鐵死亡調(diào)節(jié)因子和鐵死亡疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫：FerrDb V2
鐵死亡是一種調(diào)節(jié)性細胞死亡模式，其特征是脂質(zhì)過氧化的鐵依賴性積累。它與許多疾病的病理生理過程密切相關(guān)。鐵死亡的機制復(fù)雜，主要與代謝、活性氧和鐵調(diào)節(jié)有關(guān)。鐵死亡與許多生理活動有關(guān)，如腫瘤抑制、免疫反應(yīng)、發(fā)育和衰老，在多種疾病中普遍起著關(guān)鍵作用。鐵死亡參與肺癌、乳腺癌、肝細胞癌、膀胱癌等的腫瘤發(fā)生、進展、轉(zhuǎn)移和耐藥性。鐵死亡在非腫瘤性疾病中也起著關(guān)鍵作用，包括神經(jīng)源性疾病、傳染病、自身免疫性疾病、視網(wǎng)膜疾病和組織損傷。總的來說，鐵死亡是疾病診斷、治療和預(yù)后預(yù)測的新方法。
最近，廣州醫(yī)科大學(xué)附屬腦科醫(yī)院團隊發(fā)布了新版鐵死亡調(diào)節(jié)因子和疾病關(guān)系數(shù)據(jù)庫——FerrDb V2（www.zhounan.org/ferrdb/），該數(shù)據(jù)相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。FerrDb V2收錄了從3288篇論文中搜集到的1001個鐵死亡調(diào)節(jié)因子（264個驅(qū)動基因、238個抑制基因、9個基因標(biāo)志物、110個未分類基因、201個激活劑，179個抑制劑）和143個鐵死亡——疾病相互關(guān)系。與FerrDb V1相比，覆蓋的論文數(shù)量增加了3倍，鐵死亡調(diào)節(jié)因子的數(shù)量增加了1.75倍。FerrDb V2也整合了來自公共數(shù)據(jù)庫的資源（如GTEx、TCGA、DepMap、GEN等），能更加方便的對目標(biāo)基因進行多層次多角度的關(guān)聯(lián)分析。
FerrDb V2擁有全新的用戶界面、更好的交互性能、更高的數(shù)據(jù)質(zhì)量，為研究人員提供了更豐富的數(shù)據(jù)資源和便捷的分析工具。首頁中具有瀏覽、基因沉默、下載、提交和聯(lián)合分析等下拉菜單選擇研究內(nèi)容，也可以直接進行搜索，方便用戶選擇。
在“瀏覽”模塊中包含促鐵死亡基因、抑制鐵死亡基因、未知功能的鐵死亡調(diào)節(jié)基因、鐵死亡標(biāo)志物基因、鐵死亡激動劑、鐵死亡抑制劑和鐵死亡相關(guān)疾病七個子菜單。
在“基因沉默”下拉菜單中，提供了指向CRISPR和RNAi數(shù)據(jù)集的鏈接，它們可用于查詢鐵死亡基因調(diào)節(jié)因子的gRNA和shRNA序列。
FerrDb V2 還提供了有用的在線分析分析。它們位于“聯(lián)合分析”下拉菜單中。它們可用于檢查鐵死亡基因調(diào)節(jié)因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，進行基因集富集分析，以查找基因相關(guān)性，以檢查 DEG 的景觀，并瀏覽具有多種作用的基因調(diào)節(jié)因子。
每個鐵死亡基因調(diào)節(jié)因子都有一個詳細信息頁面。單擊表中的基因符號（例如MTOR）將打開其詳細信息頁面。 “描述”部分顯示了有關(guān)該基因的基本信息。在“文獻來源”部分，有關(guān)該基因的研究詳細信息列在表格中，單擊條目的“查看”按鈕將顯示該基因如何通過與其他生物分子相互作用來調(diào)節(jié)鐵死亡的途徑。還可以顯示外部數(shù)據(jù)庫的基因相關(guān)數(shù)據(jù)。
在“TCGA譜”部分，提供了轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組學(xué)譜。對于轉(zhuǎn)錄組譜，與其他基因相比，基因的RNA水平和差異基因表達。對于蛋白質(zhì)組學(xué)譜，顯示了與其他基因相比該基因的蛋白質(zhì)豐度。由于TCGA提供了參與者的隨訪數(shù)據(jù)，因此可以在“癌癥預(yù)后”部分進行基因?qū)Π┌Y患者的生存分析。
“富集分析”實用程序可用于測試給定的基因列表是否在任何基于過度代表性或 GSEA 分析的鐵死亡調(diào)節(jié)因子集中進行統(tǒng)計富集。“DEG景觀”實用程序可用于同時檢查疾病中所有鐵死亡基因調(diào)節(jié)因子的整體差異表達。 “相關(guān)性分析”實用程序可用于分析兩個基因之間的相關(guān)性以及一個基因的兩個組學(xué)譜之間的相關(guān)性。
阻斷鐵死亡可能作為OA治療的替代治療策略。我們下載這些 OA DEG，按 log2 倍變化對它們進行排序，然后將它們輸入到輸入面板的“基因列表”文本區(qū)域中。我們進行了過度代表性和GSEA分析。從圖中可以看出OA DEG在鐵死亡中顯著富集。
