腫瘤免疫數(shù)據(jù)庫(kù)——TIMER2.0

    腫瘤浸潤(rùn)的免疫細(xì)胞對(duì)于癌癥的治療和患者的預(yù)后至關(guān)重要。腫瘤免疫療法獲得諾貝爾獎(jiǎng)后，腫瘤免疫相關(guān)研究進(jìn)入快速車道。如果你還苦于無(wú)處下手，那么我今天介紹的數(shù)據(jù)庫(kù)你一定要了解一下。今天我們介紹的腫瘤免疫相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)——TIMER2.0。很多人應(yīng)該知道TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)，最近他更新了。文章發(fā)表在NUCLEIC ACIDS RESEARCH（IF=11.501）上，出版日期2020年7月2日。文章題目為TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells。

    數(shù)據(jù)庫(kù)主要包含免疫（immune），探索（exploration），評(píng)估（estimation）三個(gè)部分。

    免疫包含四個(gè)模塊：基因，突變，sCNA和臨床成果。
    基因模塊主要展示腫瘤基因表達(dá)與免疫浸潤(rùn)之間的關(guān)系，這是許多研究人員非常感興趣的地方。果用戶選擇了一個(gè)基因和一個(gè)免疫細(xì)胞類型，TIMER2.0會(huì)生成一個(gè)熱圖表，其中包含輸入基因的表達(dá)與免疫細(xì)胞類型的豐度及其在59細(xì)胞層次中的亞型之間的Spearman相關(guān)性。單擊表中的任何數(shù)字將返回兩個(gè)散點(diǎn)圖，顯示（i）基因表達(dá)與腫瘤純度（樣品中癌細(xì)胞的比例）的相關(guān)性，（ii）基因表達(dá)與免疫細(xì)胞類型的關(guān)聯(lián)。
    突變模塊主要展示腫瘤基因突變對(duì)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)變化的影響。用戶使用該模塊可視化分析細(xì)胞突變對(duì)多種癌癥類型和免疫細(xì)胞類型免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的影響，輸入基因會(huì)輸出小提琴圖。
    sCNA模塊主要展示腫瘤發(fā)生和發(fā)展中細(xì)胞拷貝數(shù)改變。用戶可以可視化分析TCGA不同分型的腫瘤與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系。熱圖顯示了指定改變組和正常改變組之間免疫浸潤(rùn)水平的對(duì)數(shù)倍變化。單擊表的條目，用戶可以在小提琴圖上查看該基因在不同sCNA狀態(tài)之間的免疫浸潤(rùn)分布，以便正常組與每個(gè)變更組的成對(duì)比較。
    臨床成果主要占是免疫浸潤(rùn)細(xì)胞對(duì)腫瘤預(yù)后的影響。熱圖上的每個(gè)條目代表一個(gè)獨(dú)立的Cox模型，該模型僅包含一種免疫細(xì)胞類型和一種癌癥類型的混雜因素。用戶可以單擊一個(gè)條目以檢查免疫細(xì)胞和基因表達(dá)與患者在Kaplan–Meier（KM）曲線上的存活率相關(guān)聯(lián)。

    探索也包含了四個(gè)模塊。
    Gene_DE模塊 為了評(píng)估基因是否具有治療靶標(biāo)潛力，與大多數(shù)正常組織相比，該基因通常在腫瘤中獨(dú)特表達(dá)或高度表達(dá)。
    基因結(jié)果模塊 基因基于表達(dá)式的方法已被開發(fā)來(lái)預(yù)測(cè)存活和治療反應(yīng)）。允許用戶同時(shí)評(píng)估多個(gè)基因在TCGA癌癥類型患者生存率上的基因表達(dá)關(guān)聯(lián)。用戶可以單擊熱圖上的一項(xiàng)，以研究KM曲線中基因表達(dá)與存活之間的關(guān)聯(lián)。
    基因突變模塊 鑒定體細(xì)胞突變?cè)诨虮磉_(dá)模式中的功能影響對(duì)于精確的腫瘤學(xué)和藥物發(fā)現(xiàn)至關(guān)重要。用戶可以單擊表格上的條目以查看突變體與野生型腫瘤中基因表達(dá)分布的詳細(xì)小提琴圖。
    Gene_Corr模塊 該模塊允許用戶發(fā)現(xiàn)跨TCGA癌癥類型的基因的共表達(dá)模式。用戶可以單擊表格上的條目以查看突變體與野生型腫瘤中基因表達(dá)分布的詳細(xì)小提琴圖。