腸道菌群數(shù)據(jù)庫(kù)——gutMEGA分享

   不知從何時(shí)起，“遇事不決，量子力學(xué)；機(jī)制難尋，腸道菌群”這句話開(kāi)始廣為流傳，根據(jù)近十年的研究文章結(jié)果來(lái)看，一直被人類忽視的腸道菌群的功能逐漸被大家認(rèn)識(shí)到，成為影響宿主生命健康的重要變量，比如腫瘤的發(fā)生、免疫治療的效果、抑郁癥的治療，都可以看到腸道菌群參與的身影。

   今天我們來(lái)講一下腸道菌群數(shù)據(jù)庫(kù)——gutMEGA，該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了迄今為止已發(fā)表的人類腸道微生物宏基因組數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)由中山大學(xué)腫瘤防治中心的研究團(tuán)隊(duì)收集和建立，發(fā)表的文章題目為gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas，發(fā)表在牛津?qū)W術(shù)旗下的Briefings in Bioinformatics期刊（影響因子8.99，中科院分區(qū)一區(qū)）。數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：http://gutmega.omicsbio.info/。

   論文的主要內(nèi)容我就不介紹了，主要講一下數(shù)據(jù)庫(kù)使用。進(jìn)入主頁(yè)后網(wǎng)頁(yè)是這個(gè)樣子。根據(jù)網(wǎng)站介紹，數(shù)據(jù)庫(kù)共收集了6457個(gè)分類單元的59132個(gè)定量事件，共有776個(gè)不同條件，涉及7個(gè)不同水平（界、門(mén)、綱、目、科、屬、種）。

   我們以克羅恩病為例進(jìn)行（Condition）檢索。檢索結(jié)果是這樣的，我們可以在Condition下面看到有24個(gè)詞條選項(xiàng)，例如克羅恩病及正常對(duì)照，克羅恩病及潰瘍性結(jié)腸炎等?？梢栽?/span>Log2Ratio里選擇過(guò)濾條件。

   點(diǎn)擊Detail中的“+”會(huì)出現(xiàn)以下界面，可以查看詳細(xì)信息如下，包括這樣研究來(lái)源PMID，研究所在地（數(shù)據(jù)庫(kù)里還有比較不同國(guó)家之間腸道菌群差異）、測(cè)序方法和平臺(tái)以及樣本數(shù)等等，右邊的世界地圖可以讓人直觀的感受。并且網(wǎng)頁(yè)中還有菌群在兩個(gè)組別中的相對(duì)豐度差異結(jié)果。

   也可以點(diǎn)擊Download下載數(shù)據(jù)，會(huì)得到輸入的搜索條件下所有的結(jié)果，也方便大家進(jìn)行手動(dòng)檢索。

   網(wǎng)站還有瀏覽模塊（Browse），提供了一個(gè)逐項(xiàng)展示的界面供大家瀏覽腸道微生物。當(dāng)方塊為綠色時(shí)，點(diǎn)擊會(huì)展示其結(jié)果。當(dāng)方塊為灰色時(shí)，表示其下還有子選項(xiàng)，會(huì)有新的下級(jí)選項(xiàng)。

   Condition這一欄，展示的是不同實(shí)驗(yàn)條件下的比較，例如尋常痤瘡患者VS正常人。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包含的數(shù)據(jù)可不只有腫瘤，只要是已經(jīng)發(fā)表了的研究，就有收集整理。

   數(shù)據(jù)庫(kù)還可以針對(duì)樣本進(jìn)行篩選。

   網(wǎng)站還有搜索模塊（SEARCH），與常見(jiàn)的網(wǎng)站一樣可以搜索自己感興趣的方向。

   今天的介紹就到這里，趕快自己挖掘想要的數(shù)據(jù)吧。