LncSEA：lncRNA綜合數(shù)據(jù)庫

LncSEA （http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php）是中國哈爾濱醫(yī)科大學(xué)于 2020 年發(fā)布的 lncRNA 注釋和富集分析綜合數(shù)據(jù)庫。開發(fā)人員整合了來自 20 多個數(shù)據(jù)庫的 lncRNA 數(shù)據(jù)集，例如來自 Cistrome和 NCBI 的樣本基因組區(qū)域，從癌癥基因組圖譜 (TCGA)中收集了與癌癥生存相關(guān)的 lncRNA 以及疾病和疾病信息；來自 Lnc2Cancer2.0 和 LncRNADisease2.0等數(shù)據(jù)庫的藥物；lncRNA、mRNA 和 lncRNA-miRNA 之間的關(guān)系是從LncACTdb2.0下載的。

用戶在LncSEA數(shù)據(jù)庫可以查詢到以下信息：

 (i) 序列信息：包括序列分析、基本轉(zhuǎn)錄信息、保守、甲基化、SNP、編碼潛力和表達，(ii) 分子功能：包括亞細胞位置、lncRNA-mRNA 相互作用、lncRNA-miRNA 相互作用和 RNA 結(jié)合蛋白質(zhì)，（iii）臨床相關(guān)性：包括癌癥和正常組織表達差異、細胞系表達譜、生存分析、癌癥臨床分期、轉(zhuǎn)移、lncRNA相關(guān)疾病和藥物。

l    Analysis

tsRFun 支持多種方式在搜索頁面中搜索特定的 tsRNA： 

1) 輸入lncRNA名稱或文本文件；

2) 選擇參考集的類和子類以及可選參數(shù)；

3) 點擊“Run”開始分析

l    Browse

用戶可以使用“Class”和“Sub class”快速搜索 該類目下所有l(wèi)ncRNA。

l    Search

LncSEA 支持三種不同的搜索模式："Search by LncRNA name/ID"、"Search by Genomic Region"、"Genomic Sequence"。結(jié)果頁面中顯示為表格。 用戶可以點擊“Gene name”查看當(dāng)前l(fā)ncRNA的詳細信息;可以點擊特定的基因集查看該基因集下的 lncRNA。

l    Download

LncSEA 支持下載所有表格或圖形進行分析，所有集合都打包成兩種格式（text和gmt）文件供下載：

l    ID coversion

用戶可以粘貼 lncRNA 列表或上傳由空格分隔的文件，lncRNA名稱可以是gene symbol, ensembl ID, NCBI refseq ID, alias，entrez ID。 單擊“Convert”即可獲得轉(zhuǎn)換后的結(jié)果表。 用戶不僅可以下載結(jié)果表，還可以點擊“Analysis”連接到這些 lncRNA 的富集分析頁面。