直腸癌是指從齒狀線至直腸乙狀結(jié)腸交界處之間的癌,是消化道最常見的惡性腫瘤之一。直腸癌位置低,容易被直腸指診及乙狀結(jié)腸鏡診斷。但因其位置深入盆腔,解剖關(guān)系復(fù)雜,手術(shù)不易徹底,術(shù)后復(fù)發(fā)率高。YAP活化是結(jié)直腸癌(CRC)等腫瘤發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵因素。然而,目前尚不清楚N6-Methyl腺苷(m6A)是否修飾了lon的轉(zhuǎn)錄本。 G非編碼RNA(LncRNAs)可調(diào)節(jié)YAP在腫瘤進(jìn)展過程中的活化。2019年10月16日發(fā)表于 Mol. Cancer的一篇文章‘Long noncoding RNA GAS5 inhibits progression of colorectal cancer by interacting with and triggering YAP phosphorylation and degradation and is negatively regulated by the m6A reader YTHDF3’(影響因子: 10.679),主要研究了LncRNAs與m6A修飾在YAP信號傳遞和CRC進(jìn)展中的功能聯(lián)系。
結(jié)果:
一、與YAP相互作用的lncRNA的篩選和鑒定
在八種不同的CRC細(xì)胞系中分析GAS5表達(dá)與CRC細(xì)胞中的YAP表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。當(dāng)GAS5被抑制時,核YAP蛋白會積累,而當(dāng)GAS5過表達(dá)時,核YAP蛋白會下降。與YAP相互作用的lncRNA的候選物數(shù)量,并發(fā)現(xiàn)GAS5與YAP直接相互作用并抑制YAP的核積累。
二、GAS5與YAP蛋白相互作用的生化特征
GAS5突變體Δ3與YAP結(jié)合的效率與全長GAS5一樣有效,而其他突變體完全失去了其結(jié)合能力,表明與YAP結(jié)合需要GAS5的262-480位核苷酸。GAS5與YAP的171-263個氨基酸(aa)區(qū)結(jié)合(圖2j)該區(qū)域編碼稱為WW域的結(jié)構(gòu)域,圖2k顯示了YAP GAS5結(jié)合復(fù)合物的結(jié)構(gòu)。利用兩種獨(dú)立的方法,包括生物層干涉法(BLI)分析,RNA熒光原位雜交(RNA FISH)和免疫熒光共染色測定法,以鑒定lncRNA GAS5與YAP之間的相互作用。進(jìn)行了BLI分析,以檢驗(yàn)YAP–GAS5復(fù)合物與Fortebio Octet系統(tǒng)的結(jié)合親和力。生化映射表明,GAS5直接與YAP的WW域相互作用,以促進(jìn)內(nèi)源性YAP從細(xì)胞核到細(xì)胞質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。
三、GAS5促進(jìn)YAP磷酸化,以促進(jìn)其泛素化和降解
GAS5-/-降低了絲氨酸127處的YAP磷酸化水平,上調(diào)了YAP目標(biāo)基因CTGF的表達(dá)。由于GAS5的上調(diào)顯著抑制了YAP的總蛋白水平,而使YAP的mRNA水平保持不變,GAS5過表達(dá)細(xì)胞中多泛素化的YAP蛋白顯著增加。與全長GAS5一樣,GAS5突變體-Δ3的過度表達(dá)成功地促進(jìn)了YAP磷酸化,而其他突變體則完全喪失了促進(jìn)YAP磷酸化的能力(圖3f)。在YAP抑制和GAS5上調(diào)組中,針對差異表達(dá)基因的KEGG通路分析的相交分析表明,共有543個共同目標(biāo)高度重疊,主要在同一方向和豐富了Hippo途徑,強(qiáng)烈支持GAS5在YAP信號傳導(dǎo)中的關(guān)鍵作用(圖3h-i)。GAS5通過促進(jìn)YAP磷酸化和胞質(zhì)螯合以促進(jìn)其泛素化和降解來抑制YAP信號傳導(dǎo)。
四、LncRNA GAS5通過體內(nèi)外YAP失調(diào)抑制大腸癌進(jìn)展
