單個細(xì)胞在多細(xì)胞組織中的身份和功能是由血統(tǒng)決定和活動依賴的轉(zhuǎn)錄因子之間的相互作用確定的,其機(jī)制尚不完全清楚。通過構(gòu)建人胰島內(nèi)染色質(zhì)狀態(tài)的單細(xì)胞圖譜,作者發(fā)現(xiàn)由血統(tǒng)決定因子胰十二指腸家族盒基因1(PDX1)的高或低活性所主導(dǎo)的β細(xì)胞亞型。PDX1活性降低的β細(xì)胞在潛在的核因子kB(NF-kB)增強(qiáng)子上顯示出增加的染色質(zhì)可及性。Pdx1低活性小鼠在夜間展現(xiàn)了NF-kB的解抑制和葡萄糖耐受力受損。與染色質(zhì)免疫沉淀測序(ChIP-seq)一起進(jìn)行的三維分析揭示了PDX1通過涉及SIN3A的長程染色質(zhì)接觸在晝夜和炎癥增強(qiáng)子上沉默NF-kB。相反,在β細(xì)胞中Bmal1基因敲除破壞了全基因組范圍內(nèi)的PDX1和NF-kB DNA結(jié)合。最后,拮抗NF-kB的白細(xì)胞介素-1β(IL-1β)受體,改善了Pdx1低活性胰島的胰島素分泌。作者的研究揭示了由PDX1活性梯度定義的單個β細(xì)胞的功能亞型,并確定NF-kB是胰島素促分泌療法的靶點(diǎn)。
該研究于2024年1月發(fā)表在《Cell Metab》,IF:29.0。
圖形摘要:
技術(shù)路線:
結(jié)果:
1、單細(xì)胞染色質(zhì)可及性測序識別了人胰島中不同β細(xì)胞群體內(nèi)PDX1和潛在NF-kB增強(qiáng)子的特征
為了闡明血統(tǒng)和活動依賴性轉(zhuǎn)錄因子之間的組合相互作用如何決定 β 細(xì)胞的異質(zhì)性和功能,作者使用單核酸可及性測序(snATAC-seq)在從集成胰島分發(fā)計劃(IIDP)獲得的人類尸體胰島中進(jìn)行了染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的分析(圖1A)。作者在20,519個單個胰島細(xì)胞中鑒定了334,116個可及性 CREs,并使用統(tǒng)一流形逼近和投影(UMAP)降維方法將它們分成19個不同的簇。這19個簇包括規(guī)范內(nèi)分泌細(xì)胞類型,其中有四個α 細(xì)胞簇(a1–4)、三個β 細(xì)胞簇(b1–3)和一個δ 細(xì)胞簇(圖1B),分別以染近編碼葡萄糖素(GCG)、胰島素/胰島素樣生長因子2(INS/ IGF2)和生長抑素(SST)的基因附近的染色質(zhì)可及性為特征(圖1C)。通過在規(guī)范細(xì)胞標(biāo)記的可及性確定的其他胰島相關(guān)細(xì)胞亞群包括星狀細(xì)胞(PDGFRB)、神經(jīng)嵴細(xì)胞(SOX10)、淋巴和髓系免疫細(xì)胞(CCL4)、內(nèi)皮細(xì)胞(PECAM1)、導(dǎo)管細(xì)胞(KRT19)和腺泡細(xì)胞(REG1A)(圖1B和圖1C)。
snATAC-seq相較于單細(xì)胞mRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的一個關(guān)鍵優(yōu)勢在于其能夠檢測轉(zhuǎn)錄因子在基因啟動子和遠(yuǎn)端增強(qiáng)子上的調(diào)控活性。為了檢查是否差異基因調(diào)控潛在地支持了β細(xì)胞的異質(zhì)性,作者首先比較了b1和b2 β細(xì)胞亞簇之間的基因活性分?jǐn)?shù)。這兩個亞簇分別占總β細(xì)胞數(shù)量的47.2%和45.1%。作者發(fā)現(xiàn)了600個具有顯著變異(p < 0.05)的基因,其中包括β細(xì)胞定義基因,如INS(6.45e-87)、MAFA(2.25e-50)和GLP1R(2.37e-36),以及炎癥基因,如PTGER3(1.471551e-05)、IL2(5.968259e-15)和LPAR1(8.646495e-15)。