非小細(xì)胞肺癌免疫治療獲得性耐藥的臨床和分子特征

         雖然PD-（L）1阻斷免疫治療是肺癌的常規(guī)治療，但對(duì)獲得性耐藥知之甚少。在1201例接受PD-（L）1阻斷治療的非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者中，獲得性耐藥很常見，發(fā)生在>60%的初始應(yīng)答者中。獲得性耐藥顯示炎癥和干擾素（IFN）信號(hào)的不同表達(dá)。復(fù)發(fā)腫瘤可以通過IFNγ應(yīng)答基因的上調(diào)或穩(wěn)定表達(dá)來分離。IFNγ應(yīng)答基因的上調(diào)與以持續(xù)IFN信號(hào)傳導(dǎo)、免疫功能障礙和抗原呈遞基因突變?yōu)樘卣鞯耐贫退幫緩接嘘P(guān)，這些特征可以在體外IFNγ治療后對(duì)PD-（L）1阻斷獲得性耐藥的多種小鼠模型中重現(xiàn)。NSCLC對(duì)PD-（L）1阻斷的獲得性耐藥與持續(xù)但改變的IFN反應(yīng)有關(guān)。獲得性耐藥的持續(xù)炎癥而非被排除或遺棄的腫瘤微環(huán)境可能為有效重編程和逆轉(zhuǎn)獲得性耐藥的治療策略提供信息。本文于2024年1月發(fā)表于《Cancer cell》，IF：50.3，Q1。

技術(shù)路線：

研究機(jī)制

主要研究結(jié)果：

1、對(duì)PD-1阻斷的AR在非小細(xì)胞肺癌中很常見

         2011年4月至2017年12月期間，在紀(jì)念斯隆-凱特琳癌癥中心（MSK）接受PD-1阻斷治療的1201例非小細(xì)胞肺癌患者中，243例（20%）獲得了初步緩解。許多有反應(yīng)的患者最終發(fā)展為AR，使用競(jìng)爭(zhēng)風(fēng)險(xiǎn)模型隨訪5年，估計(jì)累積AR率為61% （95% CI 36%-85%）（圖1A）。AR的發(fā)病是可變的（52%在1年內(nèi)，39%在1 - 2年內(nèi)，11% > 2年）（圖1B）。隨著初始反應(yīng)持續(xù)時(shí)間的延長(zhǎng)，發(fā)生AR的相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)降低（圖1C）。

         雖然以前沒有直接比較AR和原發(fā)性耐藥，但作者假設(shè)這些情況在生物學(xué)和臨床上是不同的。與此一致的是，作者發(fā)現(xiàn)AR和原發(fā)性耐藥患者的一些基線臨床特征存在差異（圖1D）。特別是在基線（治療前）組織中的高腫瘤PD-L1蛋白表達(dá)在AR患者中與原發(fā)性耐藥患者相比更為豐富（55%對(duì)28%，Fisher’s p = 0.02）。器官特異性進(jìn)展模式也有所不同，肝轉(zhuǎn)移是原發(fā)性耐藥進(jìn)展的常見部位，但在AR中相對(duì)不常見（31%對(duì)7%，優(yōu)勢(shì)比6.23,Fisher’s p < 0.0001，圖1E）。也許最值得注意的是，與原發(fā)性進(jìn)展相比，AR患者的進(jìn)展后總生存期明顯更長(zhǎng)（中位18.9個(gè)月對(duì)4.4個(gè)月，log rank p < 0.0001圖1F），這可能表明持續(xù)的、部分有效的抗腫瘤免疫反應(yīng)，即使在AR初始發(fā)病后也能延長(zhǎng)生存期?？偟膩碚f，AR在很大程度上以不同的臨床特征為特征，這表明AR可能具有不同于原發(fā)性耐藥的潛在免疫生物學(xué)特征，需要專門的分析。

圖1 肺癌獲得性免疫治療耐藥的臨床特點(diǎn)

