低分文章詳解免疫浸潤分析套路

動脈粥樣硬化是一種系統(tǒng)性疾病，與炎癥細(xì)胞浸潤和免疫相關(guān)途徑的激活有關(guān)。本文旨在揭示與免疫相關(guān)的變化，并探索頸動脈粥樣硬化斑塊形成過程中的新型免疫學(xué)特征。

首先，我們應(yīng)用了集成的生物信息學(xué)方法，包括CIBERSORT和基因集富集分析（GSEA）?；虮磉_(dá)矩陣GSE28829，GSE41571和GSE43292是從基因表達(dá)綜合（GEO）數(shù)據(jù)集獲得的。經(jīng)過一系列數(shù)據(jù)預(yù)處理步驟后，使用CIBERSORT，GSEA和Cluster Profiler軟件包對所得的組合表達(dá)矩陣進(jìn)行了分析。在對早期和晚期頸動脈粥樣硬化斑塊進(jìn)行比較和分析后，我們發(fā)現(xiàn)，在晚期斑塊中活化記憶CD4 T細(xì)胞的百分比較高，而靜息記憶CD4細(xì)胞的百分比較低。此外，記憶CD4 T細(xì)胞的激活可以促進(jìn)頸動脈粥樣硬化斑塊的發(fā)展。另外，F(xiàn)OXP3tTreg細(xì)胞成熟也可以參與頸動脈斑塊的進(jìn)展。

1.  下載GEO數(shù)據(jù)（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）并進(jìn)行預(yù)處理

下載數(shù)據(jù)集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進(jìn)行原始數(shù)據(jù)的合并和預(yù)處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為基因名。

2.  CIBERSORT分析免疫浸潤

CIBERSORT的LM22基因文件用于定義22個免疫細(xì)胞亞群，這些數(shù)據(jù)可從CIBERSORT網(wǎng)站（http://CIBERSORT.stanford.edu/）進(jìn)行下載。使用CIBERSORT對表達(dá)文件的P值和均方根誤差進(jìn)行計(jì)數(shù)，獲得免疫細(xì)胞收據(jù)，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進(jìn)行結(jié)果的可視化。

3.  免疫浸潤細(xì)胞分析

對斑塊中浸潤的免疫細(xì)胞進(jìn)行了相關(guān)分析，結(jié)果表明活化的肥大細(xì)胞和TFH細(xì)胞顯示出協(xié)同的作用。 同時，CD8 T細(xì)胞和M0巨噬細(xì)胞顯示出最強(qiáng)的競爭作用。

對免疫浸潤細(xì)胞進(jìn)行PCA分析，結(jié)果表明，免疫浸潤可以區(qū)分晚期斑塊和早期斑塊。

4.  GSEA分析

將所有表達(dá)數(shù)據(jù)分為早期和晚期斑塊組，然后進(jìn)行GSEA分析。結(jié)果顯示與免疫細(xì)胞和免疫相關(guān)功能高度相關(guān)

5.  差異表達(dá)分析

使用R軟件limma包分析早起、晚期斑快差異基因（log 2 (fold change)>1 ，adjusted p value < .05），pheatmap包進(jìn)行結(jié)果喲可視化。

6.  差異基因GO、Pathway富集分析

使用Cluster Profiler包對差異進(jìn)進(jìn)行GO、Pathway分析。使用ggplot2包進(jìn)行結(jié)果可視化。