CancerSCEM：人類癌癥的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫

隨著單細(xì)胞 RNA 測序技術(shù) (scRNA-seq) 被廣泛應(yīng)用于回答發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤學(xué)和免疫學(xué)中的許多基本問題。scRNA-seq對人類癌癥的研究不斷增多，各種癌癥中的細(xì)胞異質(zhì)性、免疫浸潤和發(fā)病機(jī)制已陸續(xù)被揭示。scRNA-seq 成為研究腫瘤微環(huán)境、異質(zhì)性、發(fā)病機(jī)制、轉(zhuǎn)移和侵襲以及治療和診斷多種腫瘤不可或缺的手段。在過去十年中，大規(guī)模癌癥 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集呈指數(shù)級增長，迫切需要整合和處理各種癌癥類型的腫瘤微環(huán)境的基本研究。當(dāng)前的腫瘤單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)庫的整合、準(zhǔn)確的細(xì)胞類型識別和全面的在線分析平臺在某種程度上仍然存在不足，給人類癌癥研究留下了巨大的挑戰(zhàn)。

最近中國科學(xué)院團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了一個(gè)腫瘤單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)庫：CancerSCEM（https ://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem），該數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），題名為CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers。該數(shù)據(jù)庫收集了公共 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集，涉及來自 20 種人類癌癥的 208 個(gè)樣本的 638 341 個(gè)高質(zhì)量單細(xì)胞。使用內(nèi)部管道進(jìn)行 TME 分析和功能基因注釋的多尺度數(shù)據(jù)分析，并在 CancerSCEM 中配備了一個(gè)全面的在線分析平臺。

以單細(xì)胞分辨率處理了 208 個(gè)癌癥樣本的多尺度數(shù)據(jù)分析，用戶可以瀏覽、搜索、在線分析和下載所有感興趣的元數(shù)據(jù)和分析結(jié)果。Project Browse頁面上的概覽和交互式表格展示了所有收集的癌癥 scRNA-seq 項(xiàng)目，信息范圍從新分配的唯一項(xiàng)目 ID、癌癥類型、樣本 ID、樣本詳細(xì)信息、細(xì)胞計(jì)數(shù)到。Sample Details和Analysis列還提供了指向腫瘤樣本詳細(xì)信息的超鏈接和每個(gè)數(shù)據(jù)集的綜合分析結(jié)果。

為了更好地訪問感興趣的數(shù)據(jù)集或基因，CancerSCEM 提供了幾種查詢方法：（i）快速搜索框和關(guān)鍵字，都可以通過指定癌癥類型、基因或數(shù)據(jù)協(xié)議進(jìn)行實(shí)時(shí)查詢；(ii) 搜索頁面上的高級搜索模塊：在項(xiàng)目方面，用戶可以指定項(xiàng)目/樣本ID或登錄號，或選擇特定的癌癥類型; 在基因方面，通過搜索基因符號或基因 ID，用戶可以快速查看單細(xì)胞和批量 RNA水平的基因摘要和表達(dá)分布。

   基因分析模塊。它包含四個(gè)功能： (i) 樣本中的基因表達(dá) (GE)——特定癌癥單細(xì)胞樣本進(jìn)行全表達(dá)譜分析；(ii) 亞型中的基因表達(dá)——樣本中不同細(xì)胞類型或亞型的基因表達(dá)；(iii) GE相關(guān)性——特定樣本中任意兩個(gè)基因之間的 pearson 相關(guān)性計(jì)算；(iv) GE比較——不同 scRNA-seq 或 TCGA bulk RNA-seq 數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)比較。