單細胞全長(cháng)轉錄測序

科技服務(wù) > 高通量測序實(shí)驗服務(wù) > 單細胞全長(cháng)轉錄測序

單細胞全長(cháng)轉錄測序

單細胞測序只能從 cDNA 模板的一端產(chǎn)生短讀長(cháng)數據,從而限制了序列完整性的重建。單細胞全長(cháng)轉錄組測序利用Nanopore長(cháng)讀長(cháng)實(shí)時(shí)測序技術(shù)結合10X單細胞測序技術(shù)可以直接讀取帶有細胞標簽的全長(cháng)cDNA序列。此方法獲取單個(gè)細胞中所有ployA+ RNA分子的全長(cháng)序列,從而識別各種細胞亞型中可變剪切轉錄本(isoform)類(lèi)型及豐度。
運費 ¥0.00
(庫存 9999 件)


       單細胞測序只能從 cDNA 模板的一端產(chǎn)生短讀長(cháng)數據,從而限制了序列完整性的重建。單細胞全長(cháng)轉錄組測序利用Nanopore長(cháng)讀長(cháng)實(shí)時(shí)測序技術(shù)結合10X單細胞測序技術(shù)可以直接讀取帶有細胞標簽的全長(cháng)cDNA序列。此方法獲取單個(gè)細胞中所有ployA+ RNA分子的全長(cháng)序列,從而識別各種細胞亞型中可變剪切轉錄本(isoform)類(lèi)型及豐度。

實(shí)驗流程


研究案例
High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing (Nat Commun,IF: 16.6  Q1)
       基于液滴的高通量單細胞分離技術(shù)極大地提高了單細胞轉錄組分析實(shí)驗的通量。然而,但基于短讀測序只能分析轉錄本的一個(gè)末端序列。本研究介紹了一種結合牛津納米孔測序和獨特的分子標識符的方法,通過(guò)10xGenomics單細胞分離系統獲得糾錯的全長(cháng)序列信息。此方法可以在單細胞水平上檢查不同的RNA剪切和RNA編輯。

圖1 基于Illumina基因表達和Nanopore可變剪切轉錄本表達量的t-SNE圖

圖2 神經(jīng)元成熟過(guò)程中Clta可變剪切轉錄本t-SNE圖


本公司單細胞測序分析內容:

  • 測序數據及細胞質(zhì)控過(guò)濾

  • 細胞注釋(mRNA/lncRNA)

  • UMAP可視化

  • 基因可視化

  • 可變剪切分析

  • 差異分析

  • 基因GO/KEGG分析

  • GSVA/GSEA分析

  • 轉錄因子活性分析

  • 偽時(shí)序分析

  • RNA速率分析

  • 細胞通訊分析

  • 浸潤分析


分析結果可視化結果



 
圖1 PCA聚類(lèi)分析                圖2 UMAP細胞聚類(lèi)

   
圖3 鑒定到marker基因               4 注釋細胞類(lèi)群

 
圖5 細胞間通訊分析                 圖6 擬時(shí)序分析
   
 圖7 R
NA速率分析          8 轉錄因子活性分析

圖9 各細胞亞型中差異表達基因及可變剪切轉錄本

送樣要求:
       新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送:


組織樣品

血液

單細胞懸液

樣品量

組織>0.2g

人4mL,鼠1-2mL

細胞量>10^6

保存

組織保存液
保證浸沒(méi)組織樣品

抗凝管

自選緩沖液

運輸

冰袋運輸4℃左右
36 小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
4小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
2小時(shí)內送達

參考文獻
Lebrigand K, Magnone V, Barbry P, Waldmann R. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun. 2020;11(1):4025. Published 2020 Aug 12. doi:10.1038/s41467-020-17800-6 
IF: 16.6  Q1


姓名
電話(huà)號碼
電子郵箱
公司名稱(chēng)
地址
留言*
 
驗證碼
提交