DNA酶,也稱為脫氧核酶,是合成的單鏈 DNA 分子,能夠催化化學反應。該催化劑家族于 1994 年發(fā)現(xiàn),具有所需的特性,例如成本低、易于合成、堅固耐用,以及單獨或與納米材料結合對各種工藝的適應性和適用性。迄今已知的DNA酶已經(jīng)通過體外選擇或SELEX方法分離。自從發(fā)現(xiàn)第一個DNA酶,一種依賴于鉛的 RNA 切割脫氧核酶,數(shù)百種脫氧核酶被分離出來,增加了脫氧核糖核酸能夠催化的不斷增長的反應庫。用于 RNA 連接、RNA 切割、肽側鏈修飾和DNA水解的 DNA酶是最受追捧的DNA催化劑類型。DNA酶的潛力吸引了來自非常不同領域的科學家,最終導致它們作為生物傳感器、治療劑和納米技術工具的應用。
目前,文獻中已經(jīng)報道了超過1500種不同的 DNA酶序列,占至少20種不同的催化活性。DNA酶序列通常在GenBank等公共序列數(shù)據(jù)庫中不可用,但那些已確定其3D結構的除外。此外,出版物通常在文章正文中報告活性序列。然而,經(jīng)常在補充信息中報告,因此,很難檢索到DNA酶序列。作者開發(fā)了DNAmoreDB數(shù)據(jù)庫(https://www.genesilico.pl/DNAmoreDB)作為一個單一的在線資源,用于存儲和組織不同級別的 DNA酶信息,以促進他們的研究,識別已經(jīng)存在的 DNA酶,并將新選擇的序列與數(shù)據(jù)庫中的序列進行比較。
數(shù)據(jù)庫情況
當前(截至 2020 年 9 月 21 日)版本的 DNAmoreDB 包含來自 116 篇已發(fā)表參考文獻的 1782 個序列。DNAmoreDB的主頁介紹了該數(shù)據(jù)庫并提供了幾個功能的快速鏈接。例如,可以通過關鍵字查詢數(shù)據(jù)庫,查看可以瀏覽的頁面,以及訪問序列搜索工具。工具欄顯示所有數(shù)據(jù)庫的頁面和一個用于查詢數(shù)據(jù)庫內(nèi)容的搜索欄。
DNAmoreDB數(shù)據(jù)庫可以通過關鍵字進行查詢、查看可以瀏覽的頁面并訪問序列搜索工具,工具欄顯示所有數(shù)據(jù)庫的頁面和一個用于查詢數(shù)據(jù)庫內(nèi)容的搜索欄。數(shù)據(jù)庫中存在的DNA酶根據(jù)它們催化的反應進行分類,這種分類允許用戶在瀏覽DNA酶s時應用過濾器頁面,可以從工具欄和主頁上的快速鏈接訪問。DNA酶s中的“默認”選項一般僅顯示文章正文中報告的DNA酶,用戶可以根據(jù)不同的標準對條目進行排序,以粗體字符顯示的序列表明單個條目頁面包含有關反應產(chǎn)率和速率常數(shù)的信息。