研究熱點m6A數(shù)據(jù)庫——M6A2Target介紹

    之前的文章寫過m6A是近年的研究熱點，雖然2020年國自然評選結(jié)果還沒出，但是可以預(yù)測m6A相關(guān)中標(biāo)項目數(shù)仍會上漲。如果您苦于沒有相關(guān)資源，那么今天推薦的M6A2Target數(shù)據(jù)庫一定不要錯過。
    M6A2Target數(shù)據(jù)庫（http://m6a2target.canceromics.org）由中國研究團隊合作完成，該數(shù)據(jù)庫的文章于2020年5月11日發(fā)表在生物信息期刊Briefings in Bioinformatics（IF=8.99），通訊作者為中山大學(xué)腫瘤防治中心鄭健研究員和中腫生物信息平臺左志向副研究員。M6A2Target是第一個包含三類m6A甲基化酶（writers、erasers和readers，WER）對應(yīng)靶基因的數(shù)據(jù)庫，對目前人類和小鼠中已發(fā)表的m6A WER靶基因數(shù)據(jù)進(jìn)行收集整理以及對潛在靶基因進(jìn)行分析預(yù)測，從而為m6A相關(guān)研究提供候選基因和研究思路。

    該數(shù)據(jù)庫不但收集了人類與小鼠兩個物種1034個已有文章報道的實驗驗證的靶基因，還通過高通量測序數(shù)據(jù)分析獲得了大量的潛在靶基因。

    首頁搜索欄可以快速查詢目的基因，我們以STAT3為例進(jìn)行檢索。得到下圖的結(jié)果，搜索結(jié)果可以選擇物種（人和小鼠）、m6A的修飾酶和多種細(xì)胞系。

    Validated Targets模塊，包含了實驗驗證過的的m6A WER靶基因，包括免疫共沉淀、RNA pulldown、熒光素酶報告基因系統(tǒng)、敲低或過表達(dá)并得到qPCR的驗證等，用戶可以通過此模塊查詢是否存在已經(jīng)實驗驗證的m6A靶基因。通過篩選物種，細(xì)胞系，WER類型或者選定不同的m6A WER則可以展示對應(yīng)的m6A Tartgets，下方結(jié)果表格包含了物種、細(xì)胞系、WER類型、WER名稱、對應(yīng)的靶基因名以及文章PMID，同時還可以在表格右上方通過基因名篩選與此基因相關(guān)的結(jié)果。

    點擊對應(yīng)表格中對應(yīng)行的Detail按鈕，則可以進(jìn)入詳情頁面。如圖包含HNRNP 這個m6A及其靶基因ACTB的具體信息：如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID，基因類型與基因的描述。同時還提供了各個類型基因ID對應(yīng)數(shù)據(jù)庫的跳轉(zhuǎn)鏈接。同時下方還有HNRNPC與靶基因ACTB之間具體的相互作用信息，如對應(yīng)文章的PMID，具體的細(xì)胞系，預(yù)測的靶基因位點，實驗方法，測序方法以及對功能的影響。

    Potential Targets模塊。儲存了通過高通量測序數(shù)據(jù)分析預(yù)測的靶基因，包括Binding與Perturbation兩部分。用于查詢是否存在潛在靶基因。首先是與m6A WER有相互作用的測序數(shù)據(jù)分析整理為Binding，其中包括RIP-seq和CLIP-seq數(shù)據(jù)研究的蛋白與RNA的互作，ChIP-seq研究的蛋白與DNA互作以及通過Co-IP的方式打質(zhì)譜鑒定蛋白與蛋白互作；而第二類則是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等數(shù)據(jù)中由于WER繞動（比如敲除、敲降、過表達(dá)和突變等）導(dǎo)致下游m6A水平、基因表達(dá)水平、可變剪接或者翻譯效率發(fā)生改變的WER,作為潛在靶基因，整理為Perturbation。其中Binding是直接證據(jù)，Perturbation是間接證據(jù)。結(jié)果表格除了m6A WER以及靶基因，還有對應(yīng)的測序方法相互作用類型或者對下游的影響類型。

    點擊詳情選項后，可以具體查看不同的相互作用（Protein-DNA，Protein-RNA和Protein-Protein） Target位點的具體信息，如細(xì)胞系，GEO accession number，Target位點，高通量測序方法，相互作用類型等。

    而在Perturbation的詳情頁面中，則可以分別查看導(dǎo)致下游基因表達(dá)水平、m6A甲基化水平、可變剪接和翻譯效率中的靶基因具體改變情況，如具體的細(xì)胞系和樣本、差異表達(dá)、差異甲基化或者差異翻譯效率的具體差異結(jié)果等。

    Genome Browser模塊中，輸入基因即可展示靶基因的各個測序數(shù)據(jù)在基因組中的位置情況。如圖，輸入基因SOX2,不但展示了實驗驗證結(jié)果在基因組中的位置情況，還展示了在RIP-seq、CLIP-seq等實驗結(jié)果中SOX2與WER與SOX2相互作用的區(qū)域。同時還提供了SOX2基因上的SNP位點。

    數(shù)據(jù)下載模塊。最后數(shù)據(jù)庫還按照物種以及分類提供了所有數(shù)據(jù)下載，方便用戶進(jìn)一步的分析與挖掘。