2、PD-1拮抗劑對(duì)AR的分子譜分析的患者隊(duì)列

         為了研究AR對(duì)非小細(xì)胞肺癌患者PD-1阻斷的分子機(jī)制，作者從一部分患者治療前和/或治療后的腫瘤中獲得了基于微陣列的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)數(shù)據(jù)和全外顯子組測(cè)序（WES）數(shù)據(jù)。經(jīng)過質(zhì)量控制和樣品優(yōu)先排序，分子數(shù)據(jù)的初步分析集中在29例患者的42個(gè)腫瘤樣本（治療前13個(gè)，治療后29個(gè)）的表達(dá)數(shù)據(jù)和22例患者的34個(gè)腫瘤樣本（治療前15個(gè)，治療后19個(gè)）的外顯子組數(shù)據(jù)（圖2A）。13名患者在治療前和治療后的組織中都有表達(dá)數(shù)據(jù);12名患者在治療前和治療后的組織中都有外顯子組數(shù)據(jù)。所有治療后樣本都是在放射學(xué)進(jìn)展到PD-1阻斷（從進(jìn)展到采集樣本的中位時(shí)間為3.7周，四分位數(shù)范圍[IQR] 1.8-10.4）和開始新的全身治療之前獲得的（患者未接受PD-1阻斷聯(lián)合化療;圖2B）。

         作者和其他人的研究表明，AR經(jīng)常以低進(jìn)行性模式發(fā)生，這突出了在AR分析中評(píng)估病變水平反應(yīng)的重要性。因此，作者檢查了從每個(gè)樣本中收集的病變水平的反應(yīng)（和耐藥性），以優(yōu)化治療前和治療后樣本分別可靠地代表反應(yīng)性和AR腫瘤的生物學(xué)。具體來說，所有治療后的樣本均來自病變特異性放射學(xué)反彈生長(zhǎng)或新生生長(zhǎng)的部位（圖2C）。

圖2 用于外顯子組和表達(dá)分析的患者隊(duì)列概述

3、AR對(duì)PD-1的阻斷與不同的轉(zhuǎn)錄譜相關(guān)

         作者使用單一樣本基因集富集分析（ssGSEA）對(duì)標(biāo)志基因集（如之前應(yīng)用的致癌、細(xì)胞應(yīng)激、免疫、基質(zhì)和其他過程）進(jìn)行通路水平評(píng)分，總結(jié)基因表達(dá)值。利用富集評(píng)分（ES）對(duì)26個(gè)配對(duì)樣本進(jìn)行的PCA聚類表明，樣本根據(jù)治療前和治療后的配對(duì)時(shí)間點(diǎn)分離，分離主要由免疫相關(guān)標(biāo)志基因集驅(qū)動(dòng)（圖3A和圖3B）。標(biāo)志基因集配對(duì)樣本的差異表達(dá)分析表明，治療后IFN α / γ應(yīng)答、氧化磷酸化和DNA修復(fù)通路顯著上調(diào)（錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率[FDR] < 0.1，圖3C）。對(duì)使用CIBERSORT21獲得的批量表達(dá)的免疫細(xì)胞估值進(jìn)行計(jì)算反卷積，基于此對(duì)配對(duì)樣本進(jìn)行聚類，結(jié)果表明治療前和治療后樣本的分離，尤其是由CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)驅(qū)動(dòng)（圖3D和3E）。通過配對(duì)的治療前和治療后樣本的差異分析，治療后也觀察到CD8+ T細(xì)胞（FDR < 0.1，圖3F）。

         一些臨床和臨床前研究已經(jīng)生成了大量或單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)集，以鑒定與免疫檢查點(diǎn)阻斷（ICB）抗性和T細(xì)胞功能障礙相關(guān)的基因集。其中，與治療前的樣本相比，作者發(fā)現(xiàn)AP通路、IFNγ、CD8 T效應(yīng)細(xì)胞和增殖耗竭的CD8+ T細(xì)胞的表達(dá)增加，而屬于WNT通路的基因的表達(dá)略有降低（圖3G）。與這些與對(duì)PD-1阻斷的持續(xù)免疫應(yīng)答相關(guān)的基因集一致，在治療后腫瘤中富集的個(gè)體基因表達(dá)包括GZMA、B2M和CXCL9（圖3H）。

圖3 耐藥病變表現(xiàn)為IFNγ反應(yīng)通路上調(diào)和CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)

