m6A研究又有新手段了？趕緊來了解一下吧！
RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一，目前主要的研究思路包括差異表達(dá)的write，reader和eraser基因分析；m6A抗體檢測全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平；分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機(jī)制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNA m6A水平的Resource文章，小編第一時間和大家分享一下。
作者開發(fā)這一方法的前提是有研究報道了MazF能特異性的識別無修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的第一個A發(fā)生m6A甲基化之后將無法被MazF所識別，如圖一所示。
圖1 MazF RNA酶作用示意圖
根據(jù)這一原理，作者將純化后的mRNA進(jìn)行MazF酶處理，然后再對打斷的RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)建庫測序。對于無修飾的位點，ACA處被完全剪切，測序reads正好分布于該位點上下游而且比對至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點的reads會包含上下游的序列。作者開發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門進(jìn)行分析（圖3）。
圖2 MAZTER-Seq實驗流程圖
圖3 MAZTER-MINE分析m6A示意圖
接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下，檢測到的剪切效率顯著高于野生型（剪切效率高代表低m6A水平），m6A抗體富集后的樣品剪切效率也顯著低于未富集的Input組。整體水平可靠，那檢測的特異性位點是否準(zhǔn)確呢？作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標(biāo)記層析檢測，發(fā)現(xiàn)預(yù)測的位點準(zhǔn)確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中，作者則是與m6A抗體IP的方法進(jìn)行了比較，也證實了這一方法的可行性。
圖5 MAZTER-Seq檢測結(jié)果驗證
圖6 MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析
此外，后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)分裂模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統(tǒng)；并進(jìn)一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細(xì)胞間m6A水平的保守性；也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù)，其他部分暫不過多分析了。新的技術(shù)能大大拓展我們的研究內(nèi)容；對于這一技術(shù)，不知大家怎么看呢？