外泌體非編碼RNA數(shù)據(jù)庫——exoRBase

    外泌體和非編碼RNA都是當下熱門的研究領域，并且非編碼RNA廣泛存在與外泌體，也可以通過外泌體發(fā)揮生物學功能。外泌體是由細胞分泌的一種直徑在30-150nm之間的囊泡，含有不同種類的RNA，可以調(diào)節(jié)受體細胞的行為，并且可以作為疾病的循環(huán)生物標記物，在血液，唾液，尿液等多種體液中都廣泛存在。

    今天我們介紹一個人類血液外泌體circRNA、lncRNA和mRNA的數(shù)據(jù)庫exoRBase（http://www.exorbase.org/）。該數(shù)據(jù)庫收集了七個實驗的92個RNAseq樣品信息，共有58330個circRNA，15501lncRNA和18333個mRNA。數(shù)據(jù)庫收錄的樣本包括健康對照者32例，冠狀動脈心臟疾病（CHD）6例，結腸癌（CRC）12例，肝細胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。該數(shù)據(jù)相關文章發(fā)表在Nucleic Acids Research（IF=11.501）期刊上。

    打開數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站會出現(xiàn)一個簡潔的頁面，有一個搜索框，還有其他模塊瀏覽，下載，搜索等。

    我們試著搜索一下，搜索KARS，會出現(xiàn)基因的信息，包括基因類型，相關circRNA，表達豐度，組織特異性，樣本類型等。還會根據(jù)疾病組織表達情況繪制折線圖，熱圖或者箱型圖。

    相關circRNA點擊后會出現(xiàn)如下信息，包括基因組位置，表達豐度，樣本信息，在疾病中表達情況。也根據(jù)疾病組織表達情況繪制折線圖，熱圖或者箱型圖。

    瀏覽模塊分為兩部分，一部分是circRNA，另一部分是lncRNA和mRNA。我們以HCC為例檢索先關circRNA表達。

    lncRNA與mRNA瀏覽界面與circRNA相似。

    該數(shù)據(jù)庫還提供數(shù)據(jù)下載，有需要的可以自行下載。

    今天就到這，下回帶大家看點別的。