使用snATAC-seq基因活性分?jǐn)?shù)作為Seurat中的聚類傳遞錨點(diǎn),對來自12個非糖尿病人類胰島的單細(xì)胞RNA測序(GEO: GSE114297)進(jìn)行分析,揭示了β1和β2亞群之間的RNA表達(dá)的log2-fold變化與染色質(zhì)基因活性分?jǐn)?shù)之間存在顯著相關(guān)性。這些數(shù)據(jù)揭示了跨細(xì)胞類型的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄豐度和染色質(zhì)可及性之間的對應(yīng)關(guān)系。
為了闡明影響β細(xì)胞異質(zhì)性的表觀遺傳機(jī)制,作者使用chromVAR識別β1與β2亞群之間的差異TF活性,以測量與TF相關(guān)的染色質(zhì)可及性。比較β1和β2細(xì)胞簇之間的motif Z 分?jǐn)?shù),發(fā)現(xiàn)在幾個β細(xì)胞LDTF(Lineage-Determining Transcription Factor)的motif上存在差異可及性,這與靠近INS基因的可及性增加相對應(yīng)(圖1D)。在已知的LDTF中,PDX1,胰腺發(fā)育的主要調(diào)控因子之一,是差異富集motif中最顯著的之一,同時也是成熟β細(xì)胞中表達(dá)最高的TF之一(圖1D、圖1E)。作者進(jìn)一步發(fā)現(xiàn),在β1和β2細(xì)胞之間的差異可及性位點(diǎn)中,有58%的位點(diǎn)包含PDX1的motif,而在背景峰值集合中只有40%。因此,作者將這些β1和β2亞群分別稱為PDX1高和PDX1低細(xì)胞。在PDX1高細(xì)胞中富集的其他TF包括已知在成熟β細(xì)胞發(fā)育中所需的NEUROD1、NKX6.1和bHLH胰腺轉(zhuǎn)錄因子1A(PTF1A),以及其他bHLH TF,其DNA結(jié)合motif包含分子時鐘的靶標(biāo)經(jīng)典E-box motif(圖1E)。相反,具有在INS位點(diǎn)低可及性的β2細(xì)胞亞簇在可及性上高度富集了可及性NF-kB1、kruppel樣因子KLF14、JUNB和干擾素調(diào)節(jié)因子6(IRF6)的TF motif(padj < 0.001)(圖1E),這些TF在應(yīng)激、免疫應(yīng)答、細(xì)胞增殖和存活期間調(diào)控炎癥基因的信號誘導(dǎo)表達(dá)??偟膩碚f,作者對染色質(zhì)活性的單細(xì)胞測序揭示了人類胰島內(nèi)胰島素產(chǎn)生細(xì)胞的雙峰分布,其中一個是INS豐富簇,具有高PDX1活性,另一個是INS低簇,具有低PDX1活性,但具有NF-kB TF活性的顯著富集。
作者的數(shù)據(jù)表明, PDX1和時鐘調(diào)控元素在INS豐富簇中共存,支持了PDX1和節(jié)律基因表達(dá)可能在β細(xì)胞功能中發(fā)揮作用的可能性。為了檢查β細(xì)胞身份的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子是否以晝夜節(jié)律方式調(diào)控,作者通過在人類胰島中進(jìn)行ATAC-seq來評估染色質(zhì)的24小時節(jié)律開放,首先使用1小時的 forskolin 脈沖同步其分子時鐘。在forskolin給藥后的24小時內(nèi),每4小時進(jìn)行一次基因組分析,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過 forskolin 對染色質(zhì)作用的約1小時半衰期(圖1A)。作者在24小時時間序列內(nèi)生成了每個捐贈者的Z分?jǐn)?shù),使用標(biāo)準(zhǔn)化的ATAC-seq計數(shù),并使用經(jīng)驗(yàn)Jonckheere-Terpstra-Kendall算法(eJTK_CYCLE)鑒定了全基因組的3,125個統(tǒng)計學(xué)上有節(jié)律的ATAC-seq峰值(圖1F)。