METTL5通過促進(jìn)USP5翻譯穩(wěn)定c-Myc來重編程葡萄糖代謝并促進(jìn)肝細(xì)胞癌進(jìn)展
METTL5是一種18S rRNA甲基轉(zhuǎn)移酶，能夠提高癌癥細(xì)胞中的蛋白質(zhì)合成活性，對腫瘤發(fā)生和細(xì)胞命運(yùn)至關(guān)重要。先前的研究表明，缺乏METTL5的小鼠胚胎干細(xì)胞（mESC）具有較低的分化潛力和蛋白質(zhì)合成速率。此外，據(jù)報道，METTL5促進(jìn)乳腺癌和胰腺癌的腫瘤發(fā)生，并且METTL5缺陷導(dǎo)致整體蛋白質(zhì)合成和S6K激活明顯降低。盡管已經(jīng)證明METTL5在調(diào)節(jié)生物過程中起關(guān)鍵作用，但其在調(diào)控HCC復(fù)雜代謝重編程中的功能和分子機(jī)制仍不完全清楚。因此，為了確定METTL5與葡萄糖代謝的重編程是否存在顯著關(guān)聯(lián)，作者聯(lián)合分析了轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)的多個層面數(shù)據(jù)，旨在確定METTL5在HCC中的臨床相關(guān)性，并闡明METTL5介導(dǎo)的葡萄糖代謝和HCC發(fā)展的分子過程。該研究于2023年3月發(fā)表在《Cancer Communications》，IF=16.2。
技術(shù)路線
主要研究內(nèi)容
1. METTL5在HCC中上調(diào)，與預(yù)后不良相關(guān)
TCGA-LIHC數(shù)據(jù)庫和GTEx數(shù)據(jù)庫分析顯示，METTL5轉(zhuǎn)錄水平在HCC中顯著上調(diào)（圖1A）。從GEO數(shù)據(jù)庫下載的微陣列數(shù)據(jù)同樣顯示METTL5在HCC中過表達(dá)（圖1B）。此外，作者發(fā)現(xiàn)METTL5轉(zhuǎn)錄水平在多種癌癥中顯著升高，尤其是HCC。根據(jù)Kaplan-Meier生存曲線，METTL5高表達(dá)的HCC患者預(yù)后較差（圖1C）。對UALCAN數(shù)據(jù)庫的分析顯示，METTL5轉(zhuǎn)錄水平與腫瘤分級和分期之間存在顯著關(guān)聯(lián)（圖1D）。從武漢大學(xué)中南醫(yī)院樣本庫隨機(jī)抽取的80對HCC組織及癌旁正常組織中METTL5表達(dá)的qRT-PCR分析顯示，HCC中METTL5轉(zhuǎn)錄本水平顯著上調(diào)，METTL5表達(dá)與腫瘤大小和TNM分期相關(guān)（圖1E和附表S3）。多因素Cox比例風(fēng)險回歸分析顯示，表現(xiàn)為METTL5過表達(dá)的HCC患者總生存期較短，METTL5是HCC患者生存期較短的獨(dú)立危險因素（圖1F）。根據(jù)中值將HCC患者分為低表達(dá)和高表達(dá)的METTL5亞組后，Kaplan-Meier分析顯示，高M(jìn)ETTL5表達(dá)與HCC患者的不良預(yù)后密切相關(guān)（圖1K）。Western blotting分析和免疫組化證實了HCC組織中METTL5蛋白水平的上調(diào)（圖1H-I）。與MIHA人肝細(xì)胞的表達(dá)相比，5種HCC細(xì)胞系中的METTL5 mRNA和蛋白水平增加（圖1J-K）。共聚焦激光掃描顯微鏡發(fā)現(xiàn)，HCC細(xì)胞中的METTL5蛋白（紅色熒光）主要是細(xì)胞質(zhì)（圖1L）。這些發(fā)現(xiàn)表明，METTL5可能作為診斷和治療HCC的潛在生物標(biāo)志物。
圖1 肝細(xì)胞癌中METTL5的上調(diào)。
