RNA測序鑒定新的lncRNA作為結(jié)直腸癌的診斷標(biāo)志物1
RNA測序鑒定新的lncRNA作為結(jié)直腸癌的診斷標(biāo)志物1
長鏈非編碼RNA（lncRNA）雖然已經(jīng)被應(yīng)用到人體病理學(xué)中，但是其在結(jié)直腸癌發(fā)生過程中的功能作用卻還不完全清楚。為了研究lncRNA在結(jié)直腸癌發(fā)生過程中的所發(fā)揮的作用，作者通過RNA測序的方法分析3對結(jié)直腸癌和配對正常粘膜組織的全轉(zhuǎn)錄組。結(jié)合TCGA數(shù)據(jù)集，作者鑒定出了27個表達(dá)上調(diào)的和22個表達(dá)下調(diào)的lncRNA。并采用RT-PCR驗證了4個表達(dá)上調(diào)的lncRNA（CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4）在139個結(jié)直腸癌組織和配對的正常粘膜組織中的表達(dá)。在結(jié)腸癌細(xì)胞中敲除CRCAL-3和CRCAL-4，能降低細(xì)胞活性和克隆形成能力，誘導(dǎo)細(xì)胞周期停滯。通過對TCGA的結(jié)腸癌數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，作者發(fā)現(xiàn)CRCAL-3和CRCAL-4與細(xì)胞周期相關(guān)，并利用RNA測序數(shù)據(jù)構(gòu)建了差異表達(dá)的lncRNA和mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖。
技術(shù)路線圖：
研究結(jié)果：
圖1 RNA測序（左圖）和TCGA結(jié)腸癌數(shù)據(jù)（右圖）的熱圖分析。
圖2 RT-PCR 驗證CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4在139個結(jié)直腸癌組織中的表達(dá)。
圖3 在結(jié)腸癌細(xì)胞HCT116和SW620中敲除CRCAL-3和CRCAL-4后，檢測對細(xì)胞的的影響。
圖4 利用TCGA數(shù)據(jù)集分析CRCAL-3和CRCAL-4，并構(gòu)建RNA測序得到的差異lncRNA和mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖。
1.Yamada, A., P. Yu, W. Lin, et al., A RNA-Sequencing approach for the identification of novel long non-coding RNA biomarkers in colorectal cancer. Sci Rep, 2018. 8(1): p. 575.
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