腫瘤免疫數據庫——TIMER2.0

    腫瘤浸潤的免疫細胞對于癌癥的治療和患者的預后至關重要。腫瘤免疫療法獲得諾貝爾獎后，腫瘤免疫相關研究進入快速車道。如果你還苦于無處下手，那么我今天介紹的數據庫你一定要了解一下。今天我們介紹的腫瘤免疫相關的數據庫——TIMER2.0。很多人應該知道TIMER數據庫，最近他更新了。文章發(fā)表在NUCLEIC ACIDS RESEARCH（IF=11.501）上，出版日期2020年7月2日。文章題目為TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells。

    數據庫主要包含免疫（immune），探索（exploration），評估（estimation）三個部分。

    免疫包含四個模塊：基因，突變，sCNA和臨床成果。
    基因模塊主要展示腫瘤基因表達與免疫浸潤之間的關系，這是許多研究人員非常感興趣的地方。果用戶選擇了一個基因和一個免疫細胞類型，TIMER2.0會生成一個熱圖表，其中包含輸入基因的表達與免疫細胞類型的豐度及其在59細胞層次中的亞型之間的Spearman相關性。單擊表中的任何數字將返回兩個散點圖，顯示（i）基因表達與腫瘤純度（樣品中癌細胞的比例）的相關性，（ii）基因表達與免疫細胞類型的關聯(lián)。
    突變模塊主要展示腫瘤基因突變對免疫細胞浸潤變化的影響。用戶使用該模塊可視化分析細胞突變對多種癌癥類型和免疫細胞類型免疫細胞浸潤的影響，輸入基因會輸出小提琴圖。
    sCNA模塊主要展示腫瘤發(fā)生和發(fā)展中細胞拷貝數改變。用戶可以可視化分析TCGA不同分型的腫瘤與免疫細胞浸潤的關系。熱圖顯示了指定改變組和正常改變組之間免疫浸潤水平的對數倍變化。單擊表的條目，用戶可以在小提琴圖上查看該基因在不同sCNA狀態(tài)之間的免疫浸潤分布，以便正常組與每個變更組的成對比較。
    臨床成果主要占是免疫浸潤細胞對腫瘤預后的影響。熱圖上的每個條目代表一個獨立的Cox模型，該模型僅包含一種免疫細胞類型和一種癌癥類型的混雜因素。用戶可以單擊一個條目以檢查免疫細胞和基因表達與患者在Kaplan–Meier（KM）曲線上的存活率相關聯(lián)。

    探索也包含了四個模塊。
    Gene_DE模塊 為了評估基因是否具有治療靶標潛力，與大多數正常組織相比，該基因通常在腫瘤中獨特表達或高度表達。
    基因結果模塊 基因基于表達式的方法已被開發(fā)來預測存活和治療反應）。允許用戶同時評估多個基因在TCGA癌癥類型患者生存率上的基因表達關聯(lián)。用戶可以單擊熱圖上的一項，以研究KM曲線中基因表達與存活之間的關聯(lián)。
    基因突變模塊 鑒定體細胞突變在基因表達模式中的功能影響對于精確的腫瘤學和藥物發(fā)現(xiàn)至關重要。用戶可以單擊表格上的條目以查看突變體與野生型腫瘤中基因表達分布的詳細小提琴圖。
    Gene_Corr模塊 該模塊允許用戶發(fā)現(xiàn)跨TCGA癌癥類型的基因的共表達模式。用戶可以單擊表格上的條目以查看突變體與野生型腫瘤中基因表達分布的詳細小提琴圖。