2. METTL5增強(qiáng)了HCC細(xì)胞中的Warburg效應(yīng)
作者首先使用CRISPR/Cas9技術(shù)構(gòu)建了穩(wěn)定的METTL5敲除（KO）HCC細(xì)胞系（Huh-7和HCC-LM3），以研究METTL5在HCC中的潛在分子機(jī)制（圖2A）。然后，作者構(gòu)建了一個Hep-G2細(xì)胞模型，該模型通過慢病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)穩(wěn)定地過表達(dá)METTL5。進(jìn)行RNA-seq以篩選METTL5敲除后在HCC細(xì)胞系中差異表達(dá)的基因。差異表達(dá)mRNA的KEGG通路分析顯示糖酵解有相當(dāng)大的富集（圖2B）。對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行的GSEA顯示，METTL5大大增加了MYC信號通路和糖酵解信號通路。因此，對TCGA數(shù)據(jù)庫的GSEA分析顯示METTL5與MYC信號通路之間存在正相關(guān)。此外，作者采用基于高效液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜的非靶向代謝組學(xué)方法檢測代謝物。METTL5-KO細(xì)胞的代謝組與METTL5-WT細(xì)胞的代謝組有顯著差異。根據(jù)代謝組學(xué)分析，METTL5-KO在代謝方面產(chǎn)生了顯著的變化，包括更高水平的三羧酸（TCA）循環(huán)代謝物和更低的乳酸水平（圖2C）。隨后，作者在RNA-seq數(shù)據(jù)中檢測到與糖酵解相關(guān)的差異表達(dá)基因。HCC細(xì)胞中METTL5敲除顯著抑制糖酵解基因乳酸脫氫酶A（LDHA）、烯醇化酶1（ENO1）、磷酸丙糖異構(gòu)酶1（TPI1）、溶質(zhì)載體家族2成員1（SLC2A1）和丙酮酸激酶M2（PKM2）在mRNA和蛋白水平上的表達(dá)，而METTL5過表達(dá)則發(fā)揮相反作用（圖2D）。此外，對TCGA-LIHC數(shù)據(jù)庫和80對HCC組織的分析顯示，METTL5轉(zhuǎn)錄水平與糖酵解基因表達(dá)水平之間存在顯著的正相關(guān)。
圖2 METTL5增強(qiáng)了對HCC細(xì)胞的Warburg效應(yīng)。
隨后，作者測量了敲除METTL5后的葡萄糖攝取和乳酸產(chǎn)生，以系統(tǒng)地研究METTL5激活是否促進(jìn)HCC中的有氧糖酵解（Warburg效應(yīng)）。這種糖酵解表型被葡萄糖吸收和乳酸生成減少所抑制。正如預(yù)期的那樣，沉默METTL5顯著降低了葡萄糖攝取和乳酸生成。已經(jīng)觀察到酸性腫瘤微環(huán)境（較低的pH值）是由乳酸過量產(chǎn)生引起的，這促使腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移。因此，乳酸合成減少限制了酸性腫瘤微環(huán)境的形成，如培養(yǎng)基pH值增加所示。此外，糖酵解基因的下調(diào)抑制了腫瘤細(xì)胞中線粒體OXPHOS向糖酵解的轉(zhuǎn)化。增強(qiáng)的OXPHOS導(dǎo)致耗氧量增加。結(jié)果表明，敲除METTL5抑制了葡萄糖攝取和乳酸生成，增加了HCC細(xì)胞的pH值和耗氧量，而METTL5過表達(dá)則發(fā)揮了相反的作用（圖2E-H）。接下來，作者測量了HCC細(xì)胞中的ECAR。METTL5敲除顯著損害了HCC細(xì)胞系的糖酵解，而METTL5過表達(dá)則產(chǎn)生了相反的結(jié)果（圖2I）。