為了研究GAS5在CRC進(jìn)展中的作用在體外和體內(nèi),進(jìn)行構(gòu)建穩(wěn)定地過表達(dá)GAS5或與YAP共轉(zhuǎn)染的CRC細(xì)胞系。GAS5的過表達(dá)顯著抑制了CRC細(xì)胞的增殖和侵襲能力,而增加的YAP表達(dá)成功逆轉(zhuǎn)了GAS5介導(dǎo)的對CRC細(xì)胞增殖的抑制作用。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)顯示GAS5的過度表達(dá)顯著損害了腫瘤的生長,同時伴隨著細(xì)胞活力和腫瘤體積的下降。說明GAS5通過在體外和體內(nèi)抑制YAP信號傳導(dǎo)來抑制CRC進(jìn)展。
五、YTHDF3是YAP的新型靶標(biāo),可在體外和體內(nèi)受GAS5調(diào)控
由于YAP的失調(diào)對CRC的病理生物學(xué)和進(jìn)展具有重要意義,因此進(jìn)行RNA干擾介導(dǎo)的YAP敲除,以發(fā)現(xiàn)CRC腫瘤進(jìn)展的潛在新靶標(biāo)。 YAP的過表達(dá)增加了YTHDF3的表達(dá)以及CTGF和CYR61的表達(dá)。 CRC細(xì)胞中,YAP和YTHDF3之間的mRNA和蛋白表達(dá)呈正相關(guān)(圖5g,h),YTHDF3是一個新穎的靶標(biāo)YAP。YAP與YTHDF3的啟動子結(jié)合,YAP共轉(zhuǎn)染到CRC細(xì)胞中,YTHDF3啟動子的熒光素酶活性大大增強(qiáng),而YAP特異性siRNA顯著抑制了熒光素酶活性(圖5j)。
功能獲得和功能喪失分析表明,YTHDF3的敲低取消了YAP介導(dǎo)的CRC細(xì)胞增殖和侵襲的促進(jìn)作用, GAS5的過表達(dá)抑制了YTHDF3和CTGF的表達(dá),而YTHDF3的上調(diào)逆轉(zhuǎn)了GAS5介導(dǎo)的YTHDF3和CTGF的抑制作用。功能測定表明,GAS5的上調(diào)顯著抑制了CRC細(xì)胞的增殖和侵襲能力,而YTHDF3的共轉(zhuǎn)染逆轉(zhuǎn)了GAS5介導(dǎo)的CRC細(xì)胞增殖的抑制作用。腫瘤皮下生長和肺轉(zhuǎn)移異種移植小鼠模型表明,YTHDF3的過表達(dá)導(dǎo)致腫瘤生長速率和肺部定植能力的顯著加速,從而逆轉(zhuǎn)了由GAS5過表達(dá)導(dǎo)致的腫瘤抑制(圖6f和h)。表明YTHDF3是YAP的新靶標(biāo),而GAS5通過抑制YAPDF介導(dǎo)的YTHDF3在體內(nèi)和體外的表達(dá)來抑制CRC細(xì)胞的增殖和侵襲。
六、YTHDF3結(jié)合m6A修飾的GAS5并促進(jìn)GAS5的衰變
由于在GAS5中積累了m6A修飾,YTHDF3敲低導(dǎo)致GAS5表達(dá)顯著增加,表明YTHDF3在m6A介導(dǎo)的GAS5降解中起主要作用。YTHDF3選擇性結(jié)合m6A修飾的GAS5并以甲基化依賴性方式調(diào)節(jié)GAS5降解,為CRC進(jìn)展中GAS5失調(diào)提供了基礎(chǔ)。
七、CRC患者腫瘤中LncRNA GAS5表達(dá)與YAP和YTHDF3蛋白水平呈負(fù)相關(guān)
與鄰近組織相比,CRC組織中GAS5的表達(dá)降低,而GAS5較低的表達(dá)與CRC患者腫瘤組織中YAP和YTHDF3的表達(dá)升高有關(guān)。后發(fā)現(xiàn)YTHDF3的高表達(dá)是CRC患者總體生存不良的重要預(yù)后因素,為CRC治療提供了一種有希望的方法。
結(jié)論:
lncRNAs和CRC中YAP信號的m6A修飾之間的功能聯(lián)系。LncRNA GAS5直接與YAP結(jié)合,促進(jìn)其磷酸化和泛素介導(dǎo)的降解,從而減弱YTHDF3的YAP介導(dǎo)轉(zhuǎn)錄,后者可逆、選擇性地與m6A甲基化的GAS5結(jié)合,觸發(fā)其衰變,形成負(fù)反饋環(huán)。該實(shí)驗(yàn)提出了lncRNA GAS5-YAP-YTHDF3軸在CRC進(jìn)展中的負(fù)功能環(huán),這可能為CRC的治療提供一種有前景的方法。