戰(zhàn)爭爆發(fā)！CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰(zhàn)

    繼IncRNA與miRNA之后，科學(xué)家在對CircRNA作用機(jī)制方面也取得了不錯(cuò)的一些新研究發(fā)現(xiàn)及進(jìn)展，本次我們一起來探究CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰(zhàn)的行動(dòng)計(jì)劃。正式開始之前，先來看下目前已知的CircRNA的五種功能。

圖1：已知的circRNA的五種功能

                                                                                                                                                           1.circRNAs作為miRNA海綿2. 轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)3. 翻譯功能4. 產(chǎn)生circrna派生的假基因5.  影響選擇性剪接

 好的，閑話少敘，讓我們以CircRNA內(nèi)心獨(dú)白這一有趣的形式展開本次的主題,探討CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰(zhàn)的具體行動(dòng)計(jì)劃。

CircRNA（內(nèi)心cos）：我和IncRNA本與其他miRNA一樣，不喜江湖紛爭，只愿意流浪世間，隱匿于茫?；驍?shù)據(jù)中，這樣的日子是何等逍遙恣意。可是你們科研黨為什么非要對我們緊追不舍？你們先是將miRNA揭露了個(gè)底朝天，讓他的行蹤暴露于眾人之前，甚至連我偽裝成sponge收容miRNA都被你們發(fā)現(xiàn)。

如今，我和IncRNA既已無路可躲那便無需再躲，不如讓你們了解我、尊重我、敬畏我。那么是時(shí)候做那件事了，

本次行動(dòng)代號(hào)：出鞘吧，翻譯之功！

行動(dòng)戰(zhàn)場：左心室心肌組織

行動(dòng)盟友：Sebastiaan van Heesch先生，核糖體小姐

行動(dòng)出兵數(shù)：總計(jì)209人，其中circRNA有40人，IncRNA有169人

行動(dòng)計(jì)劃如下:

第一部分：科研黨中的德國盟友Sebastiaan van Heesch，負(fù)責(zé)獲取收集65例擴(kuò)張性心肌病（DCM）患者左心室心肌組織和15例正常對照者的左心室心肌組織，進(jìn)行核糖體圖譜測序和轉(zhuǎn)錄組測序，測序開始，發(fā)出信號(hào)，然后原地待命；

第二部分：核糖體小姐帶領(lǐng)眾小兵等待信號(hào)，收到信號(hào)后的第一時(shí)間內(nèi)，circRNA軍區(qū)的將士們需釋放自己的接口位置，混跡在其他circRNA平民中并假裝偶然隨意的被核糖體小姐抓捕到接口序列，然后扭送至測序端口，如此，作為一個(gè)可能被翻譯的circRNA暴露在眾人眼前。

圖2：Ribosome Profiling分析可翻譯的circRNA

                                                                                  當(dāng)核糖體恰好處在接口位置并被Ribosome Profiling實(shí)驗(yàn)捕獲時(shí)才被認(rèn)為是可能被翻譯的circRNA，在不少于3個(gè)樣本且總Reads數(shù)不少于5個(gè)，接口位置Reads 少于9nt的跨接口堿基，才被認(rèn)定為有效的可翻譯circRNA

“關(guān)于本次行動(dòng)，大家還有什么不清楚的嗎？”

“老大，我們故意暴露科研黨們會(huì)相信嗎，會(huì)不會(huì)覺得是個(gè)陷阱？”

“放心，我們的盟友是Sebastiaan van Heesch先生是他們眼中的大牛，具有不小的權(quán)威性，并且有核糖體小姐相助，他們會(huì)相信的，何況我們還犧牲了CDR1as和CSNK1-G3，CDR1as和CSNK1-G3此前已經(jīng)多次曝光早已成為了他們眼中的明星分子，再加上幾個(gè)初次露面的士兵circCFLAR，circSLC8A1，circMYBPC3和circRYR2，他們相信的可能性很高。明白嗎？”

“明白。只許成功，不許失??！”

                                                                                                                                                      藍(lán)色的6個(gè)circRNA即為“明星分子”， 它們的翻譯產(chǎn)物在早期的蛋白質(zhì)組學(xué)研究中有對應(yīng)的質(zhì)譜線索

為了將士們的安全，有一批俠義之士自愿加入為我們擾亂敵人眼線。其中919個(gè)基因會(huì)分成1090個(gè)uORF出現(xiàn)在ORF區(qū)域的上游區(qū)，62個(gè)基因的74個(gè)dORF出現(xiàn)在ORF區(qū)域的下游區(qū)。遇到它們眾將士不必驚慌更不用打招呼，他們的任務(wù)是在DCM患者的分戰(zhàn)場區(qū)最大可能提高的翻譯效率，來掩護(hù)大家安全。

圖4：心臟中uORF和dORF翻譯。

                                                                                                                                   來自919個(gè)基因的1090個(gè)uORF，來自62個(gè)基因的74個(gè)dORF。DCM的uORF翻譯效率總體高于對照組，暗示可能存在疾病特異性的uORF翻譯調(diào)控作用

第三部分：IncRNA軍區(qū)的將士們，此前你們一直奮斗在這場無硝煙戰(zhàn)的前線，因此敵人很早就知道你們的特技之一是翻譯功能。但是本次戰(zhàn)斗我們得讓敵人嘗點(diǎn)新鮮厲害的東西——可翻譯的sORF。

“另外，可有具備典型的線粒體定位信號(hào)的將士自愿獻(xiàn)身做俘虜？”

“很好！三位勇敢的IncRNA士兵們，你們?nèi)齻€(gè)的sORF將在進(jìn)行Flag融合后進(jìn)行免疫熒光驗(yàn)證，一旦結(jié)果證實(shí)人為過表達(dá)的多肽有很強(qiáng)的線粒體定位后你們的任務(wù)就完成了?！?br/>

                                                                                                                                                                                                         圖5：線粒體定位IncRNA編碼的小肽

眾將士們，本次行動(dòng)只許成功，不許失敗。任務(wù)成功之后，Sebastiaan van Heesch先生會(huì)發(fā)出信號(hào)：Sebastiaan van Heesch, et al. The Translational Landscape of the Human Heart. Cell (2019).

“明白。只許成功，不許失敗！”