作者監(jiān)測線粒體質(zhì)量以評估代謝反應(yīng)；METTL5敲除顯著增加HCC細(xì)胞中線粒體DNA（mtDNA）含量，而METTL5過表達(dá)則發(fā)揮相反作用（圖2J）。此外，MitoSceneTM系列綠色Ι和Mito Tracker TM系列紅染結(jié)果顯示，METTL5敲除增強(qiáng)了HCC細(xì)胞的線粒體功能，而METTL5過表達(dá)抑制了線粒體功能（圖2K）。據(jù)報道，活性氧-氮（RONS）的產(chǎn)生以及缺氧和酸性腫瘤微環(huán)境觸發(fā)線粒體功能障礙并通過Warburg效應(yīng)增強(qiáng)線粒體自噬。線粒體自噬是一種降解受損線粒體的巨自噬形式，是線粒體對各種應(yīng)激和代謝紊亂的適應(yīng)性反應(yīng)。作者進(jìn)一步探討了METTL5是否通過線粒體自噬調(diào)節(jié)mtDNA和線粒體功能。首先，作者分析了自噬體標(biāo)志物的蛋白水平，如P62、Parkin、微管相關(guān)蛋白1輕鏈3β-1（LC3B-I）和LC3B-II。P62是一種線粒體自噬接頭蛋白，其還原表明線粒體自噬。Western blotting結(jié)果顯示，METTL5敲除下調(diào)了Parkin和LC3B-II的表達(dá)，但上調(diào)了P62的表達(dá)（圖2L）。敲除METTL5后，TEM顯示自噬體和線粒體減少。根據(jù)這些發(fā)現(xiàn)，METTL5增加了糖酵解，同時降低了HCC細(xì)胞中的線粒體OXPHOS，這與Warburg效應(yīng)一致。
3. c-Myc在葡萄糖代謝的重編程中起著至關(guān)重要的作用
根據(jù)之前的一項研究，轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)節(jié)糖酵解代謝中起著至關(guān)重要的作用。作者假設(shè)METTL5通過誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)來促進(jìn)糖酵解基因的轉(zhuǎn)錄。作者使用UCSC和JASPAR數(shù)據(jù)庫來預(yù)測與糖酵解基因LDHA、ENO1、TPI1、SLC2A1和PKM2結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。c-Myc、缺氧誘導(dǎo)因子1亞基α（HIF-1α）和MYC相關(guān)鋅指蛋白（MAZ）可能是這些糖酵解基因的轉(zhuǎn)錄因子。結(jié)果表明，METTL5敲除降低了c-Myc蛋白的表達(dá)，但不影響c-Myc、HIF-1α或MAZmRNA的表達(dá)或HIF-1α和MAZ蛋白的表達(dá)，這與GSEA結(jié)果一致（圖3A）。因此，作者懷疑c-Myc可能是將METTL5與糖酵解聯(lián)系起來的鉸鏈。c-Myc過表達(dá)減弱了METTL5敲除介導(dǎo)的糖酵解基因下調(diào)（圖3B-C）、葡萄糖攝取和乳酸產(chǎn)生下調(diào)（圖3D-E）、pH值和耗氧量上調(diào)（圖3F-G）和ECAR的下調(diào)（圖3H）。此外，c-Myc過表達(dá)減弱了METTL5敲除介導(dǎo)的線粒體呼吸和質(zhì)量增加（圖3I-K系列）。這些結(jié)果支持了METTL5調(diào)節(jié)c-Myc表達(dá)以調(diào)節(jié)糖酵解活性的假設(shè)。
圖3 c-Myc在重編程葡萄糖代謝中起著至關(guān)重要的作用。
4. METTL5以m6A依賴性方式促進(jìn)泛素特異性肽酶5（USP5）翻譯