4、IFNγ應(yīng)答途徑的慢性和治療依賴性增加是AR到ICB的潛在途徑

         考慮到患者隊(duì)列中進(jìn)展時(shí)間的可變性（圖2B），作者接下來使用Phenopath應(yīng)用偽時(shí)間分析，基于隊(duì)列中基因表達(dá)的可變性，在連續(xù)的“潛伏”空間中模擬疾病進(jìn)展（圖4A）。使用治療前和治療后樣本中基因表達(dá)變異性最大的500個(gè)基因以及受試者ID和治療作為協(xié)變量，假時(shí)間得分通常從治療前和治療后樣本中增加，特別是對(duì)于治療前假時(shí)間估計(jì)較低的一組患者（圖4B）。為了識(shí)別可能與AR相關(guān)的通路，作者使用Hallmark和ICB抗性基因集匯編對(duì)假時(shí)間的變化與通路ssGSEA ES和標(biāo)簽的變化進(jìn)行了相關(guān)性分析（圖4C）。在與假時(shí)間正相關(guān)的前10條通路中，幾種IFN I型和II型（IFNγ）特征顯著相關(guān)，包括構(gòu)成IFNγ標(biāo)志基因集的IFN刺激基因（ISGs）（圖4D, FDR < 0.01）。值得注意的是，樣本可以分為兩個(gè)子集，大約一半的樣本在治療前后幾乎沒有增加，另一半的特征是與IFNγ反應(yīng)相關(guān)的ISGs表達(dá)升高。因此，作者將患者分為IFNγ反應(yīng)“穩(wěn)定”組和IFNγ反應(yīng)“增加”組（圖4D和4E）。

         由于在黑色素瘤和其他癌癥的臨床前小鼠模型中，持續(xù)的癌癥內(nèi)在IFN信號(hào)傳導(dǎo)與ICB耐藥有關(guān)，作者測(cè)試了在作者的臨床隊(duì)列中觀察到的ISG特征（IFNα和IFNγ標(biāo)志基因集）的變化是否與來自ICB耐藥黑色素瘤小鼠模型的耐藥特征相關(guān)。作者發(fā)現(xiàn)小鼠來源的ICB耐藥特征與治療誘導(dǎo)的IFNγ反應(yīng)變化之間存在顯著關(guān)聯(lián)（Spearman 's秩相關(guān)r = 0.90;p = 2.2e-16;圖4F），去除重疊基因后仍然存在（r = 0.86;p = 0.0003）。

         與這些患者中IFNγ應(yīng)答基因的差異變化一致，在數(shù)項(xiàng)研究中，IFNγ相關(guān)ISGs增加的腫瘤中，與ISGs活化相關(guān)的各個(gè)轉(zhuǎn)錄因子（STAT1和IRF1）以及與CD8+ T細(xì)胞耗竭相關(guān)的免疫標(biāo)簽（通過標(biāo)志基因集和文獻(xiàn)基因集估計(jì)）的推斷活性通常增加（圖4G-4J）。除了T細(xì)胞耗竭的特征外，還觀察到調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的增加。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明，在非小細(xì)胞肺癌中，AR對(duì)PD-1阻斷的復(fù)發(fā)模式與腫瘤中IFNγ轉(zhuǎn)錄程序的激活、腫瘤特異性IFNγ信號(hào)的推定改變（鑒于臨床持續(xù)的腫瘤生長(zhǎng)）以及微環(huán)境中CD8+ T細(xì)胞耗竭的伴隨增加有關(guān)。

圖4 獲得性耐藥患者的一部分樣本在治療后具有升高的IFNγ反應(yīng)和T細(xì)胞衰竭特征

5、正選擇壓力對(duì)AR中抗原呈遞基因突變的影響

         非小細(xì)胞肺癌的特點(diǎn)是高突變負(fù)擔(dān)，這是免疫治療反應(yīng)的一個(gè)強(qiáng)有力的預(yù)測(cè)因素?？傮w而言，免疫治療前后的腫瘤突變負(fù)荷（Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)p = 0.6）、已知驅(qū)動(dòng)基因、新抗原負(fù)荷、適應(yīng)度（Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)p = 0.74）或腫瘤異質(zhì)性（Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)p = 0.37）在總體水平上沒有顯著差異（圖5A）。然而，在7例患者樣本中有克隆或亞克隆結(jié)構(gòu)重塑的證據(jù)。對(duì)于其中5個(gè)患者樣本，克隆突變被保留，而亞克隆突變的子集丟失和/或獲得新的亞克隆突變（圖5B）。在AR_20治療后病變中檢測(cè)到的克隆突變包括STK11基因的無義突變，這與先前觀察到的STK11突變與肺腺癌對(duì)ICB的耐藥性之間的關(guān)聯(lián)一致。一些突變過程，包括外部因素，特別是吸煙，可以影響非小細(xì)胞肺癌的體細(xì)胞分子譜，并且可以作為突變特征檢測(cè)。吸煙特征是治療前病變的主要特征，這些突變?cè)谥委熀蟛∽冎谐掷m(xù)存在。最近的研究表明，在受益于免疫治療的患者樣本中，APOBEC突變特征豐富。在AR_08和AR_20兩例患者中，作者觀察到與治療前（AR_08和AR_20分別為5.4%和1.6%）相比，治療后病變中導(dǎo)致APOBEC突變特征2和13的私有突變比例顯著增加（AR_08和AR_20分別為48.3%和14.3%）。