這些有節(jié)律的位點(diǎn)位于與胰島細(xì)胞身份(SIX3、PDX1和GCG)、晝夜表達(dá)(PER2和NPAS2)以及炎癥(ETS2和TNFRSF21)有關(guān)的基因的增強(qiáng)子附近。在有節(jié)律的ATAC-seq峰值處進(jìn)行的TF motif富集分析表明,在TFs方面存在顯著的富集(例如,PDX1、NEUROD1和PTF1A)(padj < 0.05)(圖1F),這些TFs也在PDX1高細(xì)胞中富集(圖1E)??傮w而言,這些研究表明,PDX1和其他TF在一天中的有節(jié)奏共同激活染色質(zhì)可能有助于β細(xì)胞的功能。
2、PDX1通過抑制NF-kB增強(qiáng)子來調(diào)控β細(xì)胞功能
轉(zhuǎn)錄因子之間的相互作用在基因組的非編碼調(diào)控區(qū)域內(nèi)推動內(nèi)分泌胰腺的身份和功能?;谠谡宫F(xiàn)差異NF-kB和時鐘活動模式的不同細(xì)胞群中發(fā)現(xiàn)PDX1活性特征的發(fā)現(xiàn),作者試圖通過對具有PDX1基因遺傳缺陷的小鼠胰島進(jìn)行snATAC-seq分析(圖2A)來剖析PDX1在控制炎癥和晝夜基因網(wǎng)絡(luò)中的功能。由于Pdx1基因敲除導(dǎo)致胚胎致死,作者利用攜帶Pdx1關(guān)鍵調(diào)控增強(qiáng)子(區(qū)域IV)內(nèi)突變的第二等位基因(突變體Pdx1?AIV/-)的雜合小鼠,其與對照的Pdx1+/-小鼠相比,發(fā)育后期表現(xiàn)出低胰島素血癥、葡萄糖耐量受損和減少的β細(xì)胞增殖(圖2A)。使用從Pdx1?AIV/-和對照Pdx1+/-小鼠在斷奶后(10–18周齡)收集的核酸單體數(shù)據(jù),作者鑒定了來自9,480個單個胰島細(xì)胞的187,343個可及性CREs,并將其分為15個獨(dú)特的胰島細(xì)胞亞群,其中包括三個β細(xì)胞亞群(圖2B)。這三個小鼠β細(xì)胞亞群的PDX1活性變化與作者在人類尸體胰島中的觀察相似(圖1B–1E)。比較Pdx1?AIV/-突變體和Pdx1+/-基因型的所有三個β細(xì)胞亞群中染色質(zhì)可及性的集合,揭示了在1,373個唯一基因上的1,902個染色質(zhì)峰值的顯著改變。Pdx1區(qū)域IV增強(qiáng)子區(qū)域是最顯著的下調(diào)非編碼CRE,與該增強(qiáng)子的半合子性一致,其次是Ins1啟動子(圖2C)。來自匯總的β細(xì)胞亞群的motif分析顯示,在促進(jìn)β細(xì)胞功能的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)上,Pdx1?AIV/-突變小鼠中的染色質(zhì)可及性減少,包括NEUROD1、NEUROG2、PTF1A和bHLH因子(圖2D),這提供了遺傳證據(jù),支持作者在人類胰島中的發(fā)現(xiàn),即PDX1高亞群與與β細(xì)胞和晝夜功能相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)(圖1E和圖1F)。相反,在Pdx1缺陷突變體中染色質(zhì)可及性增加的位點(diǎn)含有與促炎信號有關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),包括NF-kB1、NF-kB2和RELA(圖2D)。在Pdx1?AIV/-缺陷突變體中檢測到染色質(zhì)景觀的改變,其中促炎增加,胰島素分泌網(wǎng)絡(luò)減少,類似于作者在富含或貧乏PDX1和NF-kB的人類胰島中觀察到的唯一增強(qiáng)子簽名(圖1E和圖1F)。基因本體路徑分析進(jìn)一步指示了PDX1在誘導(dǎo)β細(xì)胞中糖應(yīng)答性胰島素分泌的基因以及同時抑制促炎調(diào)控元件方面的作用(圖2E)。
