Lnc2Cancer 3.0：基于RNA-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的腫瘤lncRNA/circRNA數(shù)據(jù)庫

       癌癥是一個重大的公共衛(wèi)生問題，也是全球發(fā)病率和死亡率的主要原因。在過去的幾十年中，人們發(fā)現(xiàn)了RNA分子的新細胞作用。已經確定，癌癥病理學中基因表達的動態(tài)非常復雜。長鏈非編碼 RNA（lncRNA） 作為癌癥生物標志物，用于早期篩查、診斷、預后和治療反應分析，越來越受到關注。環(huán)狀 RNA （circRNA）是非編碼癌癥基因組的一個新成員，具有獨特的特性和多種細胞功能。

       人們對人類lncRNA和circRNA的興趣日益濃厚，以及高通量和單細胞技術的出現(xiàn)，導致癌癥相關lncRNA和circRNA的數(shù)量迅速增加。值得注意的是，癌癥相關的lncRNA和circRNAs可根據(jù)其調控機制、生物學功能或臨床應用分為不同的組。lncRNA 和 circRNA 在涉及增強子、遺傳變異、microRNA （miRNA） 相互作用、轉錄因子（TF）和甲基化修飾的癌癥相關調控機制中的作用也得到了廣泛研究。此外，癌癥相關lncRNA和circRNA的新型生物學功能已經出現(xiàn)。近年來，越來越多的證據(jù)表明，lncRNA 和 circRNA 在細胞生長、細胞凋亡、自噬、上皮間充質轉化（EMT）、免疫和編碼能力中發(fā)揮重要作用。此外，有人提出 lncRNA 和 circRNA 可以作為外泌體循環(huán)、耐藥性、癌癥預后、轉移和復發(fā)的非侵入性生物標志物。

       高通量RNA測序（RNA-seq）已成為轉錄組學分析的有力方法。它被廣泛用于研究 lncRNA 的功能和生物學模式、尋找候選藥物靶標以及識別癌癥分類和診斷的生物標志物。在單細胞水平上涉及組織解離和高通量測序的技術的最新進展使單細胞 RNA 測序 （scRNA-seq） 數(shù)據(jù)集的生成成為可能，這些數(shù)據(jù)集已越來越多地被存放到公共領域。大量的scRNA-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)為數(shù)據(jù)挖掘和更深入地理解lncRNA功能創(chuàng)造了新的機會。開發(fā)快速且可定制的lncRNA分析和可視化方法是癌癥研究的一個關鍵問題。方便高效的網(wǎng)絡工具可以填補癌癥相關lncRNA數(shù)據(jù)與向最終用戶提供綜合信息之間的空白，從而利用當前的lncRNA數(shù)據(jù)資源來研究人類癌癥。Lnc2Cancer 3.0（http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer）整合了lncRNA、circRNA 和癌癥之間關系的重要資源。

       Lnc2Cancer 3.0鑒定出15 878個lncRNA、33種癌癥類型、9664個腫瘤和711個正常對照樣本。

       建立了RNA-seq工具的九種功能：（i）通用功能允許用戶在涉及癌癥相關lncRNA的低通量和高通量實驗之間構建串擾。它提供了有關亞細胞定位、功能、基因本體注釋、癌癥和正常組織中的平均表達以及各種癌癥中特定 lncRNA 的箱線圖的一般信息;（ii） DEA 功能使用戶能夠利用各種自定義統(tǒng)計方法和特定癌癥閾值獲得差異 lncRNA 表達分析和熱圖;（iii） 箱線圖功能生成帶有自定義顏色的箱形圖，用于比較癌癥和正常樣本中特定 lncRNA 的表達;（iv） 階段圖功能根據(jù)主要和詳細的病理階段生成特定 lncRNA 的表達小提琴圖;（v） 生存功能根據(jù)特定 lncRNA 的中位數(shù)和分位數(shù)表達值進行總生存期 （OS） 或無病生存期 （DFS） 分析;（vi） 相似功能使用輸入的 lncRNA 和選定的癌癥類型識別具有相似表達模式的 lncRNA 列表;（vii） 相關功能提供基于自定義方法（包括 Pearson、Spearman 和 Kendall）的兩種癌癥相關 lncRNA 的 lncRNA 表達相關性分析;（viii） 網(wǎng)絡功能提供有關 miRNA-lncRNA 和 mRNA-lncRNA 共表達網(wǎng)絡的信息;（ix） TF 基序功能預測特定 lncRNA 的 TF 基序，并提供 TF 基序序列 LOGO 圖。