如何使用GEPIA分析基因與癌癥生存率的相關(guān)性

GEPIA是目前我國(guó)在利用TCGA數(shù)據(jù)做可視化分析上，比較著名的一款在線工具。GEPIA是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，使用標(biāo)準(zhǔn)處理管道分析來(lái)自TCGA和GTEx項(xiàng)目的9,736個(gè)腫瘤和8,587個(gè)正常樣品的RNA測(cè)序表達(dá)數(shù)據(jù)。因其簡(jiǎn)潔有效具有良好的操作性，不少生信分析科研文章的文章里figure都來(lái)自GEPIA。

現(xiàn)在我們以“LAYN基因與乳腺癌生存率的相關(guān)性分析”為例，來(lái)演示Prognoscan的使用方法：

1.首先打開GEPIA地址（http://gepia.cancer-pku.cn/），選擇“Multiple Gene Analysis”→“Correlation Analysis”

2.填寫X軸和Y軸基因（這里我們都寫成LAYN基因，作為演示）→“Correlation Coefficient”選擇“Spearman”→把TCGA的Tumor和Normal中的癌癥類型依次add到右邊的“Used Expression Datasets”中

3.點(diǎn)擊“Plot”成圖

今天的分享就到這里啦，希望能幫到苦心科研的你，我們下次再見！