Proteome- pI 2.0：蛋白質(zhì)組等電點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)

蛋白質(zhì)的電荷是其關(guān)鍵的物理化學(xué)特性之一，并且與pKa解離常數(shù)有關(guān)（pKa是溶液中酸強(qiáng)度的定量度量）。對(duì)于蛋白質(zhì)和多肽，應(yīng)考慮七種帶電氨基酸的可電離基團(tuán)：谷氨酸（γ-羧基）、半胱氨酸（硫醇基）、天冬氨酸（β-羧基）、酪氨酸（酚基）、賴氨酸（ε-銨組）、組氨酸（咪唑側(cè)鏈）和精氨酸（胍基團(tuán)）?？傊?，所有帶電基團(tuán)的pKa值可用于計(jì)算分子在任何 pH 值下的總電荷或估計(jì)等電點(diǎn) ( pI, IEP)，即正負(fù)電荷平衡的pH值，因此分子的總凈電荷等于零。pKa和等電點(diǎn)估計(jì)均已用于多種技術(shù)，例如二維凝膠電泳 (2D-PAGE)、結(jié)晶、毛細(xì)管等電聚焦和質(zhì)譜 (MS )。但當(dāng)前蛋白質(zhì)等電點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)仍非常有限。

近期，波蘭研究團(tuán)隊(duì)建了一個(gè)蛋白質(zhì)等電點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)：Proteome-pI 2.0（http://isoelectricpointdb2.org），該數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），題名為Proteome-pI 2.0: proteome isoelectric point database update。該數(shù)據(jù)庫(kù)囊括了來(lái)自20115個(gè)蛋白質(zhì)組的單個(gè)蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)，21種算法預(yù)測(cè)等電點(diǎn)，包括超過(guò)6100萬(wàn)種蛋白質(zhì)的pKa解離常數(shù)的預(yù)測(cè)。

    該數(shù)據(jù)庫(kù)支持自主瀏覽和搜索。

      ProteomepI 2.0 提供了與分子量分布和跨界等電點(diǎn)或氨基和二氨基酸統(tǒng)計(jì)相關(guān)的全局分析。此類數(shù)據(jù)可用于特定分類單元的高通量分析，例如植物真菌或相互作用的蛋白質(zhì)組。