CancerSCEM：癌癥單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)庫

CancerSCEM數(shù)據(jù)庫收集了涵蓋人類20種癌癥類型、總計(jì)208個(gè)癌癥樣本的單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)，使得我們可以比較不同癌癥類型之間的細(xì)胞成分和許多功能分子的表達(dá)，最終挖掘出一些新的優(yōu)越免疫檢查點(diǎn)，可用于未來針對(duì)特定類型癌癥的臨床免疫治療。（https://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem/index）

l  Browe

單擊導(dǎo)航欄中的“Project Browse”后，將顯示所有收集的癌癥單細(xì)胞 RNA-Seq 列表，信息包括項(xiàng)目 ID、癌癥類型、項(xiàng)目所在國家、樣本 ID ，樣本詳細(xì)信息，細(xì)胞計(jì)數(shù)，文庫構(gòu)建協(xié)議。

此外，表中的“Sample Details”和“Analysis”列將分別提供指向每個(gè)數(shù)據(jù)集的腫瘤樣本的詳細(xì)信息及其一般分析結(jié)果的超鏈接。

l  Search

主頁快速搜索：用戶可以在“Quick Search”欄輸入癌癥類型/基因名/基因ID進(jìn)行快速搜索，將生成相應(yīng)的項(xiàng)目/樣本及其分析結(jié)果和目標(biāo)基因的整體表達(dá)模式；也可以在“Keyword Cloud”中點(diǎn)擊感興趣的關(guān)鍵詞進(jìn)行快速搜索。

導(dǎo)航欄高級(jí)搜索

單擊導(dǎo)航欄“Search”可進(jìn)入搜索頁面。根據(jù)右側(cè)提示輸入相應(yīng)關(guān)鍵詞進(jìn)行搜索即可：

l  Online analyze

在心分析分為基因分析模塊和樣本分析模塊?；蚰K主要針對(duì)樣本中基因表達(dá)、不同癌癥類型中基因表達(dá)、特定樣本中基因表達(dá)相關(guān)性及不同來源的數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)集間基因表達(dá)的差異。結(jié)果數(shù)據(jù)可以進(jìn)行下載。

樣本分析模塊包塊細(xì)胞成分比較、細(xì)胞相互作用及生存分析。

l  Downloads

原始數(shù)據(jù)、基因表達(dá)矩陣、每個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的細(xì)胞成分和每個(gè)細(xì)胞亞型的差異表達(dá)基因列表可供下載。