比較毒理學(xué)數(shù)據(jù)庫 (CTD)小介紹

公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫（CTD，http://ctdbase.org/)是一個創(chuàng)新的數(shù)字生態(tài)系統(tǒng)，它將化學(xué)品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學(xué)信息聯(lián)系起來，以促進(jìn)對人類健康的了解。整合了基于文獻(xiàn)、人工策劃的交互，以創(chuàng)建一個知識庫，協(xié)調(diào)跨物種異質(zhì)數(shù)據(jù)的化學(xué)暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中，報(bào)告CTD的含量增加了20%，現(xiàn)在提供了4500萬個毒性基因組關(guān)系，涉及600個比較物種的16300多種化學(xué)品、51300個基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外，通過CTD疾病頁面上的新數(shù)據(jù)選項(xiàng)卡（幫助填補(bǔ)環(huán)境健康方面的知識空白）和新的表型搜索參數(shù)（用于批量查詢和維恩分析工具），增加了化學(xué)表型內(nèi)容的功能。此外，還介紹了新的CTD解剖學(xué)頁面，允許用戶從解剖學(xué)角度獨(dú)特地探索和分析化學(xué)-表型相互作用。最后，用新的基于文獻(xiàn)的化學(xué)同義詞增強(qiáng)了CTD化學(xué)頁面（以改進(jìn)查詢），并添加了1600個基于氨基酸的化合物（以增加化學(xué)景觀）。總之，這些更新繼續(xù)增強(qiáng)CTD作為一個強(qiáng)大的資源，以產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測試的假設(shè)。

首先這是首頁界面，可以根據(jù)自己想了解的疾病、化學(xué)品、基因和通路等進(jìn)行搜索。我們以氣道梗阻為例，首先進(jìn)入視野的就是進(jìn)本信息，然后是化學(xué)品與基因相互作用，其次是氣道梗阻相關(guān)化學(xué)品，之后是氣道梗阻相關(guān)基因，最后還有表型和通路相關(guān)數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)庫還可以分析現(xiàn)有的化學(xué)品和基因相關(guān)數(shù)據(jù)，根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。

   該數(shù)據(jù)庫還將解剖學(xué)及其相關(guān)表型與環(huán)境化學(xué)物質(zhì)聯(lián)系起來，使它們可計(jì)算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學(xué)和表型景觀的解剖學(xué)視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫(yī)學(xué)主題詞中“解剖學(xué)”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個用于解剖結(jié)構(gòu)和區(qū)域、生理系統(tǒng)、流體和組織、細(xì)胞和亞細(xì)胞成分的術(shù)語。 目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項(xiàng)，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。最后，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。