LinkedOmics數(shù)據(jù)庫

多組學(xué)分析在生物醫(yī)學(xué)研究中越來越流行。作為一個(gè)典型的例子，癌癥基因組圖譜 (TCGA) 項(xiàng)目使用基因組、表觀基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組平臺(tái)對(duì)人類腫瘤進(jìn)行了分子分析，除了典型的臨床屬性外，每個(gè)腫瘤還具有大約 10 萬個(gè)分子屬性的綜合特征。大量的科研人員利用TCGA數(shù)據(jù)庫來幫助自己尋找感興趣的靶點(diǎn)，或是對(duì)自己的科研成果進(jìn)行驗(yàn)證。今天我們講一個(gè)在線分析TCGA數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫——LinkedOmics（http://www.linkedomics.org）。LinkedOmics相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

LinkedOmics數(shù)據(jù)庫包32種癌癥類型的多組學(xué)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)，以及TCGA項(xiàng)目共11158名患者的數(shù)據(jù)。它也是一個(gè)多組學(xué)數(shù)據(jù)庫，集成了針對(duì)選定的TCGA腫瘤樣本的質(zhì)譜（MS）的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)。

首先直接選擇所要研究的癌癥類型，然后選擇你需要的數(shù)據(jù)類型，即研究的目標(biāo)，如miRNA數(shù)據(jù)、mRNA數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、突變位點(diǎn)等。這里注釋了數(shù)據(jù)來源以及數(shù)據(jù)平臺(tái)。選擇自己想要分析的樣本類型和自己關(guān)注的基因。

      根據(jù)自己的需求選擇想要研究的數(shù)據(jù)集，在確定統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方法點(diǎn)擊提交即可。點(diǎn)擊遞交后，頁面會(huì)生成你所感興趣的基因的分析結(jié)果

   這個(gè)數(shù)據(jù)庫不止分析基因表達(dá)，還能分析基因與腫瘤患者預(yù)后生存、蛋白質(zhì)磷酸化、基因甲基化、非編碼RNA相關(guān)基因等數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫還可以進(jìn)行KEGG、GSEA等分析。想做生存分析選擇臨床樣本數(shù)據(jù)即可。