m6A研究又有新手段了？趕緊來(lái)了解一下吧！
RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一，目前主要的研究思路包括差異表達(dá)的write，reader和eraser基因分析；m6A抗體檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平；分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機(jī)制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNA m6A水平的Resource文章，小編第一時(shí)間和大家分享一下。
作者開(kāi)發(fā)這一方法的前提是有研究報(bào)道了MazF能特異性的識(shí)別無(wú)修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的第一個(gè)A發(fā)生m6A甲基化之后將無(wú)法被MazF所識(shí)別，如圖一所示。
圖1 MazF RNA酶作用示意圖
根據(jù)這一原理，作者將純化后的mRNA進(jìn)行MazF酶處理，然后再對(duì)打斷的RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)建庫(kù)測(cè)序。對(duì)于無(wú)修飾的位點(diǎn)，ACA處被完全剪切，測(cè)序reads正好分布于該位點(diǎn)上下游而且比對(duì)至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點(diǎn)的reads會(huì)包含上下游的序列。作者開(kāi)發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門進(jìn)行分析（圖3）。
圖2 MAZTER-Seq實(shí)驗(yàn)流程圖
圖3 MAZTER-MINE分析m6A示意圖
接下來(lái)作者便是要驗(yàn)證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下，檢測(cè)到的剪切效率顯著高于野生型（剪切效率高代表低m6A水平），m6A抗體富集后的樣品剪切效率也顯著低于未富集的Input組。整體水平可靠，那檢測(cè)的特異性位點(diǎn)是否準(zhǔn)確呢？作者也將該方法檢測(cè)到的新甲基化位點(diǎn)使用放射標(biāo)記層析檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)預(yù)測(cè)的位點(diǎn)準(zhǔn)確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中，作者則是與m6A抗體IP的方法進(jìn)行了比較，也證實(shí)了這一方法的可行性。
圖5 MAZTER-Seq檢測(cè)結(jié)果驗(yàn)證
圖6 MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析
此外，后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)分裂模型中檢測(cè)了MAZTER-Seq這一系統(tǒng)；并進(jìn)一步通過(guò)這一方法檢測(cè)了哺乳動(dòng)物不同細(xì)胞間m6A水平的保守性；也探究了去甲基化酶FTO對(duì)整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù)，其他部分暫不過(guò)多分析了。新的技術(shù)能大大拓展我們的研究?jī)?nèi)容；對(duì)于這一技術(shù)，不知大家怎么看呢？