缺氧信號通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信號通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信號通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
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缺氧信號轉(zhuǎn)導通路PCR芯片可檢測響應低氧水平的84個基因的表達，可用于研究實驗樣品中缺氧信號通路的活性狀況。氧氣對有氧能量代謝過程，如氧化磷酸化是必須的。在真核細胞中，通過細胞缺氧誘導因子（HIF）轉(zhuǎn)錄激活缺氧信號轉(zhuǎn)導通路，從而形成缺氧條件。HIF異二聚體由一個β亞基和表達受到嚴格調(diào)控的三個α亞基異構(gòu)體中的一個組成。氧的存在激活羥脯氨酰羥化酶，催化HIF羥基化，并導致其多聚泛素化和降解。在缺氧條件下，羥脯氨酰羥化酶失活，允許HIF聚集，啟動靶基因的表達。缺氧誘導靶基因表達介導多種生物功能，如血管生成，造血和維護血管張力，為組織提供或更新血液和氧氣。缺氧信號失調(diào)通常發(fā)生在腫瘤血管生成和慢性炎癥等疾病中。聯(lián)合應用多種實驗方法，如表達研究，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP），以及生物信息學分析預測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點，已經(jīng)找到了數(shù)以百計的HIF靶基因。芯片中包含了HIF信號轉(zhuǎn)錄因子、HIF相互作用的蛋白、多種方法找到的高度相關的HIF靶基因，以及16個實驗得到的與缺氧信號通路有關的關鍵生物標記物基因。通過這16個基因的相對表達水平和分類算法可以得到一個通路活性分數(shù)，這個分數(shù)可用于分辨實驗樣本缺氧信號通路的活性狀況。通過實時定量PCR的方法，研究者即能夠利用該芯片簡單可靠地同時檢測缺氧信號通路的活性，分析缺氧信號通路相關的基因表達。 HIF1 & Co-Transcription Factors: ARNT, COPS5, HIF1A, HIF1AN, HIF3A, HNF4A, NCOA1, PER1. Other HIF1 Interactors: APEX1, EGLN1, EGLN2, NFKB1, P4HA1, P4HB, TP53. Responsive Genes: Angiogenesis: ADORA2B, ANGPTL4, ANXA2, EGR1, EDN1, EPO, F3, GPI, HMOX1, JMJD6, LOX, MMP9, PGF, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), VEGFA. Coagulation: ALDOA, ANXA2, F10, F3, F3, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), SLC16A3. DNA Damage Signaling & Repair: ATR, MIF, NDRG1, RUVBL2. Metabolism: ALDOA, DDIT4 (REDD1), ENO1, ERO1L, GBE1, GPI, GYS1, HK2, LDHA, PDK1, PFKFB3, PFKFB4, PFKL, PFKP, PGK1, PKM2, SLC2A1, SLC2A3, TPI1. Regulation of Apoptosis: ADM, BNIP3, BNIP3L, DDIT4 (REDD1), IER3, MIF, NOS3 (eNOS), PIM1. Regulation of Cell Proliferation: ADM, BLM, CCNG2, EGR1, IGFBP3, MET, MIF, MXI1, NAMPT, NOS3 (eNOS), ODC1, PGF, PIM1, TXNIP. Transcription Factors: BHLHE40, FOS, RBPJ, USF2. Transporters, Channels & Receptors: SLC2A1, SLC2A3, SLC16A3, TFRC, VDAC1. Other Responsive Genes: ANKRD37, CA9, CTSA, DNAJC5, EIF4EBP1, LGALS3, MAP3K1. Pathway Activity Signature Genes: ALDOC, ANGPTL4, ANKRD37, BHLHE40, BNIP3, BNIP3L, CA9, FAM162A, HK2, LDHA, NDRG1, P4HA1, PFKFB4, PGK1, SLC2A3, VEGFA. |
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