的比例(26.9%±12%)明顯高于HGGs(9%±6.6%;p = 0.0197)(2F)。我們還計(jì)算了淋巴細(xì)胞:BMDM細(xì)胞(CD45+細(xì)胞內(nèi))LGGHGG中的比例。LGGsCD45+細(xì)胞的淋巴細(xì)胞:BMDM細(xì)胞比率(10.4±3.8)明顯高于HGGs(0.76±0.34)。這進(jìn)一步證實(shí)了在HGGsCD45+細(xì)胞中的淋巴細(xì)胞群比例減少(2F)。在63.5%±7%LGGs87.3%±5.1%HGGs中,CD45hiCD11b+細(xì)胞也表達(dá)巨噬細(xì)胞標(biāo)記物F4/80(2C2D)。在CD45hiCD11b+細(xì)胞中,LGG動物(5.5%±3.2%)HGG動物(10.9%±4.3%)CD11b+Gr1+細(xì)胞(髓源性抑制細(xì)胞)的差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(2D)。此外,我們通過流式細(xì)胞術(shù)驗(yàn)證了患有LGGHGG的動物大腦中存在T細(xì)胞(2E)。我們發(fā)現(xiàn)LGGs中淋巴細(xì)胞群中的T細(xì)胞(CD45hiCD11b?)(78.5%±1.4%)明顯高于HGGs(43.4%±11.3%)。同樣,在淋巴細(xì)胞群體中,LGGsCD8+ T細(xì)胞比例(33%±6.2%)明顯高于HGGs(8.6%±10.9%)(2F)。這些結(jié)果支持了我們的scRNA-seq數(shù)據(jù),該數(shù)據(jù)也顯示了HGGsT細(xì)胞浸潤減少。

在正常大腦中觀察到的主要免疫細(xì)胞類型是小膠質(zhì)細(xì)胞,81.2%的免疫細(xì)胞聚集為小膠質(zhì)細(xì)胞。相比之下,LGGHGG中分別只有41%48.3%的免疫細(xì)胞是小膠質(zhì)細(xì)胞(2A、2B)。在正常大腦中無法檢測到激活的小膠質(zhì)細(xì)胞群;然而,它們分別占LGGsHGGs9%8.5%(2A2B)。


2單細(xì)胞RNA測序顯示膠質(zhì)瘤進(jìn)展過程中免疫細(xì)胞浸潤的差異


2. 惡性進(jìn)展過程中巨噬細(xì)胞采用免疫抑制轉(zhuǎn)錄信號

我們的scRNA-seq分析確定了4個不同的巨噬細(xì)胞簇。BAMInt Mos/Macs表達(dá)BMDM細(xì)胞的獨(dú)特特征(Tgfbi、Cd14Itga4)(3A),相比之下,GAM和巨噬細(xì)胞簇表達(dá)了微膠質(zhì)來源的巨噬細(xì)胞的特征(Trem2、Cd9、Cd81Ctsb、CtsdCtsd),并表現(xiàn)出BMDM相關(guān)基因的顯著下調(diào)特征(3A)。

BAMs主要參與CNS邊緣區(qū)域的清除功能,而已知巨噬細(xì)胞的其他亞群也存在于TME中。因此,我們的進(jìn)一步分析將主要關(guān)注非BAMs巨噬細(xì)胞亞群,它們在腦TME的背景下更相關(guān)。對GAMs、巨噬細(xì)胞和Int Mos/Macs的聯(lián)合分析表明,HGGs中免疫抑制因子(Mif、Lgals3PkmAxl、Id2Ccl4)水平較高,而LGGs中募集因子(Ccl5、Cxcl9Cxcl10)M1基因(Stat1HLAII (H2-Aa)IL-1β)顯著表達(dá)(3B)。


