GRNdb：基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)

基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)對(duì)于理解基因表達(dá)調(diào)控和表達(dá)異質(zhì)性的機(jī)制至關(guān)重要。GRNdb是一個(gè)基于大規(guī)模 RNA-seq 數(shù)據(jù)以及已知的 TF- 各種人和小鼠條件的目標(biāo)關(guān)系構(gòu)建的、可免費(fèi)訪問(wèn)且用戶友好的數(shù)據(jù)庫(kù)，用于方便地探索和可視化由轉(zhuǎn)錄因子（TF）和下游靶基因（稱為調(diào)節(jié)子）形成的預(yù)測(cè)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。需要注意的是，該數(shù)據(jù)庫(kù)的所有預(yù)測(cè)結(jié)果只是基于高通量測(cè)序而非實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

GRNdb：http://www.grndb.com/

l  Search

“Exact Search”可選擇物種分為人、小鼠兩種。用戶可以基于“Single-cell”選擇不同組織類型，或者基于“Bulk”選擇TCGA或GTEx的數(shù)據(jù)集；然后根據(jù)用戶要求按照轉(zhuǎn)錄因子或調(diào)節(jié)子的Symbol/Entrez ID/Ensembl進(jìn)行搜索。結(jié)果如下：

圖片結(jié)果均可進(jìn)行下載；數(shù)據(jù)結(jié)果可以點(diǎn)擊下方“Download”下載csv格式文件。

“Comparison”可以對(duì)2種不同來(lái)源數(shù)據(jù)的調(diào)控關(guān)系進(jìn)行比較。結(jié)果如下：

l  Expression

輸入感興趣的基因，可以查詢到在特定數(shù)據(jù)集中基因的表達(dá)情況：

l  Survival

選擇疾病類型后，輸入感興趣的基因，可以獲得該疾病中基因的生存曲線：