研究熱點(diǎn)m6A數(shù)據(jù)庫(kù)——M6A2Target介紹

    之前的文章寫過(guò)m6A是近年的研究熱點(diǎn)，雖然2020年國(guó)自然評(píng)選結(jié)果還沒(méi)出，但是可以預(yù)測(cè)m6A相關(guān)中標(biāo)項(xiàng)目數(shù)仍會(huì)上漲。如果您苦于沒(méi)有相關(guān)資源，那么今天推薦的M6A2Target數(shù)據(jù)庫(kù)一定不要錯(cuò)過(guò)。
    M6A2Target數(shù)據(jù)庫(kù)（http://m6a2target.canceromics.org）由中國(guó)研究團(tuán)隊(duì)合作完成，該數(shù)據(jù)庫(kù)的文章于2020年5月11日發(fā)表在生物信息期刊Briefings in Bioinformatics（IF=8.99），通訊作者為中山大學(xué)腫瘤防治中心鄭健研究員和中腫生物信息平臺(tái)左志向副研究員。M6A2Target是第一個(gè)包含三類m6A甲基化酶（writers、erasers和readers，WER）對(duì)應(yīng)靶基因的數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)目前人類和小鼠中已發(fā)表的m6A WER靶基因數(shù)據(jù)進(jìn)行收集整理以及對(duì)潛在靶基因進(jìn)行分析預(yù)測(cè)，從而為m6A相關(guān)研究提供候選基因和研究思路。

    該數(shù)據(jù)庫(kù)不但收集了人類與小鼠兩個(gè)物種1034個(gè)已有文章報(bào)道的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的靶基因，還通過(guò)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析獲得了大量的潛在靶基因。

    首頁(yè)搜索欄可以快速查詢目的基因，我們以STAT3為例進(jìn)行檢索。得到下圖的結(jié)果，搜索結(jié)果可以選擇物種（人和小鼠）、m6A的修飾酶和多種細(xì)胞系。

    Validated Targets模塊，包含了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的的m6A WER靶基因，包括免疫共沉淀、RNA pulldown、熒光素酶報(bào)告基因系統(tǒng)、敲低或過(guò)表達(dá)并得到qPCR的驗(yàn)證等，用戶可以通過(guò)此模塊查詢是否存在已經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的m6A靶基因。通過(guò)篩選物種，細(xì)胞系，WER類型或者選定不同的m6A WER則可以展示對(duì)應(yīng)的m6A Tartgets，下方結(jié)果表格包含了物種、細(xì)胞系、WER類型、WER名稱、對(duì)應(yīng)的靶基因名以及文章PMID，同時(shí)還可以在表格右上方通過(guò)基因名篩選與此基因相關(guān)的結(jié)果。

    點(diǎn)擊對(duì)應(yīng)表格中對(duì)應(yīng)行的Detail按鈕，則可以進(jìn)入詳情頁(yè)面。如圖包含HNRNP 這個(gè)m6A及其靶基因ACTB的具體信息：如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID，基因類型與基因的描述。同時(shí)還提供了各個(gè)類型基因ID對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)的跳轉(zhuǎn)鏈接。同時(shí)下方還有HNRNPC與靶基因ACTB之間具體的相互作用信息，如對(duì)應(yīng)文章的PMID，具體的細(xì)胞系，預(yù)測(cè)的靶基因位點(diǎn)，實(shí)驗(yàn)方法，測(cè)序方法以及對(duì)功能的影響。

    Potential Targets模塊。儲(chǔ)存了通過(guò)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析預(yù)測(cè)的靶基因，包括Binding與Perturbation兩部分。用于查詢是否存在潛在靶基因。首先是與m6A WER有相互作用的測(cè)序數(shù)據(jù)分析整理為Binding，其中包括RIP-seq和CLIP-seq數(shù)據(jù)研究的蛋白與RNA的互作，ChIP-seq研究的蛋白與DNA互作以及通過(guò)Co-IP的方式打質(zhì)譜鑒定蛋白與蛋白互作；而第二類則是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等數(shù)據(jù)中由于WER繞動(dòng)（比如敲除、敲降、過(guò)表達(dá)和突變等）導(dǎo)致下游m6A水平、基因表達(dá)水平、可變剪接或者翻譯效率發(fā)生改變的WER,作為潛在靶基因，整理為Perturbation。其中Binding是直接證據(jù)，Perturbation是間接證據(jù)。結(jié)果表格除了m6A WER以及靶基因，還有對(duì)應(yīng)的測(cè)序方法相互作用類型或者對(duì)下游的影響類型。

    點(diǎn)擊詳情選項(xiàng)后，可以具體查看不同的相互作用（Protein-DNA，Protein-RNA和Protein-Protein） Target位點(diǎn)的具體信息，如細(xì)胞系，GEO accession number，Target位點(diǎn)，高通量測(cè)序方法，相互作用類型等。

    而在Perturbation的詳情頁(yè)面中，則可以分別查看導(dǎo)致下游基因表達(dá)水平、m6A甲基化水平、可變剪接和翻譯效率中的靶基因具體改變情況，如具體的細(xì)胞系和樣本、差異表達(dá)、差異甲基化或者差異翻譯效率的具體差異結(jié)果等。

    Genome Browser模塊中，輸入基因即可展示靶基因的各個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)在基因組中的位置情況。如圖，輸入基因SOX2,不但展示了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證結(jié)果在基因組中的位置情況，還展示了在RIP-seq、CLIP-seq等實(shí)驗(yàn)結(jié)果中SOX2與WER與SOX2相互作用的區(qū)域。同時(shí)還提供了SOX2基因上的SNP位點(diǎn)。

    數(shù)據(jù)下載模塊。最后數(shù)據(jù)庫(kù)還按照物種以及分類提供了所有數(shù)據(jù)下載，方便用戶進(jìn)一步的分析與挖掘。