RABC：類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎生物信息學(xué)中心

類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎（RA）是一種典型的自身免疫性疾病，影響全球約0.24%至1%的人口。RA患者的炎癥反應(yīng)會導(dǎo)致關(guān)節(jié)疼痛，腫脹，僵硬和功能喪失，如果不及時治療，可能導(dǎo)致嚴重殘疾。因此，RA給患者帶來嚴重不便，并給社會帶來巨大負擔(dān)。隨著測序技術(shù)的發(fā)展，RA的海量數(shù)據(jù)層出不窮，涉及轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、基因組、蛋白質(zhì)組等。這些數(shù)據(jù)可以評估當(dāng)前數(shù)據(jù)分析方法的可重復(fù)性，并為解決各種與RA相關(guān)的生物學(xué)問題提供實質(zhì)性幫助，包括識別生物標(biāo)志物和探索發(fā)病機制。

最近，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院團隊發(fā)布了一個綜合性的RA生物信息數(shù)據(jù)庫——RABC（http://www.onethird-lab.com/RABC/），該數(shù)據(jù)相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。該數(shù)據(jù)庫對分散的RA數(shù)據(jù)進行收集和分類，使用統(tǒng)一的標(biāo)準化管道處理多組學(xué)數(shù)據(jù)，并對用戶提供數(shù)據(jù)可視化。

RABC數(shù)據(jù)庫收集了175個多組學(xué)數(shù)據(jù)集，其中140個轉(zhuǎn)錄組、22表觀基因組、8個基因組和5個蛋白質(zhì)組結(jié)果，涵蓋約90萬個樣本。在RA相關(guān)的生物標(biāo)志物和生物學(xué)功能中，分析標(biāo)準化預(yù)處理的多組學(xué)數(shù)據(jù)，獲得175209個DEG、105DEM、184464個DMG、1764個KEGG途徑、30491個GO術(shù)語、74334個風(fēng)險SNPs、和105個m6A SNPs。

RABC數(shù)據(jù)庫首頁提供四個選項包括瀏覽、搜索、下載和可視化。用戶可以瀏覽模塊快速瀏覽感興趣的數(shù)據(jù)。首先，在多組學(xué)數(shù)據(jù)瀏覽界面中，用戶可以查看數(shù)據(jù)的描述信息。每個數(shù)據(jù)集的詳細信息接口不僅提供更詳細的數(shù)據(jù)描述，還提供原始數(shù)據(jù)、預(yù)處理矩陣數(shù)據(jù)和分析結(jié)果。瀏覽模塊還支持查看差異分析的結(jié)果和基因表達數(shù)據(jù)的基因表達火山圖。其次，在RA相關(guān)生物標(biāo)志物和生物學(xué)功能頁面上，用戶可以快速瀏覽DEG，DMG，DEM，GO術(shù)語，KEGG途徑，風(fēng)險SNP，風(fēng)險eQTL，風(fēng)險m6A-SNP和風(fēng)險mQTL。RA相關(guān)先驗知識（補充圖S15和S16）和RA相關(guān)文獻的相關(guān)信息也可以在RABC瀏覽界面中瀏覽和搜索。

搜索界面支持用戶通過多種條件查詢RABC的內(nèi)容，包括數(shù)據(jù)集ID、數(shù)據(jù)類型、基因名稱、PMID等。用戶可以直接從下載模塊下載生物標(biāo)志物和生物學(xué)功能文件以及先驗知識。

可視化模塊支持繪制差異表達分析的火山圖、基因表達的箱線圖、兩個基因之間相關(guān)性的散點圖、條形圖和基因表達譜分析數(shù)據(jù)集的功能富集分析氣泡圖。這些可視化功能只需要用戶選擇數(shù)據(jù)集并輸入指定的閾值或參數(shù)，就可以繪制出相應(yīng)的圖形。這些圖表也可以支持下載。