         鑒于先前的研究描述了B2M和其他參與AP通路的基因（如TAP1、TAP2和TAPBP）的缺失是耐藥腫瘤免疫逃逸的潛在機(jī)制，作者進(jìn)行了一項(xiàng)無偏倚分析，以評(píng)估治療前后個(gè)體基因的正選擇壓力。正如預(yù)期的那樣，肺癌中的典型驅(qū)動(dòng)突變，如KRAS和TP53，處于強(qiáng)大的正選擇壓力下，與治療前相比，治療后腫瘤中沒有明顯富集的復(fù)發(fā)性改變驅(qū)動(dòng)基因（圖5C）。然而，在治療后的AR_14和AR_19腫瘤中分別發(fā)現(xiàn)了B2M的無義突變和移碼缺失，其他免疫相關(guān)基因如IL21R、PDCD5、FKBP1A和FNIP1確實(shí)在治療后富集（圖5C）。TAP1、TAP2和TAPBP基因未見潛在致病性突變。

         鑒于在ICB耐藥腫瘤樣本中選擇性鑒定出B2M和其他免疫相關(guān)基因的突變，作者使用GSEA方法評(píng)估了與AP通路相關(guān)的其他基因集。具體來說，作者詢問是否有證據(jù)表明IFNγ選擇壓力與AP通路失調(diào)之間存在關(guān)聯(lián)（圖5D）。將具有表達(dá)和突變數(shù)據(jù)的病例的突變變化與IFNγ狀態(tài)疊加，作者觀察到AP通路中的突變富集在IFNγ反應(yīng)“增加”的患者樣本中更為常見，而在IFNγ反應(yīng)通路“穩(wěn)定”的患者樣本中則相反。值得注意的是，4個(gè)克隆或亞克隆結(jié)構(gòu)發(fā)生顯著變化的患者樣本中有3個(gè)（AR_20, AR_27, AR_19）在治療后病變中也顯示AP通路基因存在新的突變（圖5E）。這4例患者（AR_20、AR_27、AR_19、AR_26）均有可用組織進(jìn)行腫瘤細(xì)胞B2M和1類HLA蛋白表達(dá)檢測(cè)，結(jié)果均為陰性或較基線水平下降（圖5F和5G）。

         為了探索AR在獨(dú)立隊(duì)列中的表達(dá)模式，作者分析了durvalumab聯(lián)合tremelimumab在晚期NSCLC患者中進(jìn)行1b期研究之前獲得的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)（“study 06”，NCT02000947）。參加Study 06試驗(yàn)的患者要么是首次接受ICB治療，要么是先前接受抗pd -（L）1單藥治療失敗。沒有反應(yīng)的患者進(jìn)一步被分類為ICB初級(jí)耐藥或ICB AR（圖5H）。原發(fā)性耐藥患者從治療開始≤16周的放射學(xué)疾病進(jìn)展無臨床獲益證據(jù)。AR患者在最初的臨床獲益（即在任何掃描上完全緩解、部分緩解或疾病穩(wěn)定）后出現(xiàn)影像學(xué)疾病進(jìn)展。為了研究ICB患者（n = 58）和AR患者（n = 27）之間的表達(dá)模式差異，使用ssGSEA使用hallmark和consensusme基因集分析可用的RNA-seq數(shù)據(jù)，比較腫瘤相關(guān)途徑的表達(dá)模式和從大量腫瘤mRNA估計(jì)的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)。與作者的治療前后隊(duì)列相似，研究06中AR患者的樣本與未接受治療的樣本相比，骨髓細(xì)胞、T細(xì)胞和IFNγ相關(guān)的ISGs顯著富集（FDR < 0.05，圖5I）。

圖5 肺癌PD-1阻斷獲得性耐藥的基因組動(dòng)力學(xué)研究

6、AR與ISGs的升高和腫瘤IFNγ信號(hào)的改變相關(guān)

