GPSno: 癌癥中 snoRNA 的遺傳和藥物基因組學(xué)

GPSno （https://hanlab.uth.edu/GPSno/）通過使用來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 的數(shù)千數(shù)據(jù)，表征了遺傳變異對 29 種癌癥類型的 snoRNA 的影響，將相關(guān)等位基因與患者存活率以及全基因組關(guān)聯(lián)研究風(fēng)險位點聯(lián)系起來，并表征了 snoRNA 表達(dá)對患者藥物反應(yīng)的影響。

l  Cis-snoQTLs

在 29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05 為篩選標(biāo)準(zhǔn)，鑒定了 69,557 個 snoQTL-snoRNA 基因?qū)Γ┯脩羲阉骰驗g覽：

用戶需要選擇癌癥類型，填寫SNP ID或者snoRNA名稱進(jìn)行查詢。查詢結(jié)果將在頁面下方顯示，結(jié)果可以以excel格式進(jìn)行下載；點擊“Plot”顯示snoRNA表達(dá)量結(jié)果圖，可以以PDF格式進(jìn)行下載。

l  Trans-snoQTLs

在 29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05為篩選標(biāo)準(zhǔn)， 鑒定了 34,151 個 snoQTL-snoRNA 基因?qū)?，供用戶搜索或瀏覽：

搜索方式與“Cis-snoQTLs”模塊相同，搜索結(jié)果也可以進(jìn)行下載。

l  Survival-associated snoQTLs

該模塊確定了 1,840 個與不同癌癥類型患者總生存相關(guān)的 snoQTL，FDR < 0.2。

該模塊需要選擇癌癥類型、輸入SNP ID進(jìn)行查詢。

l  GWAS-related snoQTLs

該模塊鑒定了 29,795 個 snoQTL-snoRNA 對，其中 snoQTL 與 GWAS 連鎖不平衡 (LD) 區(qū)域 (r2 ≥ 0.5) 重疊。

選擇癌癥類型、LD指數(shù)（0.5-1.0），輸入SNP ID可進(jìn)行查詢。

l  Drug response

該模塊在18 種癌癥類型中以 FDR < 0.2為篩選標(biāo)準(zhǔn)， 鑒定了 27,877 個 snoRNA-藥物反應(yīng)對，供用戶搜索或瀏覽。

用戶可以根據(jù)藥物查詢，也可以根據(jù)SnoRNA進(jìn)行查詢。