單細胞lncRNA測序(scRNA-lncRNA seq)

科技服務(wù) > 高通量測序實(shí)驗服務(wù) > 單細胞lncRNA測序(scRNA-lncRNA seq)

單細胞lncRNA測序(scRNA-lncRNA seq)

普通單細胞轉錄測序(scRNA-seq)分析主要依賴(lài)于編碼基因表達進(jìn)行細胞分型等分析,而研究表明相比蛋白編碼基因,lncRNA具有更強的細胞特異性。在傳統Bulk-seq檢測中,在細胞亞群或單個(gè)細胞中的高表達lncRNA往往在組織水平表現為低表達。而單細胞lncRNA測序則可顯著(zhù)提升對細胞亞群特異性lncRNA的檢測能力。
運費 ¥0.00
(庫存 9999 件)


       普通單細胞轉錄測序(scRNA-seq)分析主要依賴(lài)于編碼基因表達進(jìn)行細胞分型等分析,而研究表明相比蛋白編碼基因,lncRNA具有更強的細胞特異性。在傳統Bulk-seq檢測中,在細胞亞群或單個(gè)細胞中的高表達lncRNA往往在組織水平表現為低表達。而單細胞lncRNA測序則可顯著(zhù)提升對細胞亞群特異性lncRNA的檢測能力。

實(shí)驗流程



研究案例
通過(guò)單細胞RNA測序評估心臟非編碼轉錄組發(fā)現一種保守的促纖維化長(cháng)非編碼RNA FIXER(Circulation,IF: 37.8  Q1).
       心臟成纖維細胞在心臟中起著(zhù)至關(guān)重要的作用。尤其是,成纖維細胞在受損的心肌中分化為肌成纖維細胞,促成瘢痕形成和間質(zhì)纖維化。纖維化與心臟功能障礙和衰竭有關(guān)。由于缺乏肌成纖維細胞特異性標記物,因此無(wú)法開(kāi)發(fā)靶向療法。與蛋白編碼基因相比,lncRNAs具有更廣泛的細胞特異性,這表明它們決定細胞特性方面具有關(guān)鍵作用。研究人員通過(guò)單細胞深度測序分析了心肌梗死后心臟非肌細胞中的lncRNA轉錄組,并探究了成纖維細胞和肌成纖維細胞群體的異質(zhì)性。作者分析了在相關(guān)的肌成纖維細胞亞群中富集的lncRNA, 并篩選到候選lncRNA FIXER(纖維化lox位點(diǎn)增強子RNA)。研究人員發(fā)現沉默FIXER限制了纖維化并改善了梗死后的心臟功能。
       研究總共捕獲可以在8,413個(gè)來(lái)自假手術(shù)或梗死心臟組織的細胞,平均每個(gè)細胞得到20M reads數據。在所有細胞中檢測到21,929個(gè)編碼基因和29,107個(gè)長(cháng)非編碼基因?;趌ncRNA表達的UMAP分析得到7個(gè)細胞clusters(圖1),并篩選到肌成纖維細胞中特異表達的lncRNA Fixer圖2)。在小鼠心梗模型中,體內干擾Fixer表達顯著(zhù)減少心臟纖維化和重塑(圖3)。

圖1 基于lncRNA表達的UMAP圖及相關(guān)分析


圖2 lncRNA篩選流程及Fixer在基因組位置示意圖

圖3 Fixer沉默抑制心梗模型心臟纖維化及重塑

本公司單細胞測序分析內容:

  • 測序數據及細胞質(zhì)控過(guò)濾

  • 細胞注釋(mRNA/lncRNA)

  • UMAP可視化

  • 基因可視化

  • lncRNA差異分析

  • lncRNA靶基因GO/KEGG分析

  • GSVA/GSEA分析

  • 轉錄因子活性分析

  • 偽時(shí)序分析

  • RNA速率分析

  • 細胞通訊分析

  • 浸潤分析


分析結果可視化結果


 
圖1 PCA聚類(lèi)分析               圖2 UMAP細胞聚類(lèi)

   
圖3 鑒定到marker基因              4 注釋細胞類(lèi)群

 
圖5 細胞間通訊分析            圖6 擬時(shí)序分析

           
圖7 RNA速率分析                  8 轉錄因子活性分析

scRNA-seq送樣要求:
       新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送:


組織樣品

血液

單細胞懸液

樣品量

組織>0.2g

人4mL,鼠1-2mL

細胞量>10^6

保存

組織保存液
保證浸沒(méi)組織樣品

抗凝管

自選緩沖液

運輸

冰袋運輸4℃左右
36 小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
4小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
2小時(shí)內送達

參考文獻

Aghagolzadeh P, Plaisance I, Bernasconi R, et al. Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA [published online ahead of print, 2023 Jul 10]. Circulation. 2023;10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601.  IF: 37.8 Q1





姓名
電話(huà)號碼
電子郵箱
公司名稱(chēng)
地址
留言*
 
驗證碼
提交