根據(jù)前期的結(jié)果，METTL5敲除顯著降低了c-Myc蛋白的表達(dá)。此外，多核糖體分離分析表明，在METTL5-KO細(xì)胞中，c-Myc的翻譯沒有顯著改變。根據(jù)先前的報道，多種泛素結(jié)合酶（泛素連接酶）和去泛素化酶通過蛋白酶體系統(tǒng)相互作用并調(diào)節(jié)c-Myc降解。作者使用翻譯抑制劑CHX評估了c-Myc蛋白的穩(wěn)定性，并證實METTL5延長了c-Myc蛋白的半衰期（圖4A）。用蛋白酶體抑制劑MG132進(jìn)行預(yù)處理可防止c-Myc穩(wěn)定性的提高（圖4B），表明METTL5敲除破壞了c-Myc的穩(wěn)定性，導(dǎo)致其被蛋白酶體降解。隨后的泛素化試驗表明，METTL5過表達(dá)降低了c-Myc的泛素化和降解（圖4C）。
作者進(jìn)行了co-IP和MS鑒定了與HCC中c-Myc相互作用的潛在蛋白質(zhì)，并研究了METTL5敲除如何促進(jìn)c-Myc泛素化和降解（圖4D）。作者無法鑒定出任何與c-Myc相互作用的METTL5肽。然而，有趣的是，作者發(fā)現(xiàn)含有7（FBW7）、F‐box蛋白32（FBXO32）、S期激酶相關(guān)蛋白2（SKP2）、USP7、USP37、USP28、USP36和含有32的三聯(lián)基序（TRIM32）的USP5、F-box和WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域與c-Myc強(qiáng)烈相互作用。此外，METTL5敲除降低了USP5蛋白的表達(dá)，但沒有顯著改變其他去泛素化和泛素化相關(guān)蛋白的表達(dá)和翻譯水平（圖4E）。
METTL5通過甲基化18S rRNA來調(diào)節(jié)核糖體功能，METTL5-KO細(xì)胞的蛋白質(zhì)比親本對照細(xì)胞少約30%。作者使用METTL5-WT和METTL5-KO細(xì)胞的提取物進(jìn)行多核糖體分離分析，以確定METTL5是否對USP5翻譯有影響。結(jié)果表明，METTL5敲除對GAPDH mRNA譜沒有影響，而USP5 mRNA從較重的多核糖體組分轉(zhuǎn)移到較輕的組分（圖4F）。這一結(jié)果表明，METTL5敲除抑制了USP5 mRNA的翻譯。因此，作者研究了USP5翻譯活性是否依賴于METTL5甲基化酶活性。敲除METTL5后，總RNA的m6A水平顯著降低，如斑點印跡所示（圖4G）。分離rRNA和mRNA后，LC/MS顯示METTL5敲除顯著降低了18S rRNA的m6A水平，但對mRNA的m6A水平?jīng)]有影響（圖4H）。此外，METTL5-KO細(xì)胞和METTL5-WT細(xì)胞之間c-Myc的m6A甲基化水平?jīng)]有差異。然后，作者構(gòu)建了一個沒有酶活性的METTL5突變體。有趣的是，血凝素（HA）-METTL5-WT的過表達(dá)減弱了METTL5敲除對USP5的影響，但HA-METTL5-Mut的過表達(dá)并不能挽救USP5蛋白的表達(dá)（圖4I）。因此，USP5的翻譯直接依賴于METTL5 18S rRNA甲基轉(zhuǎn)移酶活性。據(jù)報道，METTL3-METTL14復(fù)合物是一種眾所周知的mRNA m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物，在體外也介導(dǎo)DNA m6A甲基化（m6DA）。然而，沒有報告表明METTL5是否參與DNA甲基化。在METTL5-WT和METTL5-KO細(xì)胞中，作者檢測到基因組DNA的m6DA區(qū)域的修飾。作者無法檢測到METTL5敲除后的m6DA變化。使用雙熒光素酶報告基因測定，作者隨后確定METTL5對USP5啟動子活性沒有影響。結(jié)果表明，METTL5是一種純RNA甲基化酶，對DNA甲基化沒有調(diào)控作用。
