轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示ZFN7是G-CIMP陰性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤更精準(zhǔn)的預(yù)后因子

膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的標(biāo)準(zhǔn)治療是手術(shù)，伴隨輔助替莫唑胺和放射治療，但中位生存期保持在14-16個(gè)月左右，取決于手術(shù)范圍、患者年齡、體能狀態(tài)以及分子因素，包括IDH突變狀態(tài)和MGMT啟動(dòng)子甲基化。在評(píng)估分子改變的預(yù)后作用時(shí)，不能忽視臨床變量的影響。事實(shí)上，分子譜分析研究中的一個(gè)缺點(diǎn)就是臨床變量在分析中的部分遺漏，這使得手術(shù)范圍和MGMT甲基化等因素的影響很難與分子亞型的影響分開。近期，西班牙的Carmen教授及其團(tuán)隊(duì)通過(guò)分析統(tǒng)一治療的新診斷膠質(zhì)母細(xì)胞瘤患者，探索了膠質(zhì)母細(xì)胞瘤分子亞型和其他分子預(yù)后因素，相關(guān)研究以“RNA-Sequencing and immunohistochemistry reveal ZFN7 as a stronger marker of survival than molecular subtypes in G-CIMP-negative glioblastoma”為題發(fā)表在Clinical cancer research雜志上，雜志影響因子為10.107。

技術(shù)路線：

結(jié)果：
1、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤分子亞型的RNA測(cè)序表征

作者從432例膠質(zhì)母細(xì)胞瘤患者中獲得了151個(gè)腫瘤樣本的測(cè)序結(jié)果，共選取124個(gè)樣本測(cè)序結(jié)果進(jìn)行后續(xù)分析。根據(jù)RNA測(cè)序結(jié)果，將腫瘤樣本分為3個(gè)TCGA分子亞型，使用GlioVis的3種易化算法：SVM、KNN和ssGSEA，發(fā)現(xiàn)被任何算法歸類為神經(jīng)前的腫瘤更可能有IDH1突變和膠質(zhì)瘤-CpG島甲基化表型（G-CIMP）陽(yáng)性，而MGMT甲基化的缺失在被SVM歸類為間充質(zhì)的腫瘤中更常見。臨床特征和IGS集群之間也無(wú)顯著相關(guān)性，IDH1突變和G-CIMP陽(yáng)性腫瘤主要?dú)w類為簇9和簇17，大多數(shù)歸類為內(nèi)在神經(jīng)膠質(zhì)瘤亞型（IGS）簇18的腫瘤為TCGA經(jīng)典亞型，歸類為IGS簇23的腫瘤為TCGA間充質(zhì)亞型。對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)確定年齡≤65歲、切除范圍更大、MGMT甲基化、G-CIMP陽(yáng)性和IDH1突變（而非TCGA亞型）與總生存期更長(zhǎng)相關(guān)。多變量分析確定年齡、切除范圍和MGMT甲基化狀態(tài)是總生存期的獨(dú)立預(yù)后因素。此外，在多變量分析中，通過(guò)KNN而不是其他算法確定的間充質(zhì)亞型與較短的生存期相關(guān)。歸類為IGS簇17的腫瘤患者生存期更長(zhǎng)，但這些腫瘤富集了其他有利的標(biāo)志物：83.3%有MGMT甲基化，27.3%有IDH1突變，33.3%為G-CIMP陽(yáng)性。在124個(gè)RNA測(cè)序結(jié)果信息豐富的樣本中，25個(gè)(20.1%)有可操作的基因融合，主要在TCGA經(jīng)典亞型和IGS簇18中。

2、個(gè)體基因在G-CIMP陰性腫瘤中的預(yù)后價(jià)值

作者在RNA-Seq數(shù)據(jù)中探索單個(gè)基因的預(yù)后價(jià)值時(shí)，為了確保IDH野生型亞組，剔除了G-CIMP陽(yáng)性病例，并檢測(cè)了其余118例病例，通過(guò)單變量分析和與三個(gè)外部分子數(shù)據(jù)庫(kù)的比較研究，在單變量分析和至少一個(gè)其他數(shù)據(jù)庫(kù)中確定了139個(gè)與總生存期相關(guān)的基因。這些基因以及年齡、MGMT甲基化狀態(tài)和手術(shù)范圍的多變量模型確定47個(gè)基因?yàn)榭偵嫫诘莫?dú)立標(biāo)志物，其中5個(gè)是生存期較長(zhǎng)的強(qiáng)獨(dú)立因素，4個(gè)是生存期較短的強(qiáng)獨(dú)立因素。另外，有4個(gè)基因與生存期的相關(guān)性不太強(qiáng)，但在G-CIMP陰性腫瘤的兩個(gè)外部數(shù)據(jù)庫(kù)中得到驗(yàn)證。

3、免疫表型驗(yàn)證預(yù)后因子

作者將選擇范圍縮小到三個(gè)基因，通過(guò)免疫組織化學(xué)和免疫表型進(jìn)一步驗(yàn)證：YWHAG、UBXN7和ZFN7。在原神經(jīng)亞型中觀察到較高的YWHAG和UBXN7中位表達(dá)水平，而ZNF7表達(dá)水平在3種亞型中均無(wú)差異。

4、ZNF7可作為預(yù)后因子

ZNF7基因高表達(dá)是生存期延長(zhǎng)的標(biāo)志，其RNA表達(dá)水平與蛋白表達(dá)無(wú)相關(guān)性。在選擇的G-CIMP陰性人群中，ZNF7蛋白低表達(dá)患者的中位生存期為27.2個(gè)月，而ZNF7蛋白高表達(dá)患者為12.9個(gè)月。在調(diào)整年齡、手術(shù)范圍和MGMT甲基化狀態(tài)后，低蛋白表達(dá)被確定為總生存期延長(zhǎng)的獨(dú)立因素，且多變量分析確定ZNF7蛋白表達(dá)是高效的預(yù)后標(biāo)志物。

結(jié)論：

1、分子亞型與預(yù)后無(wú)關(guān)，但13個(gè)新基因的表達(dá)水平被確定為G-CIMP陰性患者的獨(dú)立預(yù)后標(biāo)志物，獨(dú)立于臨床因素和MGMT甲基化。

2、ZNF7基因高表達(dá)和ZNF7蛋白低表達(dá)與更長(zhǎng)的生存期密切相關(guān)，與分子亞型無(wú)關(guān)。

參考文獻(xiàn)：

Anna EC, Francesc A, Cristina C, et al. RNA-Sequencing and immunohistochemistry reveal ZFN7 as a stronger marker of survival than molecular subtypes in G-CIMP-negative glioblastoma. Clin Cancer Res. 2020.