3、晝夜節(jié)律分析揭示了PDX1對NF-kB增強(qiáng)子活性的節(jié)律調(diào)控
觀察到來自Pdx1缺陷動物的胰島在與晝夜節(jié)律轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的增強(qiáng)子內(nèi)顯示致密染色質(zhì)的現(xiàn)象(圖2E),促使作者檢查Pdx1缺陷對β細(xì)胞增強(qiáng)子的時間調(diào)控的影響。為了檢查Pdx1?AIV/-突變體和Pdx1+/-對照小鼠胰島在內(nèi)在晝夜周期的兩個不同階段的染色質(zhì)可及性,作者將胰島暴露于1小時的 forskolin 脈沖,并在節(jié)奏性胰島素分泌的最低點(diǎn)和最高點(diǎn)收集胰島(圖3A)。作者按照適用于低輸入樣本的Omni-ATAC-seq協(xié)議進(jìn)行ATAC-seq,并在所有混合樣本中鑒定了132,195個唯一的可及性位點(diǎn)(圖3A)。似然比檢驗(yàn)(LRTs)使用DESeq2中的規(guī)范化ATAC-seq計數(shù)數(shù)據(jù),以確定在與晝夜時間或Pdx1基因型相關(guān)方面,有1,207個顯著改變的CREs(圖3B和圖3C)。使用這些數(shù)據(jù)在這些位點(diǎn)的規(guī)范化ATAC-seq計數(shù)進(jìn)行的無偏主成分分析顯示了與基因型和晝夜時間相關(guān)的染色質(zhì)開放的不同模式。
為了在這些數(shù)據(jù)中識別這些數(shù)據(jù)之間的染色質(zhì)可及性調(diào)控模式,作者進(jìn)行了k均值聚類,并識別出依賴于晝夜時間和/或基因型的三個不同基因簇。group 1位點(diǎn)在Pdx1缺陷的胰島中在兩個時間點(diǎn)上的可及性減少,但在對照的胰島中在CT48時更為顯著地開放,而group 2位點(diǎn)在CT36時具有特異性的可及性增加,并且在Pdx1缺陷的胰島中更為可及性增加(圖3B和圖3C)。group 3位點(diǎn)僅受晝夜時間的調(diào)控,而不受基因型的調(diào)控。與時鐘和PDX1在促進(jìn)胰島素分泌方面的協(xié)同作用有關(guān),group 1位點(diǎn)富集有PDX1、MAFA和NKX6.1結(jié)合位點(diǎn),包括促進(jìn)Ins1和Mafa表達(dá)的經(jīng)典PDX1 CREs(padj < 0.001)(圖3B和圖3C)。相反,在group 2峰集內(nèi)富集在Pdx1缺陷細(xì)胞中發(fā)生的ATAC-seq峰,出現(xiàn)在與炎癥介質(zhì)Tnfrsf11b、Nfkbiz、Il-1b以及E26轉(zhuǎn)換特異性(ETS)因子Etv1和Ets2相關(guān)的位點(diǎn)(圖3B–3D),并在NF-kB、RELA以及即刻早期復(fù)合物FOS::JUNB的結(jié)合位點(diǎn)中富集(圖3C)。這些發(fā)現(xiàn)表明,Pdx1的喪失導(dǎo)致炎癥和應(yīng)激反應(yīng)基因的去抑制和節(jié)奏性重編程。在Pdx1缺陷的胰島中,編碼α-細(xì)胞富集的腎上腺素受體ADRB1和ADRA1b的基因也表現(xiàn)出增加的晝夜變異性,表明PDX1正常通過可能涉及晝夜因素的機(jī)制抑制胰島α細(xì)胞轉(zhuǎn)錄(圖3B–3F)。值得注意的是,Pdx1?AIV/-突變體中的淋巴、巨噬細(xì)胞和外分泌細(xì)胞未顯示出差異的PDX1活性,表明group 2基因的增加染色質(zhì)可及性不能歸因于非β細(xì)胞類型的信號。最后,與group 1和group 2相反,group 3的染色質(zhì)可及性僅依賴于晝夜時間(圖3B、)。這些位點(diǎn)富集有D盒結(jié)合蛋白(DBP)。