圖4 METTL5以m6A依賴性方式促進(jìn)USP5翻譯。
5. METTL5介導(dǎo)的c-Myc穩(wěn)定需要USP5依賴性去泛素化
作者假設(shè)METTL5通過USP5穩(wěn)定c-Myc。USP5是一種去泛素化酶，對蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性和功能至關(guān)重要。去泛素化酶USP5的底物介導(dǎo)基本的生物學(xué)功能，包括細(xì)胞存活、增殖和死亡。然而，沒有報道描述USP5如何去泛素化c-Myc。USP5敲低顯著降低了HCC細(xì)胞系中的c-Myc蛋白水平。然后，作者研究了USP5是否通過去泛素化來穩(wěn)定c-Myc。免疫熒光共定位和核質(zhì)分離表明，c-Myc定位于核質(zhì)中，USP5存在于細(xì)胞質(zhì)和核質(zhì)中（圖5A‐B），表明c-Myc和USP5主要共定位在細(xì)胞核中。隨后，使用內(nèi)源性和外源性Co-IP測定顯示了USP5和c-Myc之間的相互作用（圖5C-D）。谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶（GST）下拉試驗進(jìn)一步證實，從細(xì)菌中純化的GST-c-Myc（而非GST）下拉重組His-USP5（圖5E）。重要的是，USP5過表達(dá)顯著提高了c-Myc蛋白的穩(wěn)定性，同時降低了c-Myc泛素化（圖5F-G）。蛋白酶體抑制劑MG132預(yù)處理抑制了c-Myc水平的增加。USP5是一種～120kDa蛋白，具有五個不同的結(jié)構(gòu)域：兩個ZnF結(jié)構(gòu)域（1-168;169-289）、一個C盒結(jié)構(gòu)域（290-624）、一個UBA1/UBA2結(jié)構(gòu)域（625-749）和一個H盒結(jié)構(gòu)域（750-835）。為了研究USP5的哪個結(jié)構(gòu)域與c-Myc相互作用，將293T細(xì)胞與Flag-USP5和HA-c-Myc的不同結(jié)構(gòu)域共轉(zhuǎn)染，作者的結(jié)果表明只有U3和U4直接與c-Myc蛋白結(jié)合（圖5H）。此外，USP5在K48鍵處抑制c-Myc多泛素化，但在其他鍵處不抑制c-Myc多泛素化（圖5I）。當(dāng)K48泛素化位點（K48R）發(fā)生突變時，USP5介導(dǎo)的c-Myc泛素化被消除（圖5J）。這些結(jié)果表明，USP5特異性結(jié)合c-Myc并保護(hù)c-Myc免受多泛素化介導(dǎo)的降解。最后，在METTL5敲除存在下，USP5的過表達(dá)消除了METTL5對c-Myc的影響。這些數(shù)據(jù)表明，METTL5介導(dǎo)的c-Myc穩(wěn)定需要USP5依賴性去泛素化。此外，作者使用免疫組化和蛋白質(zhì)印跡法測定了HCC組織樣本中METTL5、c-Myc和USP5蛋白的含量。根據(jù)相關(guān)性研究，METTL5蛋白水平與USP5和c-Myc蛋白水平呈正相關(guān)。與附近的正常肝組織相比，METTL5、USP5和c-Myc在HCC組織中表達(dá)強(qiáng)烈。最后，對TCGA-LIHC數(shù)據(jù)庫和20對HCC組織的分析表明，USP5和c-Myc轉(zhuǎn)錄水平與糖酵解基因表達(dá)水平呈正相關(guān)。
圖5 USP5是c-Myc的去泛素化酶。
6. METTL5促進(jìn)HCC生長和轉(zhuǎn)移
