APASdb: 選擇性多腺苷酸化數(shù)據(jù)庫(kù)

選擇性多腺苷酸化（APA）在從原核生物到真核生物的基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮著基本作用，使單個(gè)基因能夠編碼具有不同編碼蛋白和/或3'-非翻譯區(qū)（3'-UTR）的多種mRNA變體，并可能影響mRNA的定位、穩(wěn)定性和翻譯效率。根據(jù)細(xì)胞和組織類型和/或加工時(shí)的生理和病理?xiàng)l件，越來(lái)越多的基因被證明會(huì)經(jīng)歷如此重要的3'-加工，因此迫切需要構(gòu)建關(guān)于APA的全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，以更好地理解特定生物學(xué)的poly（A）位點(diǎn)選擇和APA指導(dǎo)的基因表達(dá)調(diào)控。

APASdb數(shù)據(jù)庫(kù)具有可視化所有基因在全基因組范圍內(nèi)不同APA亞型的精確圖譜和使用量化的功能。

http://ac.agrogene.ac.cn/utr/

Search

在搜索模塊中，通過(guò)選擇特定物種（人、小鼠、斑馬魚）后，可以使用基因ID、基因名稱、符號(hào)和模糊描述等關(guān)鍵字進(jìn)行直接查詢。以人乳腺癌CXCL12基因?yàn)槔?/span>

在結(jié)果頁(yè)面，點(diǎn)擊可以展開具體信息，在基因組中瀏覽APA位點(diǎn)：

點(diǎn)擊，跳轉(zhuǎn)到該位點(diǎn)詳情頁(yè)，可以CXCL12在不同細(xì)胞中的具體信息：

Browse

該模塊在線提供與基因組、基因、轉(zhuǎn)錄物和轉(zhuǎn)錄物注釋相關(guān)的APA站點(diǎn)的交互式和動(dòng)態(tài)瀏覽。提供了概覽、區(qū)域和細(xì)節(jié)等三個(gè)層次的選擇性視圖，用于瀏覽幾個(gè)參考基因組中的APA位點(diǎn)：

BLAST

該模塊用于輸入特定序列進(jìn)行APA位點(diǎn)的預(yù)測(cè)：