         為了在作者的臨床隊(duì)列中進(jìn)一步探索與AR到ICB相關(guān)的轉(zhuǎn)錄特征，作者還使用AR到ICB抑制劑的臨床前小鼠模型系統(tǒng)檢查了癌細(xì)胞的內(nèi)在轉(zhuǎn)錄程序。與對(duì)PD-1有反應(yīng)的人肺癌相似，CT26小鼠模型是致癌物誘導(dǎo)的，具有高腫瘤突變負(fù)荷，并且對(duì)免疫治療高度敏感，因此是研究AR的很好的臨床前類似物。正如預(yù)期的那樣，在抗PD-1治療3周后，皮下CT26腫瘤的腫瘤體積顯著減少（圖6A）。為了模擬AR，作者切除抗PD-1治療后的持續(xù)活細(xì)胞，體外培養(yǎng)，再移植到小鼠體內(nèi)。這一過程重復(fù)了幾代，直到CT26腫瘤對(duì)抗PD-1抗體治療不再有反應(yīng)（圖6B）。對(duì)來自第二輪（n = 2）和第四輪（n = 4）體內(nèi)傳代腫瘤的ICB耐藥癌細(xì)胞系進(jìn)行了大量RNA-seq，并與ICB敏感親本細(xì)胞系（n = 3;圖6 c）對(duì)比。標(biāo)記基因集的PCA顯示，親代和第二輪樣本傾向于與第四輪樣本分開聚類，這種分離主要是由IFN α / γ反應(yīng)途徑驅(qū)動(dòng)的（圖6D和6E）。將第四輪樣本與親代樣本進(jìn)行系統(tǒng)比較，發(fā)現(xiàn)IFNα和IFNγ反應(yīng)通路基因顯著上調(diào)（圖6F）。其他生物學(xué)過程的基因增加，包括TNFalpha信號(hào)（FDR≤0.1）和AP通路（圖6I），在第四輪耐藥腫瘤細(xì)胞中也很明顯。與人類數(shù)據(jù)相似，這些發(fā)現(xiàn)表明抗PD -1抵抗與IFNγ相關(guān)ISGs的基線表達(dá)升高有關(guān)。

         在第4輪細(xì)胞中，隨著基線IFNγ反應(yīng)通路基因的增加，作者還觀察到IFN相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子STAT1和IRF1的活性增加（圖6G和6H）。這些發(fā)現(xiàn)表明，IFN相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子活性的增強(qiáng)可能導(dǎo)致與耐藥癌細(xì)胞相關(guān)的ISG基線表達(dá)升高。

         為了探究ISGs升高的ICB耐藥癌細(xì)胞在IFNγ刺激后是否能進(jìn)一步誘導(dǎo)ISGs，作者用IFNγ刺激細(xì)胞系24小時(shí)，并與未刺激的對(duì)照進(jìn)行比較。親代和第二輪細(xì)胞系在IFNγ刺激后顯示IFN信號(hào)相關(guān)基因的表達(dá)增加，而第四輪細(xì)胞系在轉(zhuǎn)錄水平上沒有顯示ISGs的全面誘導(dǎo)（圖6J-6L）。此外，IFNγ信號(hào)下游的轉(zhuǎn)錄因子，如STAT1和IRF1，在第四輪細(xì)胞系中表現(xiàn)出相同的模式，IFNγ刺激與對(duì)照組之間的表達(dá)無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（圖6M和6N）。由于已知IFNγ信號(hào)可以上調(diào)AP機(jī)制通路基因，作者還專門研究了IFNγ對(duì)這些基因的影響，進(jìn)一步支持了觀察結(jié)果，并顯示在第四輪細(xì)胞中沒有額外誘導(dǎo)IFNγ刺激（圖6O）。

圖6 獲得性PD-1抗性的小鼠CT26腫瘤細(xì)胞系顯示IFNγ信號(hào)功能失調(diào)