接下來，作者研究了METTL5敲低和過表達(dá)對HCC細(xì)胞增殖和遷移的影響，以進(jìn)一步探討METTL5在HCC中的功能。CCK-8、EdU和集落形成試驗顯示，METTL5敲除顯著降低細(xì)胞增殖，METTL5過表達(dá)增加增殖（圖6A-C）。Transwell和劃痕愈合試驗顯示，METTL5敲除抑制細(xì)胞侵襲和遷移，METTL5過表達(dá)增加侵襲和遷移（圖6D-E）。癌細(xì)胞必須經(jīng)歷上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT）才能開始轉(zhuǎn)移。因此，作者研究了METTL5是否對HCC細(xì)胞中的EMT有影響。qRT-PCR和Westernblotting結(jié)果顯示，敲除METTL5下調(diào)間充質(zhì)標(biāo)志物（N-鈣粘蛋白、纖連蛋白和波形蛋白）的表達(dá)，但上調(diào)E-鈣粘蛋白的表達(dá)。相反，其過表達(dá)顯示出相反的效果。這些結(jié)果表明METTL5促進(jìn)了EMT。此外，METTL5缺失大大提高了細(xì)胞凋亡率，但對細(xì)胞周期沒有影響（圖6F）。構(gòu)建HCC皮下異種移植模型、原位HCC小鼠模型、尾靜脈注射肺轉(zhuǎn)移模型和腹部轉(zhuǎn)移模型，進(jìn)一步研究METTL5在體內(nèi)的作用。METTL5-KO組腫瘤生長和體重均顯著低于METTL5-WT組（圖6G網(wǎng)絡(luò)）。免疫組化分析顯示，METTL5-KO組Ki-67和糖酵解基因表達(dá)低于METTL5-WT組（圖6H）。TUNEL標(biāo)記顯示，METTL5-KO組的細(xì)胞凋亡率明顯高于METTL5-WT組（圖6I）。在原位HCC小鼠模型中，METTL5-KO組的腫瘤生長明顯慢，糖酵解基因表達(dá)比METTL5-WT組低得多（圖6J）。肺轉(zhuǎn)移腫瘤模型和腹部腫瘤轉(zhuǎn)移模型顯示，敲除METTL5顯著降低了轉(zhuǎn)移灶的平均生物發(fā)光強(qiáng)度和轉(zhuǎn)移性結(jié)節(jié)數(shù)量（圖6K-L）。基于這些結(jié)果，METTL5在體外和體內(nèi)促進(jìn)了HCC細(xì)胞的增殖和侵襲。
圖6 METTL5促進(jìn)HCC生長和轉(zhuǎn)移。
7. METTL5的腫瘤促進(jìn)功能取決于c-Myc介導(dǎo)的葡萄糖代謝重編程
由于葡萄糖代謝異常與HCC的進(jìn)展有關(guān)，作者試圖進(jìn)一步確定c-Myc是否是METTL5介導(dǎo)的HCC進(jìn)展的下游效應(yīng)子。作者在METTL5-KO細(xì)胞系中過表達(dá)c-Myc來驗證這一假設(shè)。一系列表型測試表明，在沒有METTL5的情況下，c-Myc過表達(dá)降低了對Huh-7和HCC-LM3細(xì)胞增殖和侵襲的抑制（圖7A-E）。作者進(jìn)一步驗證了c-Myc在裸鼠METTL5介導(dǎo)的HCC進(jìn)展中的作用，發(fā)現(xiàn)METTL5敲除的作用確實被c-Myc過表達(dá)逆轉(zhuǎn)（圖7F-I）。這些結(jié)果表明，c-Myc對METTL5介導(dǎo)的HCC的體外發(fā)生和轉(zhuǎn)移具有重要意義。
最后，作者在METTL5-KO細(xì)胞系中過表達(dá)USP5，以確定USP5的關(guān)鍵作用。一系列表型實驗表明，在沒有METTL5的情況下，USP5過表達(dá)減弱了對Huh-7和HCC-LM3細(xì)胞增殖和侵襲的抑制作用。此外，作者在體內(nèi)驗證了USP5參與METTL5介導(dǎo)的HCC進(jìn)展，發(fā)現(xiàn)USP5過表達(dá)逆轉(zhuǎn)了METTL5敲低對c-Myc表達(dá)和增殖的抑制作用（圖7J-K）。這些數(shù)據(jù)表明，USP5對METTL5介導(dǎo)的HCC癌癥促進(jìn)功能至關(guān)重要。
