SC2disease：人類疾病的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫

單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識(shí)，這有助于研究疾病的發(fā)生，發(fā)展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對(duì)照研究中差異表達(dá)基因的識(shí)別以及細(xì)胞亞群之間差異的識(shí)別。

今天我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個(gè)人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對(duì)應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。

用戶界面

SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關(guān)不同疾病中特定于細(xì)胞類型的基因的詳細(xì)信息，具體流程如圖。

“疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別?！凹膊　备悇e中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關(guān)注疾病相關(guān)的特定于細(xì)胞類型的基因的詳細(xì)信息。最初將所有細(xì)胞類型分為16組，以幫助想要瀏覽特定細(xì)胞類型中標(biāo)記基因的研究人員。還可以使用“搜索”功能搜索他們感興趣的疾病，基因或細(xì)胞類型。每個(gè)基因的信息將在表格中以一行顯示，其中包括疾病名稱，實(shí)驗(yàn)組織，細(xì)胞類型，基因名稱，用于描述基因表達(dá)的變量名稱（log 2 FC或均值），變量的值，DEG比較，源發(fā)布的標(biāo)識(shí)符，排序平臺(tái)和詳細(xì)信息。點(diǎn)擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻(xiàn)中的更多詳細(xì)信息。最后，在“詳細(xì)信息”部分中總結(jié)了有關(guān)疾病，細(xì)胞類型和基因的詳細(xì)信息。

SC2disease還提供了從基于單細(xì)胞的結(jié)果和基于GWAS的結(jié)果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數(shù)據(jù)均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測(cè)到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結(jié)果。在所得圖中，x軸是從GWAS結(jié)果獲得的基因中SNP的最小P值。y軸是從scRNA-seq結(jié)果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細(xì)胞類型。條的顏色顯示基因表達(dá)的log 2倍變化。