PCRMs：基因組中預(yù)測的順式調(diào)節(jié)模塊和組成轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫

順式調(diào)節(jié)模塊 (CRM)，例如增強(qiáng)子、啟動(dòng)子、消音器和絕緣子，由短 DNA 序列簇組成，轉(zhuǎn)錄因子（TF）與CRM中轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）結(jié)合以調(diào)節(jié)許多生物過程中靶基因的表達(dá)。原則上，CRM 中 TFBS 的變異會(huì)影響同源 TF 的親和力，導(dǎo)致組織中特定細(xì)胞類型的染色質(zhì)修飾和靶基因表達(dá)發(fā)生變化，最終導(dǎo)致復(fù)雜性狀的多樣性，包括對常見復(fù)雜疾病的易感性。

PCRMs數(shù)據(jù)庫目前包含人類和小鼠基因組中準(zhǔn)確預(yù)測的 CRM和組成TFBS的最完整集合。https://cci-bioinfo.uncc.edu/

l  Browse Database

選擇物種人或者小鼠，選擇感興趣的染色體，最后選擇P值，點(diǎn)擊“Search”進(jìn)行搜索，結(jié)果頁面如下：

點(diǎn)擊“CRM ID”可以展示CRM的詳細(xì)信息：

l  Functional Analysis

該模塊包括3種分析：(1) 基因最接近的CRM、 (2) 基因周圍給定基因組范圍內(nèi)的CRM、 (3) 給定TF的CRM中的 TFBS