3膠質(zhì)瘤進(jìn)展過程中巨噬細(xì)胞簇的異質(zhì)性


3. 惡性進(jìn)展過程中的異質(zhì)性和不同的巨噬細(xì)胞簇功能

NT相比,GAMLGGCd74、MhcII (H2-Aa)基因和Stat1表達(dá)水平升高,在HGGApoE、ApoC1Timp2表達(dá)水平升高(3C)。與NT相比,LGG中巨噬細(xì)胞Cd74MHCII (H2-Aa)基因表達(dá)水平升高(3E)。與LGG相比,在HGGsApoE、Timp2Cd63Ctsd上調(diào)(3E)。與GAMs相似,LGGHGG中巨噬細(xì)胞簇的Cd74Mif表達(dá)水平也明顯高于NT (p < 0.005)(3F)附圖4至附圖9顯示:IPA分析發(fā)現(xiàn),與NT相比,LGG的巨噬細(xì)胞簇中TNF、IFNG、TREM2STAT1被激活。與LGG相比,HGG下調(diào)IFNGSTAT1,上調(diào)CSF1、PPARGIL-10RA。在Int Mo/Mac聚類中,ApoE、Apoc1、CtsdSpp1Timp2HGG中差異表達(dá)前20位的基因。相比之下,趨化因子Ccl5Ccl8Cxcl9是該類群中LGG中差異表達(dá)最多的基因。IPA分析發(fā)現(xiàn),與NT相比,LGGIFNGSTAT1相關(guān)通路上調(diào)。另一方面,與LGG相比,HGGIL-10RA、PTGER4PPARG被激活,而IFNG、STAT1IFNG下調(diào)。我們在HGGGAMInt Mo/Mac聚類中發(fā)現(xiàn)了前20個上調(diào)基因中的Spp1。同樣,GpnmbHGGGAMs中上調(diào)最多的基因之一。隨后,我們發(fā)現(xiàn)GAMs中同時表達(dá)M1M2標(biāo)記物。此外,在GAMs、巨噬細(xì)胞和Int Mos/ mac中的轉(zhuǎn)錄譜顯示出較高的預(yù)測價值,并且在腫瘤進(jìn)展期間顯示出免疫抑制進(jìn)化。我們在GAMs中發(fā)現(xiàn)了Apoc1ApoE,在巨噬細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了Cd74MHCII,在Int Mo/Mac人群中發(fā)現(xiàn)了MHCII、Cd74、M1極化標(biāo)簽Stat和趨化因子Ccl5。


4. CD74-MIF軸作為腫瘤浸潤巨噬細(xì)胞的靶點(diǎn)

鑒于所有3個巨噬細(xì)胞簇似乎都表現(xiàn)出免疫抑制特性,我們確定了LGG期的常見標(biāo)記物,值得進(jìn)一步的功能研究。與NT相比,LGGHGG樣本中的GAMs和巨噬細(xì)胞中Cd74及其結(jié)合伙伴Mif的表達(dá)均顯著上調(diào)(3D3F)。同樣,與LGG相比,GAMs和巨噬細(xì)胞中促血管生成驅(qū)動因子Id2和免疫抑制分子Lgals3HGG中顯著上調(diào)(3D3F)。

為了評估CD74在荷瘤動物中的原位表達(dá),我們對NT、LGGHGG的組織切片進(jìn)行了CD74CD68的聯(lián)合染色,并進(jìn)行了全腫瘤組織成像,共分析了367FOVs。我們發(fā)現(xiàn),與NT(0.07%±0.2%)相比,HGG(3.4%±5.8%)LGG(1.4%±2.9%)CD74陽性細(xì)胞比例顯著增加(3G)。然后,我們用qPCR方法驗(yàn)證了從TME分離的免疫細(xì)胞中Cd74Id2的表達(dá)。我們發(fā)現(xiàn)與LGG相比,HGGCd74Id2的表達(dá)明顯增加(3H)。流式細(xì)胞術(shù)染色也顯示,與LGG(3.9%±1.7%)相比,HGGsCD45hiCD11b+細(xì)胞中過表達(dá)CD74(31.9%±16.2%)(3I)。我們在LGGHGG患者中均發(fā)現(xiàn)CD74+CD206+細(xì)胞。然而,LGG患者的CD74+CD206+細(xì)胞數(shù)量顯著增加(3J),證實(shí)了浸潤性人腦膠質(zhì)瘤巨噬細(xì)胞中CD74的表達(dá)。


