m6A-Atlas：m6A表觀轉(zhuǎn)錄組的綜合知識(shí)庫(kù)

多種化學(xué)修飾在細(xì)胞天然修飾RNA，調(diào)節(jié)其生物發(fā)生、穩(wěn)定性和功能。迄今為止，已鑒定出超過(guò)150種類型的RNA修飾，其中，N6甲基腺苷（m6A）是mRNAs和lncRNAs上最普遍和最深入研究的可逆修飾。最近的研究表明，m6A在包括病毒感染、應(yīng)激、熱休克和DNA損傷在內(nèi)的各種生物過(guò)程中起著關(guān)鍵作用，并調(diào)節(jié)RNA-蛋白質(zhì)相互作用、RNA穩(wěn)定性和翻譯效率等分子功能。此外，m6A的失調(diào)與許多疾病有關(guān)，包括多種癌癥，如白血病和膠質(zhì)瘤。

今天我們介紹一個(gè)m6A數(shù)據(jù)庫(kù)：m6A-Atlas，用于了解m6A表觀轉(zhuǎn)錄組。該數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)文章發(fā)表于Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

m6A-Atlas的特點(diǎn)如下：（1）收集了從7種堿基分辨率技術(shù)中鑒定的442162個(gè)高置信度m6A位點(diǎn)，并從1363個(gè)高通量測(cè)序樣本中估算出定量(而非二元)的表轉(zhuǎn)錄組譜。(2)收錄人、小鼠、黑猩猩等7種脊椎動(dòng)物m6A位點(diǎn)情況，以及HIV、KSHV、DENV等10種病毒的m6A圖譜情況。(3)由表觀轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)各個(gè)m6A位點(diǎn)的生物學(xué)功能，以及由疾病相關(guān)的基因突變推斷m6A位點(diǎn)的潛在發(fā)病機(jī)理。(4)對(duì)m6A位點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄后機(jī)制注釋(RBP結(jié)合、microRNA相互作用和剪接位點(diǎn))，同時(shí)提供多種RNA修飾的圖譜數(shù)據(jù)。

這是數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)搜索功能。先在左側(cè)選擇對(duì)應(yīng)的物種，系統(tǒng)自動(dòng)選的是人類，然后輸入自己所查詢的關(guān)鍵詞，以MALAT1為例。

       MALAT1它編碼 7.9 kb 長(zhǎng)的非編碼 RNA，位于染色體 11q13。在m6A-Atlas數(shù)據(jù)庫(kù)首頁(yè)按基因'MALAT1'檢索，共返回142條MALAT1相關(guān)的m 6 A記錄。即 MALAT1 是高度 m6A 修飾的?？梢酝ㄟ^(guò)技術(shù)過(guò)濾這些記錄或細(xì)胞系/組織。單擊 MALAT1 m6A 站點(diǎn)后，將提供更多信息，包括記錄來(lái)源，例如 PubMed ID、GEO 登錄號(hào)、技術(shù)、細(xì)胞系和治療。位于 MALAT1 上的所有 m 6 A 位點(diǎn)的整體分布及其注釋在“景觀”部分中可視化，并且可以在切換到其“表格”視圖時(shí)下載。從那里可以清楚地看出，超過(guò)10個(gè)堿基分辨率實(shí)驗(yàn)重復(fù)檢測(cè)到四個(gè) MALAT1 m6A位點(diǎn)，并且這四個(gè)位點(diǎn)都得到了保守人類和猴子之間，表明它們的普遍性和潛在的重要功能。具體而言，位于 chr11:65257646（13 個(gè)實(shí)驗(yàn)支持）的 MALAT1 m 6 A 位點(diǎn)在猴子和小鼠之間是保守的。該位點(diǎn)的生物學(xué)功能是用計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)的，并顯示在 GO 預(yù)測(cè)面板中。我們可以看到 m6A位點(diǎn)與位于 USP10、AGO2、TRAF7 等上的 m 6 A 位點(diǎn)表現(xiàn)出共甲基化模式，并且基于網(wǎng)絡(luò)的分析預(yù)測(cè)，它可能與許多功能有關(guān)，例如參與 DNA 修復(fù)的 DNA 合成（P值 = 0.01297）、細(xì)胞命運(yùn)決定（p 值 = 0.0454）和細(xì)胞發(fā)育的負(fù)調(diào)節(jié)（p值 = 0.00366）。這與最近的發(fā)現(xiàn)一致，即MALAT1 的m 6 A 調(diào)節(jié)調(diào)節(jié)腫瘤發(fā)生和胚胎發(fā)育?？梢栽凇凹谆健泵姘逑抡业?> 100 種不同生物環(huán)境（細(xì)胞系、組織、治療、病毒感染等）下單個(gè) m6A 位點(diǎn)的甲基化概況。可以過(guò)濾特定的細(xì)胞系或感興趣的組織。在 iSLK.219 細(xì)胞系中發(fā)現(xiàn)了最高的甲基化水平。值得注意的是，該位點(diǎn)的甲基化水平在幾乎所有涵蓋的條件下都高于 0，表明其普遍存在和功能性。MALAT1 的匹配RNA表達(dá)譜也可在基因表達(dá)面板中進(jìn)行比較分析。此外，轉(zhuǎn)錄后注釋表明 m6A位點(diǎn)靠近 microRNA hsa-miR-670-3p 和 21 個(gè) RNA 結(jié)合蛋白（包括 HRNPC）的結(jié)合位置，這些蛋白可以通過(guò) m 6 A 位點(diǎn)立即進(jìn)行調(diào)節(jié)。有趣的是，先前已經(jīng)證實(shí)了通過(guò) m 6 A 甲基化調(diào)節(jié) MATLAT1 和 HNRNPC 之間的相互作用.