7、慢性IFNγ刺激肺癌細(xì)胞可促進(jìn)ISGs升高、耐藥和免疫功能紊亂

         作者之前已經(jīng)證明，用IFNγ慢性刺激癌細(xì)胞足以使細(xì)胞對(duì)ICB產(chǎn)生抗性。此外，與抗PD-1 AR的CT26和MC38腫瘤一樣，這些慢性刺激細(xì)胞增加了一部分ISGs的基線表達(dá)和染色質(zhì)可及性。為了確定慢性IFN刺激是否足以使非小細(xì)胞肺癌對(duì)ICB產(chǎn)生抗性并促進(jìn)T細(xì)胞功能障礙，作者使用了兩種同基因小鼠肺癌模型:Kraslox-stop-lox（lsl）-G12D/+;Trp53flox/flox （KP）基因工程小鼠模型和Lewis肺癌（LLC1）（圖7A）。在這兩種模型中，將ICB后自發(fā)復(fù)發(fā)的腫瘤與植入小鼠前在體外用低水平IFNγ處理3-4周的癌細(xì)胞衍生的腫瘤進(jìn)行比較（圖7B）。通過體外慢性IFNγ刺激3-4周（γLLC1）或晚期復(fù)發(fā)衍生腫瘤細(xì)胞系（ResResLLC1），與慢性IFN信號(hào)相關(guān)的腫瘤對(duì)雙ICB（抗PD -1 +抗CTLA -4的組合）的反應(yīng)減弱（圖7B）。這些臨床前數(shù)據(jù)證實(shí)了作者之前的發(fā)現(xiàn)，即高ISGs與小鼠腫瘤模型中ICB后的進(jìn)展有關(guān)。在含有慢性IFN信號(hào)（γLLC1）或晚期復(fù)發(fā)源LLC1腫瘤細(xì)胞系（ResResLLC1）的LLC1模型中，ICB療效降低的特征是ICB后腫瘤中功能失調(diào)的PD-1+TIM-3+耗盡T細(xì)胞的積累（圖7C和7D）。然后，作者系統(tǒng)地表征了LLC1腫瘤中的免疫浸潤(rùn)（圖7E和7F）。采用無監(jiān)督聚類方法將腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞分為12個(gè)元簇。有趣的是，主導(dǎo)T細(xì)胞衰竭標(biāo)志物（PD-1+， TIM-3+等）的元簇5和6在慢性IFN刺激或晚期復(fù)發(fā)的腫瘤樣本中顯示ICB后頻率增加，但在最初敏感的腫瘤樣本中沒有（圖7G, 7H）。

圖7 在LLC1同基因肺癌小鼠模型中，免疫檢查點(diǎn)阻斷獲得性抵抗（ICB）與誘導(dǎo)終末耗盡CD8+ T細(xì)胞相關(guān)

結(jié)論：

         通過本文提出的多種小鼠獲得性耐藥模型，作者總結(jié)了獲得性耐藥是如何與癌癥內(nèi)在IFNγ反應(yīng)上調(diào)以及最終腫瘤對(duì)有效抗腫瘤免疫的不敏感相關(guān)的。另外，作者還表明，體外預(yù)處理暴露于IFNγ會(huì)導(dǎo)致體內(nèi)對(duì)ICB治療產(chǎn)生耐藥性。此外，作者初步觀察到，體內(nèi)產(chǎn)生的獲得性耐藥細(xì)胞系通常會(huì)改變ISG反應(yīng)，因?yàn)榕c受IFNγ刺激的親本細(xì)胞相比，體外IFNγ刺激與相對(duì)較低的ISG激活相關(guān)。需要進(jìn)一步的工作來確定免疫細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞中響應(yīng)IFNγ信號(hào)動(dòng)力學(xué)的具體機(jī)制缺陷?？偟膩碚f，這些數(shù)據(jù)可以進(jìn)一步指導(dǎo)更合理的指導(dǎo)治療策略，預(yù)防、克服和逆轉(zhuǎn)肺癌患者對(duì)PD-1阻斷的AR。

實(shí)驗(yàn)方法：

         從MSK隊(duì)列中生成分子數(shù)據(jù)集；來自MSK隊(duì)列的基因表達(dá)譜；從表達(dá)數(shù)據(jù)估計(jì)基因集富集分?jǐn)?shù)；擬時(shí)間分析；MSK隊(duì)列的全外顯子組測(cè)序；腫瘤異質(zhì)性和克隆性；腫瘤外顯子組數(shù)據(jù)中體細(xì)胞特征的估計(jì)；突變數(shù)據(jù)中的選擇壓力分析；系統(tǒng)發(fā)育樹重建；新抗原預(yù)測(cè)和適應(yīng)度評(píng)分；研究06樣本隊(duì)列和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析；抗PD-1耐藥CT26腫瘤的產(chǎn)生；抗PD-1耐藥CT26細(xì)胞系的轉(zhuǎn)錄組學(xué)和ATAC-Seq分析；抗PD-1耐藥MC38腫瘤的產(chǎn)生；抗PD-1耐藥MC38細(xì)胞系基因表達(dá)譜分析；LLC1和KP腫瘤細(xì)胞系的生成；分選小鼠腫瘤細(xì)胞的RNA-seq生成和分析；LLC1小鼠模型的體內(nèi)小鼠淋巴細(xì)胞研究；流式細(xì)胞術(shù)特征聚類。

參考文獻(xiàn)：

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