IRESbase：經(jīng)實驗驗證的內(nèi)部核糖體進入位點 (IRES) 的綜合數(shù)據(jù)庫

 除了依賴帽的方式外，蛋白質(zhì)翻譯也可以通過使用稱為內(nèi)部核糖體進入位點 (IRES) 的 RNA 順式元件直接將核糖體募集到 mRNA，以不依賴于帽的方式啟動。 IRES 最初在病毒中發(fā)現(xiàn)，后來在真核細胞 mRNA 中發(fā)現(xiàn)。 最近，在環(huán)狀 RNA (circRNA) 和長鏈非編碼 RNA (lncRNA) 中也發(fā)現(xiàn)了 IRES 元件。 研究表明， IRES 在應(yīng)激反應(yīng)、細胞存活、細胞凋亡、細胞有絲分裂、腫瘤發(fā)生和腫瘤進展中發(fā)揮重要作用。

 IRESbase數(shù)據(jù)庫（http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php）整理了已發(fā)表文獻中所有經(jīng)過實驗驗證的 IRES，其中包含 554 個病毒 IRES、691 個人類 IRES 和 83 個來自其他真核物種的 IRES。

l    Home

在主頁上，可以快速搜索相關(guān)的IRES（如物種名稱，染色體位置，IRES ID，基因名稱，基因ID，蛋白質(zhì)名稱，蛋白質(zhì)ID， PubMed ID等）。

l    View All

該入口提供兩種界面：（1）查看真核IRES和（2）查看病毒IRES，分別顯示774個真核IRES和554個病毒IRES的基本信息。 此外，可以單擊感興趣的 IRES ID 以獲取詳細信息。

l    Advanced Search

選擇要查詢的物種：(1)人類，(2) 其他真核生物，(3) 病毒。

在“智人”子頁面中，可以使用一個或多個（最多 10 個）關(guān)鍵字來檢索感興趣的 IRES 數(shù)據(jù)集。

在“其他真核生物”子頁面中，可以使用一個或多個（最多六個）關(guān)鍵字來檢索除智人以外的真核生物的 IRES 數(shù)據(jù)集。

在“病毒”子頁面中，可以使用一個或多個（最多五個）關(guān)鍵字從病毒 IRES 數(shù)據(jù)集中檢索 IRES 數(shù)據(jù)。

l    BLAST Search

此頁面提供了四個選項：(1) 智人，(2) 其他真核生物，(3) 病毒， (4) 所有生物。 BLAST的查詢序列為 FASTA 格式，長度大于30 nt。

在 BLAST 結(jié)果頁面，用戶可以通過序列標(biāo)識選擇最匹配的 IRES。 并且，用戶可以通過單擊“Job title”導(dǎo)航到詳細的比對結(jié)果。

l    Browe

該入口提供四種界面：（1）按物種瀏覽，（2）按GO&KEGG瀏覽，（3）按染色體瀏覽，（4）按轉(zhuǎn)錄本類型瀏覽。

按物種瀏覽包括人類、小鼠、大鼠、果蠅等在內(nèi)的15類真核生物和病毒。

按GO瀏覽可以選擇分子功能、生物過程、細胞成分三個層次。

按轉(zhuǎn)錄本類型瀏覽，可查詢lncRNA、circRNA及mRNA。

l    Download

數(shù)據(jù)庫提供兩種下載方式：（1）下載所有信息；（2）下載選定信息。

在“Download All Info”頁面可以下載IRESbase中的所有IRES數(shù)據(jù)，并提供FASTA格式的IRES序列下載。

在“"Download Selected Info”頁面可以選擇感興趣的IRES信息進行下載。