圖7 METTL5的腫瘤促進(jìn)功能取決于c-Myc。
8. cAMP反應(yīng)性元件結(jié)合蛋白1（CREB1）/P300促進(jìn)METTL5轉(zhuǎn)錄
使用GeneCards、UCSC和JASPAR數(shù)據(jù)庫進(jìn)行計算機(jī)模擬研究，以確定與HCC中METTL5上調(diào)相關(guān)的潛在上游轉(zhuǎn)錄因子。CREB1、E74樣ETS轉(zhuǎn)錄因子1（ELF1）和CCAAT增強(qiáng)子結(jié)合蛋白β（CEBPB）是METTL5的主要轉(zhuǎn)錄因子，由于CREB1敲低降低了METTL5mRNA和蛋白表達(dá)，因此選擇CREB1進(jìn)行進(jìn)一步研究（圖8A-B），但ELF1或CEBPB敲低沒有。CREB1轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合基序是從JASPAR獲得的（圖8C）。作者生成了一系列截短的METTL5啟動子-熒光素酶構(gòu)建體，以闡明CREB1介導(dǎo)的METTL5轉(zhuǎn)錄。熒光素酶報告基因檢測結(jié)果顯示，METTL5基因中堿基對1400至2100的啟動子區(qū)域包含一個CREB1反應(yīng)位點（圖8C）。因此，作者通過在堿基1554和1565之間順序突變預(yù)測的METTL5啟動子序列來構(gòu)建METTL5-WT和METTL5-Mut啟動子熒光素酶報告載體。CREB1過表達(dá)增加了METTL5-WT載體的相對熒光素酶活性，但對METTL5-MUT載體的熒光素酶活性影響最小（圖8D）。此外，ChIP研究表明METTL5啟動子區(qū)域與CREB1相互作用（圖8E）。如這些結(jié)果所示，CREB1通過與METTL5啟動子區(qū)域結(jié)合來增強(qiáng)HCC中METTL5的表達(dá)。
此外，作者還研究了CREB1在HCC有氧糖酵解中的關(guān)鍵調(diào)控作用。對TCGA-LIHC數(shù)據(jù)庫的分析顯示，CREB1轉(zhuǎn)錄水平在HCC中顯著上調(diào)（補(bǔ)充圖S19A）。qRT-PCR和Westernblotting分析驗證了HCC組織中CREB1mRNA和蛋白水平的上調(diào)。此外，TCGA-LIHC數(shù)據(jù)庫的研究表明，CREB1轉(zhuǎn)錄水平與糖酵解基因表達(dá)水平呈正相關(guān)。HCC細(xì)胞中CREB1敲除在mRNA和蛋白質(zhì)水平上顯著抑制糖酵解基因LDHA，ENO1，TPI1，SLC2A1和PKM2的表達(dá)。TCGA數(shù)據(jù)庫結(jié)果與中南醫(yī)院80對HCC組織的相關(guān)性分析顯示，METTL5表達(dá)與CREB1表達(dá)呈正相關(guān)。
據(jù)報道，E1A結(jié)合蛋白p300（p300）作為CREB1轉(zhuǎn)錄因子的共激活因子發(fā)揮作用，并直接與CREB1相互作用以增強(qiáng)其活性[30].熒光素酶報告基因試驗表明，p300可能獨(dú)立工作以刺激METTL5啟動子上的METTL5轉(zhuǎn)錄和CREB1活性（圖8H）。值得注意的是，當(dāng)CREB1和p300共表達(dá)時，與單獨(dú)使用基礎(chǔ)啟動子相比，METTL5轉(zhuǎn)錄提高了30倍。這個量明顯超過累加量，這意味著CREB1和P300具有功能協(xié)同作用。由于METTL5啟動子結(jié)合位點的突變，這種效應(yīng)消失了。此外，ChIP分析結(jié)果顯示p300不能與METTL5啟動子區(qū)域結(jié)合?？偟膩碚f，這些結(jié)果表明p300在METTL5啟動子上作為CREB1共激活因子發(fā)揮作用。
