32種癌癥類型中m6A調(diào)節(jié)因子和交互編碼及非編碼RNA的綜合分析

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-08-09
今天我們來講一篇關(guān)于泛癌m6A相互作用的RNA的文章,是南京醫(yī)科大學(xué)實驗團(tuán)隊發(fā)表在Molecular cancer(IF=27.4)期刊的文章......

N6-甲基腺苷(m6A)是一種真核mRNA修飾,通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNAmiRNA)處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達(dá),并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與腫瘤增殖、分化、腫瘤發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān),并在癌癥發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外,m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控,非編碼RNA(如miRNAs、lncRNAs)通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響腫瘤細(xì)胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。

今天我們來講一篇關(guān)于泛癌m6A相互作用的RNA的文章,文章題名為:Comprehensive analyses of m6A regulators and interactive coding and non-coding RNAs across 32 cancer types,是南京醫(yī)科大學(xué)實驗團(tuán)隊發(fā)表在Molecular cancerIF=27.4)期刊的文章。該文章在泛癌環(huán)境中全面評估編碼和非編碼 RNA m6A 相互作用基因。

TCGA 泛癌中的 m6A概況

為了表征m6A模式和篩選潛在靶點,在TCGA中的9804個泛癌樣本中開發(fā)了一個四步計算框架。經(jīng)過質(zhì)量控制后,共有23m6A調(diào)節(jié)因子、56m6A交互蛋白編碼基因、10lncRNAs17miRNAs被納入本研究。106個基因有密切的共表達(dá)關(guān)系(Pearson r>?0.3)。在共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中,大多數(shù)m6A調(diào)節(jié)因子和一些蛋白質(zhì)編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。

在不同癌癥類型癌旁組織的差異表達(dá)比較中,許多基因在腫瘤組織中的表達(dá)水平較高,而一些蛋白質(zhì)編碼基因則表現(xiàn)出相反的關(guān)系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXLID2SOCS2;miR-143miR-29a、miR-125b-1miR-1454miRNA在腫瘤組織中表達(dá)較低。所有lncRNAs在腫瘤組織中均有較高的表達(dá)。利用腫瘤和正常組織的前兩個主成分(PC),我們發(fā)現(xiàn)m6A模式具有良好的鑒別診斷價值。曲線下面積(AUC)在大多數(shù)癌癥中超過90%。 

這些基因的體細(xì)胞突變狀態(tài)如圖所示。平均突變頻率最高的基因是TP5331.4%)、PTEN5.7%)、NOTCH13.6%)、CTNNB13.6%)、XIST3.4%)和MALAT13.4%)。還觀察到在子宮內(nèi)膜體癌(UCEC)中有相對較高的突變頻率(7.6%)。



在泛癌中構(gòu)建
m6A 亞型和特征

我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數(shù)秩檢驗發(fā)現(xiàn),在排除死亡比例的癌癥后,27種癌癥中有24種癌癥的定義亞型與總生存率顯著相關(guān)?<?10%。具體來說,我們定義了按中位生存時間(MST)排序的聚類。MST最長的組定義為第1組,MST最短的組定義為第3組,中間組定義為第2組。與第1組相比,第2組和第3組在27種癌癥中有22種的生存率顯著降低。此外,當(dāng)臨床結(jié)果為無進(jìn)展間期(PFI)時,分類在大多數(shù)癌癥類型中仍然顯著(16/26)或疾病特異性生存率(DSS)(18/26)。在總體人群的KM生存率分析中,m6A亞型在調(diào)整癌癥類型后可顯著分層患者的生存率。四個體細(xì)胞突變在不同m6A亞型中的分布有顯著性差異,包括TP53、NOTCH1CTNNB1PTEN。

在腫瘤微環(huán)境(TME)細(xì)胞浸潤的單樣本基因集富集分析(ssGSEA)中,亞型2和亞型3的β系數(shù)(95%順式),亞型1作為對照組。FDR校正后,28種免疫類型中有27種在m6A亞型之間存在顯著差異,但記憶CD8 T細(xì)胞類型除外。亞型3TME入滲程度最低,亞型1TME入滲程度最高。因此,我們將亞型1定義為免疫亞型,亞型2定義為中間亞型,亞型3定義為腫瘤增殖亞型。

PCA生成的m6A信號在不同的m6A亞型中顯著不同。在校正年齡、性別、分期、癌癥類型和可能的表達(dá)殘差(PEER)因素估計后,m6A信號水平越高,總體人群的總體生存率越差。此外,臨床晚期疾?。?/span>Ptrend)患者的m6A特征明顯更高或腫瘤高分級。在不同的癌癥類型中,較高的m6A信號與較短的MST顯著相關(guān)。我們檢查了在整個泛癌人群中m6A信號與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)評分之間的關(guān)聯(lián)。不出所料,它們與皮爾遜r=?總?cè)丝跒?/span>0.53。m6A信號正相關(guān),16種癌癥類型的TMB評分。

應(yīng)用ssGSEA計算了2236條典型路徑在基因組中的富集分?jǐn)?shù)。FDR校正后,共有949條通路(42.4%)與m6A信號顯著相關(guān),表明m6A修飾與廣泛的生物學(xué)過程相關(guān),大多數(shù)癌癥類型的結(jié)果一致。還發(fā)現(xiàn)了一些與癌癥治療相關(guān)的經(jīng)典途徑,如FOXM1途徑、細(xì)胞周期調(diào)控、polo樣激酶1PLK1)相關(guān)途徑和Aurora A/B途徑。

 


m6A修飾相互作用的潛在靶點

我們在至少10PFDR癌癥亞型中鑒定出114個與該特征相關(guān)的新基因<?0.05。在105個有可用腫瘤評分的基因中,78個基因(74.3%)通過了建議的閾值(腫瘤評分>?21.09),明顯高于腫瘤評分系統(tǒng)中隨機(jī)選擇癌基因的比例(35%)。

在所有癌癥中具有最高顯著性頻率的基因是蛋白質(zhì)編碼基因BCL9L。 BCL9L10種癌癥類型的腫瘤組織中顯著上調(diào)。其表達(dá)水平與m6A信號呈正相關(guān)(r=?0.35)和m6A亞型在總?cè)丝谥?。在泛癌薈萃分析(HR)中,BCL9L的高表達(dá)與總體生存率降低顯著相關(guān)。這一發(fā)現(xiàn)在6個外部驗證數(shù)據(jù)集中得到證實,包括肺癌,胃癌,乳腺癌,肝癌和卵巢癌,乳腺癌。BCL9LWnt信號通路的重要成員,與Wnt信號通路的ssGSEA富集分?jǐn)?shù)顯著相關(guān)。在參與Wnt信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的5m6A互作基因(MYC、LEF1WIF1、CTNNB1SOX2)中,BCL9LMYC有很強的相關(guān)性(r=?0.34)和CTNNB1r=?0.36)。

此外,我們驗證了外部數(shù)據(jù)集中的109個蛋白質(zhì)編碼基因。在PFDRmeta分析中,40個基因(37.7%)與生存率相關(guān)<?0.05,表明它們在癌癥中起重要作用。

總之,這項研究表明m6A調(diào)節(jié)因子和相互作用基因可能在癌癥預(yù)后中起重要作用。我們對m6A模式的系統(tǒng)評價提高了對腫瘤微環(huán)境中RNA甲基化失調(diào)的理解。預(yù)測的相互作用靶基因可能為臨床治療靶點提供更多的信息。