uORFdb：上游開放閱讀框數(shù)據(jù)庫

上游開放閱讀框（Upstream open reading frames ，uORFs）由AUG或近同源起始密碼子啟動(dòng)，并已在大多數(shù)真核轉(zhuǎn)錄物的轉(zhuǎn)錄前導(dǎo)序列中鑒定。在功能上，uORF參與主要蛋白質(zhì)編碼序列的下游翻譯調(diào)節(jié)，并可能作為非標(biāo)準(zhǔn)肽的來源。uORF序列的遺傳缺陷與包括癌癥在內(nèi)的各種疾病的發(fā)展有關(guān)。uORFdb使用戶能夠直接訪問超過240萬人uORF的序列信息、圖形顯示和遺傳變異數(shù)據(jù)。它還包括另外12個(gè)物種中>420萬uORF的序列數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫還包含從TCGA收集的677個(gè)癌癥樣本的全基因組測(cè)序（WGS）分析中獲得的uORF相關(guān)的體細(xì)胞變異數(shù)據(jù)。

https://www.bioinformatics.uni-muenster.de/tools/uorfdb/index.pl?

該數(shù)據(jù)庫中可以輸入基因名、轉(zhuǎn)錄本ID、SNP進(jìn)行查找。以按照基因名查找為例：

l  在搜索框輸入基因名“M1EF1”，點(diǎn)擊

l  與該基因相關(guān)的搜索結(jié)果“Publications”和“Genes”2項(xiàng)

l  點(diǎn)擊“Publications”查看M1EF1相關(guān)的文獻(xiàn)。點(diǎn)擊“PubMed ID”跳轉(zhuǎn)至文獻(xiàn)頁面

l  點(diǎn)擊“Genes”查看不同物種中該基因同源基因信息：

l  選擇感興趣的物種后點(diǎn)擊“Apply”可單獨(dú)查看該物種中M1EF1的相關(guān)信息。

點(diǎn)擊“Model”可查看M1EF1開放閱讀框信息并進(jìn)行下載：