圖8 CREB1促進(jìn)METTL5轉(zhuǎn)錄。
9.METTL5敲除抑制PDX模型中的肝腫瘤生長
由于PDX與患者的實際臨床標(biāo)本驚人相似，PDX正迅速成為臨床藥物研究的黃金標(biāo)準(zhǔn)。將從第二代PDX模型中解剖的肝癌組織植入NCG小鼠體內(nèi)，以評估METTL5敲除是否對PDX模型產(chǎn)生類似的影響（圖9A-B）。腺病毒介導(dǎo)的敲除METTL5具有良好的抗腫瘤作用（圖9C-D）。通過蛋白質(zhì)印跡法證實了METTL5敲除效率（圖9E）。
圖9 METTL5-KO在HCCPDX模型中的顯著抗腫瘤作用。
在治療期間，所有小鼠的體重保持相似（圖9F）。AAV-METTL5-KO組Ki-67表達(dá)較低，細(xì)胞凋亡率較高（圖9G）。METTL5敲除顯著延長了生存時間（圖9H）。當(dāng)結(jié)合其他結(jié)果時，PDX模型中METTL5敲除的顯著腫瘤抑制作用為METTL5敲除在臨床開發(fā)中的巨大潛力提供了強(qiáng)有力的證據(jù)。根據(jù)集體數(shù)據(jù)，作者得出結(jié)論，METTL5被CREB1/P300激活，通過促進(jìn)USP5翻譯減少c-Myc泛素化，從而導(dǎo)致HCC惡性進(jìn)展（圖9I）。
結(jié)語
作者的研究結(jié)果為METTL5過表達(dá)對HCC的細(xì)胞內(nèi)在影響提供了新的視角，這意味著，除了在RNA甲基化中眾所周知的作用外，METTL5還通過許多促癌USP5-c-Myc信號級聯(lián)調(diào)節(jié)HCC細(xì)胞的增殖和遷移。作者的研究結(jié)果為腫瘤代謝相關(guān)靶點提供了新的見解，并為未來開發(fā)新的HCC治療方法提供了思路。
實驗方法
細(xì)胞培養(yǎng)，免疫熒光，免疫組化染色，蛋白質(zhì)印跡分析，免疫共沉淀（co-IP），泛素化分析，質(zhì)粒、siRNA、慢病毒構(gòu)建和細(xì)胞轉(zhuǎn)染，蛋白表達(dá)和純化，CCK-8測定，菌落形成測定，劃痕傷口愈合運(yùn)動試驗，transwell侵襲試驗，細(xì)胞凋亡和細(xì)胞周期分析，TUNEL染色，小鼠和體內(nèi)實驗，RNA測序（RNA-seq），線粒體形態(tài)分析，細(xì)胞外酸化率（ECAR）測量，非靶向代謝組學(xué)，液相色譜-質(zhì)譜（LC/MS），雙熒光素酶測定，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）測定，多核糖體分析，透射電子顯微鏡（TEM）
參考文獻(xiàn)
Xia P, Zhang H, Lu H, Xu K, Jiang X, Jiang Y, Gongye X, Chen Z, Liu J, Chen X, Ma W, Zhang Z, Yuan Y, METTL5 stabilizes c-Myc by facilitating USP5 translation to reprogram glucose metabolism and promote hepatocellular carcinoma progression. Cancer Commun (Lond). 2023; 43(3): 338-364.