為了確定在作者的同步ATAC-seq數(shù)據(jù)集中確定的差異染色質(zhì)特征是否對應(yīng)于整體動物的晝夜胰島素分泌動力學(xué),作者在Pdx1?AIV/-突變體和Pdx1+/異型對照小鼠中進(jìn)行了口服葡萄糖耐量試驗(yàn)(oGTTs),分別在白天(白天 )和夜晚(ZT14)進(jìn)行。與對照小鼠相比,Pdx1?AIV/-突變小鼠顯示出明顯受損的葡萄糖耐量(p < 0.0001),在夜間更為明顯(圖3E)。通過混合效應(yīng)建模分析整體葡萄糖曲線,還發(fā)現(xiàn)Pdx1基因型、一天中的時間和葡萄糖水平之間存在顯著的相互作用。與對照組相比,這些小鼠在兩個時間點(diǎn)的胰島素和C肽水平均顯著降低(圖3E),而在突變體中,晚上的胰島素和C肽水平降低的幅度更大??傮w而言,這些數(shù)據(jù)揭示了PDX1在整個白天通過改變分泌和促炎基因網(wǎng)絡(luò)的控制來調(diào)節(jié)染色質(zhì)緊縮、β細(xì)胞成熟和葡萄糖穩(wěn)態(tài)的需求。
為了檢查分子時鐘是否通過控制PDX1染色質(zhì)結(jié)合而對節(jié)律胰島素分泌有貢獻(xiàn),作者在Bmal1敲除(KO)小鼠β細(xì)胞系(Beta-TC-6)中進(jìn)行了PDX1 ChIP-seq。作者發(fā)現(xiàn)BMAL1的喪失在β細(xì)胞中顯著降低了PDX1 DNA結(jié)合的全基因組水平,包括在控制與胰島素分泌調(diào)節(jié)相關(guān)的基因表達(dá)的區(qū)域,如Ins1、Neurod1和Six2。因此,分子時鐘的喪失導(dǎo)致了PDX1調(diào)節(jié)與β細(xì)胞功能相關(guān)的基因的互相受損。
4、PDX1形成長程染色質(zhì)環(huán)以調(diào)控NF-kB和晝夜節(jié)律時鐘增強(qiáng)子活性
鑒于作者的觀察到PDX1和NF-kB調(diào)控元素區(qū)分了成年β細(xì)胞的不同亞群(圖1和2),作者試圖確定PDX1是否直接全基因組抑制NF-kB。作者首先研究了PDX1耗竭如何影響p65的活性,p65是一個經(jīng)典的NF-kB亞單位,使用針對PDX1的小干擾RNA(siRNA)和對照siRNA在Beta-TC-6中進(jìn)行了48小時處理,并使用p65 ChIP-seq進(jìn)行比較(圖4A)。作者觀察到PDX1的喪失在5,268個獨(dú)特位點(diǎn)上增加了p65的全基因組占有率,盡管p65蛋白水平相似(圖4A)。這種結(jié)合的增加包括NF-kB/炎癥靶點(diǎn),如Tnfrs11a,以及編碼晝夜節(jié)律抑制子PER2的基因(圖4A),與先前的研究一致。發(fā)光度分析顯示,Pdx1低表達(dá)的胰島表現(xiàn)出縮短的周期長度。因此,β細(xì)胞中PDX1的喪失增加了NF-kB的全基因組結(jié)合,并改變了核心時鐘抑制子的表達(dá),這表明PDX1對NF-kB的抑制反過來改變了時鐘功能。
三維染色質(zhì)分析揭示了LDTFs在廣泛分離的基因組區(qū)域之間形成聯(lián)系,以控制β細(xì)胞功能,但是是否PDX1通過遠(yuǎn)程聯(lián)系來控制SDTFs尚未確定(圖4B)。在Pdx1-knockdown β細(xì)胞中,p65結(jié)合位點(diǎn)富集在距離(>500 bp)PDX1在對照細(xì)胞類型中觀察到的DNA結(jié)合位點(diǎn)較遠(yuǎn)的位置。因此,作者利用三維染色質(zhì)構(gòu)象捕獲結(jié)合PDX1 ChIP-seq(HiChIP-seq)的方法來映射PDX1與遠(yuǎn)離的調(diào)控元件之間的遠(yuǎn)程相互作用(圖4B)。作者鑒定了4,155個長程(>5 kb)染色質(zhì)相互作用,涉及PDX1與遠(yuǎn)離的順式調(diào)控區(qū)域之間的相互作用(圖4C)。