不做實(shí)驗(yàn)發(fā)7分國(guó)自然熱門方向文章--血漿tRNA片段作為早期乳腺癌的新型診斷生物標(biāo)志物
tRNA是非編碼RNA，它們通過(guò)自身的反密碼子識(shí)別mRNA上的密碼子，并將相應(yīng)的氨基酸轉(zhuǎn)移到核糖體中的多肽鏈上。近年來(lái)發(fā)現(xiàn)tRNA衍生的小RNA（tsRNA，tRF）在諸多疾病（如腫瘤，神經(jīng)退行性疾病，代謝性疾?。┲邪l(fā)揮著重要作用，引起了廣泛的關(guān)注。該研究方向尚處于起始階段，大概率會(huì)像其他非編碼RNA一樣成為國(guó)自然中標(biāo)大戶。
今天我們來(lái)講一篇血漿中tRF用于診斷早期乳腺癌（EBC）的文章，題名為：Plasma tRNA Fragments Derived from 5' Ends as Novel Diagnostic Biomarkers for Early-Stage Breast Cancer（IF=7.032）。該文章通過(guò)提取血漿外泌體并分離tRF，通過(guò)比較差異tRF用于診斷乳腺癌。
血漿tRF分析
本研究共納入316個(gè)血漿樣本（176例EBC和140個(gè)NCs患者）和35個(gè)配對(duì)組織。利用高通量測(cè)序用于篩選差異表達(dá)的tRF，根據(jù)差異倍數(shù)和p值選擇30個(gè)顯著差異的tsRNA，大樣本檢驗(yàn)后發(fā)現(xiàn)，EBC患者血漿樣品中6個(gè)tRF在的表達(dá)水平低于對(duì)照組。tRF-Glu-CTC-003, tRF-Gly-CCC-007, tRF-Gly-CCC-008, tRF-Leu-CAA-003, tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002在EBC患者血漿中表達(dá)下調(diào)。
tRF與臨床病理特征之間的關(guān)聯(lián)
與NCs相比，浸潤(rùn)性BC患者血漿樣品中6種tRF的表達(dá)水平始終較低。tRF-Gly-CCC-008, tRF-Leu-CAA-003和tRF-Ser-TGA-002在原位乳腺癌患者血漿中的含量低于NC患者（p值分別為0.036、0.029和0.040）。這6個(gè)tRF可以區(qū)分NC患者有無(wú)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的患者，但與轉(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性淋巴結(jié)的患者相比沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。上述tRF還能用于區(qū)分EBC亞型和腫瘤分期.
確定的tRF的預(yù)后價(jià)值
為了分析無(wú)病生存率（DFS）和總生存率（OS），進(jìn)行了對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)。根據(jù)表達(dá)水平將患者分為高表達(dá)組和低表達(dá)組。tRF-Glu-CTC-003表達(dá)水平低的HER2+患者的DFS和OS似乎比高表達(dá)水平的患者更差。
tRF在細(xì)胞上清液，血漿外泌體和腫瘤組織中的表達(dá)
在細(xì)胞上清液中檢測(cè)了這6種tRF的表達(dá)水平，每種tRF在至少5種BC細(xì)胞系中的表達(dá)低于人乳腺上皮細(xì)胞系MCF-10A。24例EBC和16例NCs患者血漿樣本中分離的外泌體的表達(dá)水平。tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002在EBC患者的血漿外泌體中的水平顯著低于NC。為了研究血漿和組織樣品之間的相似性，評(píng)估了35種配對(duì)的BC組織中六種tRF表達(dá)，在BC組織中的表達(dá)明顯低于正常組織。
tRF生物信息學(xué)分析
結(jié)果圖中顯示tRF在其各自trna的三葉草二級(jí)結(jié)構(gòu)上的位置。tRF-Gly-CCC-007和tRF-Gly-CCC-008的結(jié)構(gòu)相似，tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002也是如此。tRF通過(guò)與它們的靶點(diǎn)結(jié)合進(jìn)入AGO復(fù)合體，tRF靶AGO復(fù)合體的解剖結(jié)構(gòu)與microRNA靶AGO復(fù)合體相似。tRF與AGO家族的蛋白質(zhì)特別是AGO1、3和4有著緊密聯(lián)系。我們使用TargetScan預(yù)測(cè)程序預(yù)測(cè)靶基因。然后進(jìn)行基因本體（GO）分析，包括分子功能、生物過(guò)程和細(xì)胞成分的評(píng)估。tRF-Glu-CTC-003和tRF-Leu-CAA-003的靶基因，如AKT1和MYD88，主要是細(xì)胞內(nèi)的，參與生物合成和分解代謝過(guò)程。對(duì)于tRF-Gly-CCC-007和tRF-Gly-CCC-008，CDC42是靶基因，主要存在于細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器中，其關(guān)鍵分子功能是參與Ras和Rho-GTPase結(jié)合，主要的生物學(xué)過(guò)程是GTPase活性的調(diào)節(jié)。Tsr-002的蛋白結(jié)構(gòu)與TsA-002緊密相關(guān)。京都基因與基因組百科全書（KEGG）分析表明，靶基因的信號(hào)通路主要包括AMPK信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路和FoxO信號(hào)通路。為了探索內(nèi)在機(jī)制，利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)建立了這些基因的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)。