5. HGG TMET細(xì)胞運(yùn)輸和激活的限制

我們觀察到,與HGG樣本相比,LGG中的T細(xì)胞浸潤增加(2BS2A)CD3+ T細(xì)胞占LGGs免疫浸潤的6.4%,而在每個樣本中,正常腦和HGGsCD3+ T細(xì)胞比例分別不到0.08%2.1%(2BS2A)。為此,差異表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),在LGG的浸潤T細(xì)胞中,趨化因子(Ccl8、Cxcr6、Ifn-γCcl5)上調(diào)(S11)。相比之下,HGG中的免疫浸潤T細(xì)胞表達(dá)更多與脂質(zhì)代謝相關(guān)的分子,如ApoE、Apoc1、HmoxFabp5(4A)。

接下來,我們研究了低級別GGS和高級別GGS之間總CD3+ T細(xì)胞的基因表達(dá)差異。LGGs中的總T細(xì)胞還表達(dá)顯著增加的T細(xì)胞活化標(biāo)記Ifn-γ水平(4B4H)。與HGGNT相比,T細(xì)胞共刺激分子Cd28Th1轉(zhuǎn)錄因子Tbx21LGG中也上調(diào),但未達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性(4B4H)。相比之下,HGG中的總T細(xì)胞表達(dá)的T細(xì)胞活化標(biāo)志物(Cd69Ifn-γ)和效應(yīng)記憶標(biāo)志物(Cd44)顯著少于LGG(4B4H)

CD4+ T細(xì)胞在LGG中表達(dá)的T細(xì)胞活化標(biāo)志物Cd69明顯高于HGG (p < 0.05)。相比之下,CD4+ T細(xì)胞惡性進(jìn)展為HGG后,T細(xì)胞抑制標(biāo)志物Pdcd1、Lgals3、Lag3、Havcr2 (Tim3)Th2轉(zhuǎn)錄因子(Gata3)和調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Treg)標(biāo)志物(Foxp3)均出現(xiàn)增加(4C);然而,可能由于細(xì)胞計(jì)數(shù)非常低,沒有達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。在CD8+ T細(xì)胞中,我們觀察到HGGCd28Cd69的表達(dá)明顯低于LGG(4D)???/span>T細(xì)胞的IPA分析也發(fā)現(xiàn)了Th1極化和細(xì)胞毒性的抑制(4E)。IFNGIRF3HGGLGG中下調(diào)最多的預(yù)測通路,而cite 2IL-10RASTAT6HGGLGG中上調(diào)最多的預(yù)測通路(4F)。接下來,我們使用X細(xì)胞對TCGA數(shù)據(jù)集進(jìn)行反褶積分析,研究了LGG (n = 33)HGG (n = 58)患者之間CD8 T細(xì)胞計(jì)數(shù)和自然殺傷細(xì)胞(NK)計(jì)數(shù)的差異(4G)。我們發(fā)現(xiàn)LGG患者的CD8+ T細(xì)胞和NK細(xì)胞富集評分顯著高于HGG患者,這與我們從RCAS-Ntva模型中得到的結(jié)果一致。

總之,我們在RCAS-Ntva模型中的結(jié)果以及在人類組織/數(shù)據(jù)集中的驗(yàn)證支持,在腫瘤進(jìn)展到HGG時,TME內(nèi)的免疫抑制巨噬細(xì)胞簇可能限制了T細(xì)胞的功能和浸潤(4H)


4攜帶HGG的動物T細(xì)胞活化受損


結(jié)論:

我們的數(shù)據(jù)表明,巨噬細(xì)胞在低級別腫瘤階段表現(xiàn)出免疫激活的特征,并在腫瘤轉(zhuǎn)化為高級別時獲得免疫抑制特征。在LGGHGG之間的動態(tài)階段,針對巨噬細(xì)胞的功能研究可能消除免疫抑制機(jī)制,并為阻止惡性進(jìn)展提供治療機(jī)會。


參考文獻(xiàn)

Rajendran S, Hu Y, Canella A, et al. Single-cell RNA sequencing reveals immunosuppressive myeloid cell diversity during malignant progression in a murine model of glioma. Cell Rep. 2023; 42(3):112197. doi: 10.1016/j.celrep.2023.112197.