其中包括497個細(xì)胞因子誘導(dǎo)的、NF-kB結(jié)合位點(diǎn),這些位點(diǎn)在IL-1b處理的β細(xì)胞中被p65 ChIP-seq鑒定為NF-kB靶點(diǎn)。值得注意的是,在這些環(huán)中,IL-1b誘導(dǎo)的p65峰值的比例比作者的小鼠胰島ATAC-seq peak集中所有可訪問CREs中NF-kB基序的背景發(fā)生率高3倍。在PDX1染色質(zhì)環(huán)中,觀察到一個顯著的環(huán),位于距離腫瘤壞死因子(TNF)受體相關(guān)因子3相互作用蛋白1(Traf3ip1)2.1 kb的PDX1結(jié)合位點(diǎn)上游和Per2基因的50 UTR內(nèi)的NF-kB結(jié)合位點(diǎn)之間(圖4C)。為了測試PDX1是否通過招募共抑制復(fù)合物在這些遠(yuǎn)離的增強(qiáng)子處抑制NF-kB,作者進(jìn)行了帶有轉(zhuǎn)錄共抑制劑SIN3A的染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn),SIN3A與PDX1共同建立β細(xì)胞身份。在4,925個SIN3A結(jié)合位點(diǎn)中,有41%與PDX1調(diào)控的基因共定位,包括Traf3ip1和TNF相關(guān)基因,如Tnfsf4和Traf5(圖4C)。此外,作者發(fā)現(xiàn)PDX1的喪失在全基因組范圍內(nèi)破壞了SIN3A染色質(zhì)結(jié)合,包括在靠近編碼Nfkbie的基因附近的IL-1b誘導(dǎo)的NFkB結(jié)合位點(diǎn)上降低了SIN3A的結(jié)合。
5、使用IL-1β受體拮抗劑抑制NF-kB信號可以增強(qiáng)PDX1缺陷的β細(xì)胞功能
人類PDX1低表達(dá)和小鼠Pdx1DAIV/缺陷β細(xì)胞均表現(xiàn)出在促炎網(wǎng)絡(luò)和NF-kB靶點(diǎn)(如IL-1b)上增加染色質(zhì)開放性的特征(圖1和2)。IL-1受體(IL-1R)是胰島β細(xì)胞中表達(dá)最高的細(xì)胞因子受體之一。暴露于IL-1b可重塑β細(xì)胞染色質(zhì)景觀,而IL-1b的拮抗在人類中代表了一種成熟的抗炎策略。炎癥似乎也通過機(jī)制在2型糖尿病的β細(xì)胞功能障礙中起作用,盡管具體機(jī)制尚不明確。作者發(fā)現(xiàn),IL-1b刺激野生型小鼠的β細(xì)胞導(dǎo)致經(jīng)典NF-kB靶點(diǎn)(包括Nfkbiz和Nfkbia)的表達(dá)增加,并抑制了PDX1靶點(diǎn)(包括Mafa、Glp1r和Pdx1本身)的表達(dá)(圖4D)。IL-1b還抑制了野生型Beta-TC-6細(xì)胞的葡萄糖刺激的胰島素釋放(圖4E)。相反,使用IL-1b受體拮抗劑(IL-1RA)處理從Pdx1DAIV/缺陷小鼠中分離的胰島,顯著增強(qiáng)了胰島素分泌(圖4G),與通過阻斷IL-1b誘導(dǎo)的NF-kB信號來治療PDX1缺陷的療效相一致??傮w而言,作者的表觀基因組和遺傳研究表明,在與PDX1和/或時鐘功能相關(guān)的β細(xì)胞失效狀態(tài)中,阻斷NF-kB上游的炎癥可能提供一種新型的胰島素促分泌療法。
實(shí)驗(yàn)方法:
snATAC-seq、RNAscope多重分析、Bulk ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP-seq、RNA-seq、Pdx1 敲低、WB、胰島素分泌測定、LumiCycle 分析。
參考文獻(xiàn):
Weidemann BJ, Marcheva B, Kobayashi M, et al. Repression of latent NF-κB enhancers by PDX1 regulates β cell functional heterogeneity. Cell Metab. 2024;36(1):90-102.e7.