tsRFun：人類腫瘤tsRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫

tsRFun 評(píng)估了 32 種癌癥的 tsRNA 表達(dá)模式和預(yù)后價(jià)值，并利用高通量 CLASH/CLEAR 或 CLIP 測序數(shù)據(jù)展示了它們的生物學(xué)功能。 總之，tsRFun 為研究 tsRNA 在癌癥中的功能和作用提供了有效的數(shù)據(jù)資源和分析工具。http://rna.sysu.edu.cn/tsRFun/

l    Search

tsRFun 支持多種方式在搜索頁面中搜索特定的 tsRNA：

       1) 輸入序列；

2) 輸入tsRNA id；

3) 輸入tRNA名稱或按氨基酸、tRNA密碼子、tsRNA類型選擇；4) 輸入基因名稱。

1）或2）的搜索結(jié)果為包括二級(jí)結(jié)構(gòu)、表達(dá)模式在內(nèi)的tsRNA的詳細(xì)信息：

l    tsRinCancer

“tsRinCancer”評(píng)估 32 種癌癥中的 tsRNA 表達(dá)模式，將所有樣本的平均 RPM 值可視化為箱線圖和條形圖，并將腫瘤表達(dá)相對(duì)于正常表達(dá)的 log2 倍變化可視化為熱圖。

l    tsRSurvival

tsRSurvival 通過 Kaplan-Meier 方法和對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)計(jì)算 tsRNAs 在不同癌癥類型中的預(yù)后：

l    tsRNetwork

通過超幾何測試在tsRNA、microRNA和mRNA之間構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)：

l    tsRTools

tsRFun 提供兩個(gè)實(shí)時(shí)在線工具tsRFinder 和 tsRTarget，供用戶上傳自己的序列數(shù)據(jù)來識(shí)別 tsRNA 并預(yù)測 tsRNA-target 相互作用。用戶需要提交符合要求的數(shù)據(jù)：fasta 格式

l    tsRFinder

“tsRFinder”提供了一種從smallRNA-seq 數(shù)據(jù)中識(shí)別 tsRNA 分子的綜合方法：

上傳fasta格式的序列信息，選擇“Advanced Options”。

              i.          Number of Allowed mismatch：允許的錯(cuò)配數(shù)，允許將smallRNA 讀數(shù)映射到 tRNA 的最大錯(cuò)配數(shù)。 默認(rèn)為 0，范圍為 0 - 2。

            ii.          Indel：插入缺失，是指核苷酸的插入或缺失。此參數(shù)設(shè)置允許將small RNA 讀數(shù)映射到 tRNA 序列的最大核苷酸插入或刪除數(shù)。

           iii.          Shortest tsRNA Length (nt)：最短 tsRNA 長度 (nt)，通常 tRF 的大小為 18 nt，而 tiRNA 的大小為 35 nt。默認(rèn)為 16，范圍為 16 - 40。

           iv.          Largest tsRNA Length (nt)：最大 tsRNA 長度 (nt)”，允許被視為 tsRNA 候選的 tsRNA 的最大長度。 默認(rèn)為 40，范圍為 28 - 40。

            v.          Selected P-value：選定的 P 值，默認(rèn)為 0.01。 二項(xiàng)式檢驗(yàn)用于評(píng)估分布在每個(gè) tRNA 上的已測序 sRNA 缺失的顯著性。 在 tRNA 上的連續(xù)位置，p 值小于 0.01 的讀數(shù)被視為 tsRNA 候選。

l    tsRTarget

“tsRTarget”模塊顯示了基于 CLIP-Seq 和 CLASH/CLEAR 數(shù)據(jù)的潛在規(guī)范和非規(guī)范 tsRNA-mRNA 相互作用。

l    tsRFunction

“tsRFunction”整合了來自CLASH/CLEAR和CLIP數(shù)據(jù)預(yù)測的tsRNA-target相互作用網(wǎng)絡(luò)信息，用戶可以選擇多種tsRNA分子進(jìn)行后續(xù)的功能富集分析。

用戶可以通過兩種方式查詢tsRNAs的功能：（1）選擇特定的tsRNA和tsRNA類型； (2) 輸入特定的 tsRNA 序列。