TIMEOR：用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系

   揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時間的推移在 DNA、RNA 和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) (GRN) 和分配正常和疾病狀態(tài)的機制至關(guān)重要。 RNA-seq 是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配 GRN 內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的 RNA-seq 數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA 結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。

TIMEOR是第一個基于 Web 的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。 TIMEOR 通過利用時間序列 RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA 結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。

一、    上傳數(shù)據(jù)

  可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質(zhì)控

二、    初級分析

   數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、Next maSigPro 、DESeq2，可以根據(jù)實際情況自由選擇。

三、    次級分析

   次級分析用于評估豐富度、因子結(jié)合和時間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；Factor Binding，使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達的轉(zhuǎn)錄因子；Temporal Relations，識別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRN）。

附TIMEOR網(wǎng)址：

https://github.com/ashleymaeconard/TIMEOR.git

http://timeor.brown.edu