lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實驗

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lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實驗

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 功能實驗
1、LncRNA定量PCR
2、LncRNA原位雜交
3、5’-RACE, 3’-RACE實驗(lncRNA全長擴增實驗)
4、lncRNA干擾實驗
5、lncRNA過表達實驗
   需要先通過5’-RACE實驗找到lncRNA轉(zhuǎn)錄起始位點
6、lncRNA細胞功能實驗
   細胞增殖、細胞凋亡、細胞周期、細胞遷移
 
生物信息學分析
一、差異lncRNA靶基因預測
lncRNA的靶基因較為復雜,主要分為正式和反式兩種作用機制.lncRNA作用機制與miRNA類似,均可以通過調(diào)控相應的mRNA來行使功能,所以靶基因的預測在科學研究中都顯得非常必要。
二、靶基因Gene Ontology分析
我們將靶基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫的各節(jié)點映射,計算每個節(jié)點的基因數(shù)目.
三、靶基因Pathway分析
信號通路分析需要完備的注釋信息支持，通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個數(shù)據(jù)庫的信息可以精確檢驗來進行Pathway的顯著性分析。
四、lncRNA與調(diào)控基因的表達機制
通過整合lncRNA的信息和靶基因之間的關(guān)系,我們可以得到一個lncRNA與靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡圖.
五、 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預測
對于差異表達lncRNA，提取轉(zhuǎn)錄起始位點上下游序列,使用預測程序?qū)ζ滢D(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點進行預測.
六、基因關(guān)聯(lián)分析
現(xiàn)在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達探針,通過將lncRNA的靶基因分析結(jié)果與芯片上mRNA的表達結(jié)果做關(guān)聯(lián)分析,可以更進一步的分析lncRNA的功能。
七、信號通路調(diào)控網(wǎng)絡構(gòu)建（Pathway-Act-Network）：
實驗中基因同時參與了很多Pathway，通過構(gòu)建信號通路調(diào)控網(wǎng)絡，從宏觀層面看到Pathway之間的信號傳遞關(guān)系，在多個顯著性Pathway中發(fā)現(xiàn)受實驗影響的核心Pathway，以及實驗影響的信號通路之間的調(diào)控機理。
八、lncRNA的功能分析
根據(jù)lncRNA最新的功能數(shù)據(jù)庫，利用生物信息學工具，做出Function-Tar-Net圖表，從而得出lncRNA與功能的關(guān)系。


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