DrLLPS：真核生物液-液相分離的數(shù)據(jù)庫(kù)

在真核生物中，細(xì)胞區(qū)室化是通過(guò)形成膜結(jié)合區(qū)室或無(wú)膜細(xì)胞器 (MLO)在不同化學(xué)環(huán)境中動(dòng)態(tài)和瞬時(shí)組織復(fù)雜生化反應(yīng)的基本原理。盡管前者已被很好地記錄在案，但在蛋白質(zhì)相分離或液-液相分離 (LLPS) 的機(jī)械分析最近取得進(jìn)展之前，人們對(duì)后者知之甚少。LLPS 提供了一種簡(jiǎn)單但關(guān)鍵的機(jī)制來(lái)解釋細(xì)胞如何在時(shí)空上產(chǎn)生 MLO，通過(guò)將蛋白質(zhì)或核酸等生物分子的溶液濃縮成與稀相細(xì)胞質(zhì)共存的密相液滴?；瘜W(xué)勢(shì)驅(qū)動(dòng) LLPS，后者反過(guò)來(lái)形成 MLO。迄今為止，大量的MLOs已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，包括但不限于應(yīng)力顆粒，加工體（P-體），P顆粒，中心體，主軸裝置和核仁。除了 MLOs，LLPS 還有助于其他亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的形成，如異染色質(zhì)、核孔復(fù)合物和受體簇，盡管常規(guī)的大分子組裝機(jī)制對(duì)于核孔的形成也很重要?？偟膩?lái)說(shuō)，MLOs組裝經(jīng)由LLPS用一個(gè)唯一的名稱被稱為，生物分子的縮合物，從而起到在調(diào)節(jié)多種生物過(guò)程，如應(yīng)激反應(yīng)，RNA新陳代謝，DNA損傷響應(yīng)和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵作用。在活細(xì)胞中，生物分子凝聚物的成核、形成和生物學(xué)特性受到精確調(diào)節(jié)，而 LLPS 相關(guān)蛋白的失調(diào)或突變與神經(jīng)變性和癌癥等人類疾病有關(guān)。

華中科技大學(xué)團(tuán)隊(duì)建立了一個(gè)真核生物液-液相分離的數(shù)據(jù)庫(kù)——DrLLPS（http://llps.biocuckoo.cn/），該文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），題名為：DrLLPS: a data resource of liquid-liquid phase separation in eukaryotes。該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了9285 個(gè)實(shí)驗(yàn)鑒定的 LLPS 相關(guān)蛋白， 包括150 個(gè)作為 LLPS 驅(qū)動(dòng)因素的支架蛋白、987 種有助于調(diào)節(jié) LLPS 的調(diào)節(jié)劑，以及 8148 種可能對(duì) MLO 形成可有可無(wú)的潛在目標(biāo)蛋白，然后將其分類為 40 種生物分子縮合物。LLPS 的數(shù)據(jù)資源（DrLLPS）總共包含 437 887 個(gè)已知和潛在的 LLPS 相關(guān)蛋白，包括 164 個(gè)真核物種中的 7993 個(gè)支架、72 300 個(gè)調(diào)節(jié)劑和 357 594 個(gè)客戶端。